More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0603 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_3535  cytochrome b/b6 domain-containing protein  93.81 
 
 
404 aa  752  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  7.87876e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0571  cytochrome b/b6 domain-containing protein  94.06 
 
 
404 aa  754  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  2.52718e-05  normal  0.241378 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3275  cytochrome b/b6 domain-containing protein  97.77 
 
 
404 aa  772  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  1.0071e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2873  fused ubiquinol-cytochrome c reductase and cytochrome b/b6  77.38 
 
 
426 aa  657  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00318002  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3020  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  93.3 
 
 
404 aa  753  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  1.59127e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3705  Cytochrome b/b6 domain protein  97.28 
 
 
404 aa  768  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  3.82146e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0602  cytochrome b/b6 domain-containing protein  99.5 
 
 
404 aa  818  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000576389  hitchhiker  7.17465e-06 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0609  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  96.29 
 
 
404 aa  768  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3306  cytochrome b/b6 domain-containing protein  92.08 
 
 
404 aa  743  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3762  cytochrome b/b6 domain-containing protein  96.53 
 
 
404 aa  767  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.50358e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0563  cytochrome b/b6 domain-containing protein  97.52 
 
 
404 aa  769  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  1.89636e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4165  cytochrome b/b6 domain-containing protein  94.55 
 
 
404 aa  758  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  1.92419e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3200  cytochrome b/b6-like protein  93.32 
 
 
404 aa  742  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.201205  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3888  cytochrome b/b6 domain-containing protein  96.53 
 
 
404 aa  767  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144736  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0603  cytochrome b/b6 domain-containing protein  100 
 
 
404 aa  821  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  1.03095e-05  normal  0.0561448 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3427  cytochrome b/b6 domain-containing protein  100 
 
 
404 aa  821  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  3.89785e-05  normal  0.0470542 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0802  cytochrome b/b6 domain-containing protein  93.81 
 
 
404 aa  753  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  6.23655e-05  hitchhiker  0.00979374 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0106  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  75 
 
 
421 aa  621  1e-177  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  7.29315e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2661  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  75.95 
 
 
422 aa  622  1e-177  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00823249  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00884  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  75.42 
 
 
421 aa  617  1e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0992  cytochrome b/b6-like  71.82 
 
 
410 aa  617  1e-175  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.747252  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57560  putative cytochrome b  72.64 
 
 
403 aa  614  1e-175  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1208  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004508  ubiquinol--cytochrome c reductase cytochrome B subunit  75.18 
 
 
421 aa  617  1e-175  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000136312  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5002  putative cytochrome b  72.89 
 
 
403 aa  615  1e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0257192  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4439  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  70.71 
 
 
423 aa  600  1e-170  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0904  cytochrome b/b6 domain-containing protein  74.13 
 
 
403 aa  595  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168662  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2469  cytochrome b/b6 domain-containing protein  72.86 
 
 
410 aa  596  1e-169  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00715647  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0925  cytochrome b/b6 domain-containing protein  73.2 
 
 
404 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4406  cytochrome b/b6 domain-containing protein  72.46 
 
 
404 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13070  Cytochrome b/b6  73.63 
 
 
403 aa  593  1e-168  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1318  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b  72.64 
 
 
403 aa  591  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.503431  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4531  cytochrome b/b6 domain-containing protein  72.46 
 
 
404 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610823  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4691  cytochrome b/b6-like  71.14 
 
 
403 aa  587  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.49849  normal  0.0253809 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1832  cytochrome B subunit of cytochrome bc1  69.46 
 
 
410 aa  587  1e-166  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.255708  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3700  cytochrome b/b6-like  66.27 
 
 
422 aa  573  1e-162  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0123315  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03380  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome B  65.87 
 
 
421 aa  560  1e-158  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  2.14101e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1139  Cytochrome b/b6 domain protein  66 
 
 
403 aa  555  1e-157  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.222795  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1584  cytochrome b/b6-like  70.6 
 
 
401 aa  550  1e-155  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.385225  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2210  cytochrome b/b6  66.92 
 
 
413 aa  548  1e-155  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.226305  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1961  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  67 
 
 
459 aa  550  1e-155  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.302978  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0795  cytochrome b/b6 domain-containing protein  69.58 
 
 
410 aa  550  1e-155  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.56903e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1421  cytochrome b, b6 subunit  70.1 
 
 
401 aa  548  1e-155  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  1.33027e-05  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3161  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit  67.18 
 
 
747 aa  547  1e-154  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.389145  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0298  cytochrome b/b6-like  65.27 
 
 
408 aa  543  1e-153  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.349609  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2759  hypothetical protein  64.34 
 
 
404 aa  541  1e-153  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2632  hypothetical protein  63.84 
 
 
404 aa  540  1e-152  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1004  cytochrome b/b6-like  65.28 
 
 
414 aa  536  1e-151  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00661303  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1403  Cytochrome b/b6 domain protein  64.82 
 
 
422 aa  526  1e-148  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0810  cytochrome b/b6, N-terminal:cytochrome b/b6, C-terminal  63.31 
 
 
433 aa  528  1e-148  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.95618e-05  hitchhiker  1.53677e-06 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0750  Cytochrome b/b6 domain protein  64.38 
 
 
464 aa  522  1e-147  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0241162  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3540  cytochrome b/b6-like  58.56 
 
 
459 aa  521  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3543  Cytochrome b/b6 domain  58.11 
 
 
459 aa  514  1e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.789963  normal  0.0181862 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2218  Cytochrome b/b6 domain protein  67.49 
 
 
469 aa  517  1e-145  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.905711  normal  0.211353 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0415  putative cytochrome B subunit transmembrane protein  57.88 
 
 
459 aa  514  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2665  cytochrome b/b6-like  57.62 
 
 
460 aa  513  1e-144  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.628042  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0421  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.28 
 
 
460 aa  513  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.70463e-05 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0369  cytochrome b/b6 domain-containing protein  57.88 
 
 
460 aa  512  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.723254 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0442  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.28 
 
 
460 aa  513  1e-144  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0360  cytochrome b/b6 domain-containing protein  57.88 
 
 
460 aa  511  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0523678  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0345  cytochrome b/b6 domain-containing protein  57.88 
 
 
459 aa  509  1e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2742  cytochrome b/b6 domain-containing protein  59.41 
 
 
460 aa  509  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0136  Cytochrome b/b6 domain  55.23 
 
 
466 aa  508  1e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.153935 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0850  cytochrome B  58.44 
 
 
466 aa  506  1e-142  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.833768 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0126  cytochrome b/b6 domain-containing protein  55.7 
 
 
466 aa  502  1e-141  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.469556  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0822  cytochrome b/b6-like  57.11 
 
 
466 aa  503  1e-141  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.887909  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2108  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.42 
 
 
410 aa  503  1e-141  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0919786  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3229  cytochrome b/b6-like protein  58.94 
 
 
467 aa  499  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2928  putative cytochrome B subunit transmembrane protein  57.4 
 
 
467 aa  496  1e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3092  cytochrome b/b6, N-terminal  58.72 
 
 
467 aa  498  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363468  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0931  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.04 
 
 
467 aa  494  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2976  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  56.31 
 
 
460 aa  491  1e-138  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.235665  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00440  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase, cytochrome B subunit  60.93 
 
 
419 aa  491  1e-138  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.121242  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2858  Cytochrome b/b6 domain protein  57.62 
 
 
466 aa  488  1e-137  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.702367  normal  0.267676 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3205  Cytochrome b/b6 domain  57.62 
 
 
466 aa  488  1e-137  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3934  cytochrome b/b6 domain-containing protein  56.64 
 
 
470 aa  488  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5502  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.09 
 
 
471 aa  481  1e-135  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.189406 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2747  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  56.08 
 
 
460 aa  484  1e-135  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.936741  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3706  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  56.08 
 
 
460 aa  484  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1806  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  56.08 
 
 
460 aa  484  1e-135  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.557352  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1362  Cytochrome b/b6 domain  63.52 
 
 
419 aa  484  1e-135  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.367822  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3649  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  56.08 
 
 
460 aa  484  1e-135  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2697  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  56.08 
 
 
460 aa  484  1e-135  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3674  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  56.08 
 
 
460 aa  484  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.456535  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3257  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  56.08 
 
 
460 aa  484  1e-135  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1201  Cytochrome b/b6 domain protein  56.96 
 
 
478 aa  483  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.690827  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2965  cytochrome b/b6-like  57.37 
 
 
466 aa  479  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0790  cytochrome b/b6 domain-containing protein  56.76 
 
 
473 aa  475  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0714  cytochrome b/b6 domain-containing protein  55.97 
 
 
469 aa  472  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.455479 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0753  Cytochrome b/b6 domain protein  56.54 
 
 
473 aa  473  1e-132  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3695  cytochrome b/b6 domain-containing protein  56.54 
 
 
472 aa  471  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.721065  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1944  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase, cytochrome B subunit  54.28 
 
 
430 aa  406  1e-112  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0553456  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1879  cytochrome b/b6 domain-containing protein  54.52 
 
 
420 aa  406  1e-112  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135906  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0357  cytochrome b/b6 domain-containing protein  51.45 
 
 
401 aa  393  1e-108  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000177804  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2243  cytochrome b/b6 domain-containing protein  50.25 
 
 
425 aa  386  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0363232  normal  0.819807 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2958  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.63 
 
 
424 aa  382  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.449932  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2708  Cytochrome b/b6 domain  48.23 
 
 
402 aa  379  1e-104  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  2.16389e-05  unclonable  3.81098e-11 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0702  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.92 
 
 
439 aa  380  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0895628  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3110  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b subunit  48.23 
 
 
402 aa  379  1e-104  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.176083  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0363  cytochrome b/b6-like  50.88 
 
 
405 aa  375  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0402097  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2730  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b subunit  48.48 
 
 
404 aa  377  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.187395  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>