261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0509 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0509  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  100 
 
 
206 aa  425  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.069325  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0634  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  81.55 
 
 
206 aa  353  9e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.119469 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0594  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  81.07 
 
 
206 aa  348  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0724  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  77.67 
 
 
209 aa  338  4e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.690849  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0416  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  78.5 
 
 
208 aa  336  1e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.867273  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0424  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  78 
 
 
208 aa  335  3e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1026  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  77.18 
 
 
206 aa  333  8e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.392091  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0531  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  77.39 
 
 
216 aa  330  6e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1389  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  67.98 
 
 
212 aa  298  3e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2478  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  68.47 
 
 
213 aa  296  1e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.12705  normal  0.1751 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0765  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  65.02 
 
 
213 aa  288  3e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0705195  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0622  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  66.5 
 
 
213 aa  288  6e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.318337  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1136  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  65.67 
 
 
213 aa  285  4e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.356422 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1205  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  64.53 
 
 
212 aa  285  4e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.692006 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1307  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  63.05 
 
 
212 aa  285  5e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2463  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  64.88 
 
 
216 aa  284  5e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0394  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  63.94 
 
 
215 aa  275  3e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.17512  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1088  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  63.55 
 
 
204 aa  265  4e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0857  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  66.49 
 
 
222 aa  259  2e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1108  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  59.9 
 
 
208 aa  257  9e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.536628  normal  0.458712 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0678  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  63.35 
 
 
213 aa  254  6e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.595144  normal  0.101223 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2627  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  60.8 
 
 
201 aa  248  4e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.752106  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1068  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  59.7 
 
 
210 aa  238  3e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.326405  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0790  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  56.25 
 
 
208 aa  232  3e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.150003 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3947  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  56.28 
 
 
207 aa  230  9e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.932005 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1311  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  55.67 
 
 
233 aa  225  3e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279184  normal  0.369294 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0829  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  57.73 
 
 
212 aa  224  7e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4664  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  56.57 
 
 
214 aa  221  4e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.187726 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2100  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  59.2 
 
 
210 aa  221  7e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00869837 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4295  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  56.06 
 
 
214 aa  220  9e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4813  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  55.84 
 
 
214 aa  220  1e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.134817  normal  0.171584 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0885  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  55.96 
 
 
193 aa  220  1e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1052  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  56.78 
 
 
200 aa  215  3e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4754  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.85 
 
 
200 aa  215  3e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.1157  normal  0.0209318 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1020  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  55.78 
 
 
200 aa  212  2e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.137721  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1148  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  55.21 
 
 
201 aa  211  4e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  1.48678e-10  normal  0.197095 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2345  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  55.28 
 
 
200 aa  211  7e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3130  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.85 
 
 
218 aa  206  1e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0379301  normal  0.139192 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0787  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.89 
 
 
212 aa  205  3e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.109615  normal  0.222265 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0654  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.4 
 
 
216 aa  205  3e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.273077  normal  0.151538 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2475  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  55.1 
 
 
206 aa  203  1e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.102902  normal  0.0239297 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0717  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.37 
 
 
212 aa  201  5e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.170701 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0767  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.68 
 
 
212 aa  199  2e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.127871 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0815  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.55 
 
 
212 aa  199  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.554957  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2642  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.52 
 
 
212 aa  199  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1067  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.6 
 
 
211 aa  199  3e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2372  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.79 
 
 
229 aa  198  4e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0186  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.52 
 
 
213 aa  198  5e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.626116  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1789  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.76 
 
 
201 aa  196  1e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00011634  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0048  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.77 
 
 
203 aa  197  1e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.892754  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50800  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.76 
 
 
215 aa  195  4e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00587779 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0423  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.4 
 
 
211 aa  194  8e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.190408  normal  0.079885 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0858  pyridoxamine-phosphate oxidase  53 
 
 
220 aa  194  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.911658  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0155  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.79 
 
 
211 aa  193  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.923059  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4331  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.28 
 
 
215 aa  193  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262405  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0332  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.31 
 
 
211 aa  192  3e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.207205 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0741  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.8 
 
 
213 aa  192  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.643542  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1509  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.06 
 
 
214 aa  191  5e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.01004e-05 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2494  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.08 
 
 
214 aa  189  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00659427  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0659  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.08 
 
 
214 aa  189  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0194138  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0107  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.08 
 
 
214 aa  189  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  2.3808e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0904  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.08 
 
 
214 aa  189  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0158513  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0901  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.08 
 
 
214 aa  189  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.901665  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0359  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.08 
 
 
214 aa  189  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0016328  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1061  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.08 
 
 
214 aa  189  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.040983  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3033  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.77 
 
 
199 aa  189  3e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.312491  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0717  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.56 
 
 
265 aa  189  3e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  9.6585e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0557  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.44 
 
 
214 aa  188  4e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.365319  normal  0.0595481 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0514  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50 
 
 
212 aa  188  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.439872  normal  0.298122 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2568  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.25 
 
 
214 aa  187  7e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.387899  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2616  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.76 
 
 
214 aa  187  7e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3221  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.95 
 
 
213 aa  187  7e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0110352  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1957  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.25 
 
 
214 aa  187  7e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.414052  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5900  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.48 
 
 
214 aa  187  8e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.495337 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0663  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.55 
 
 
211 aa  187  1e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2592  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.25 
 
 
214 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.984906 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0728  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.74 
 
 
214 aa  186  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4533  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.76 
 
 
202 aa  186  2e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.387891  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2487  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.25 
 
 
214 aa  185  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.262881 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1150  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.48 
 
 
215 aa  182  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.343525  normal  0.105039 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1895  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.06 
 
 
217 aa  181  7e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.85169  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1436  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50 
 
 
215 aa  180  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1850  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.89 
 
 
214 aa  180  1e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.239685  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1053  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.42 
 
 
217 aa  180  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0555  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.74 
 
 
212 aa  179  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.410968  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1702  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.41 
 
 
212 aa  179  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3944  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.92 
 
 
215 aa  178  5e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000793587  normal  0.125259 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2931  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.19 
 
 
224 aa  178  6e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4168  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.69 
 
 
217 aa  177  9e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.481002  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2803  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.46 
 
 
225 aa  177  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00595972  normal  0.551671 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2606  pyridoxal 5'-phosphate synthase  44.79 
 
 
213 aa  177  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.397088  normal  0.714763 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1243  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.79 
 
 
213 aa  176  3e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0527508 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1881  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.4 
 
 
217 aa  176  3e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2888  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.15 
 
 
210 aa  176  3e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.877962  normal  0.487747 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1481  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.81 
 
 
217 aa  176  3e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.185446  normal  0.265561 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2058  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.4 
 
 
217 aa  175  3e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.183278  normal  0.448099 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4286  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.94 
 
 
215 aa  175  4e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1988  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.6 
 
 
196 aa  175  4e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000145695  normal  0.0355751 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1165  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.42 
 
 
215 aa  175  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1129  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.42 
 
 
215 aa  175  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00425892 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>