298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0609 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_4165  cytochrome b/b6 domain-containing protein  93.07 
 
 
404 aa  751    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000192419  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0802  cytochrome b/b6 domain-containing protein  92.33 
 
 
404 aa  743    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000623655  hitchhiker  0.00979374 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0609  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  100 
 
 
404 aa  820    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2873  fused ubiquinol-cytochrome c reductase and cytochrome b/b6  77.38 
 
 
426 aa  657    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00318002  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3705  Cytochrome b/b6 domain protein  94.06 
 
 
404 aa  750    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000382146  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3888  cytochrome b/b6 domain-containing protein  98.27 
 
 
404 aa  812    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144736  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3020  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  95.04 
 
 
404 aa  758    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000159127  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3275  cytochrome b/b6 domain-containing protein  97.28 
 
 
404 aa  773    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000010071  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0563  cytochrome b/b6 domain-containing protein  94.06 
 
 
404 aa  751    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000189636  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3535  cytochrome b/b6 domain-containing protein  92.57 
 
 
404 aa  744    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000787876  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3762  cytochrome b/b6 domain-containing protein  98.27 
 
 
404 aa  812    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000150358  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3200  cytochrome b/b6-like protein  91.83 
 
 
404 aa  730    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.201205  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0603  cytochrome b/b6 domain-containing protein  96.29 
 
 
404 aa  768    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000103095  normal  0.0561448 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3427  cytochrome b/b6 domain-containing protein  96.29 
 
 
404 aa  768    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000389785  normal  0.0470542 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3306  cytochrome b/b6 domain-containing protein  92.82 
 
 
404 aa  746    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0571  cytochrome b/b6 domain-containing protein  93.07 
 
 
404 aa  750    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000252718  normal  0.241378 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0602  cytochrome b/b6 domain-containing protein  96.78 
 
 
404 aa  769    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000576389  hitchhiker  0.00000717465 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0106  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  75.48 
 
 
421 aa  622  1e-177  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000729315  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2661  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  76.43 
 
 
422 aa  622  1e-177  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00823249  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00884  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  74.94 
 
 
421 aa  614  1e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004508  ubiquinol--cytochrome c reductase cytochrome B subunit  74.94 
 
 
421 aa  616  1e-175  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000136312  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0992  cytochrome b/b6-like  71.57 
 
 
410 aa  613  9.999999999999999e-175  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.747252  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5002  putative cytochrome b  71.64 
 
 
403 aa  608  1e-173  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0257192  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57560  putative cytochrome b  71.89 
 
 
403 aa  609  1e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1208  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4439  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  70.95 
 
 
423 aa  605  9.999999999999999e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0904  cytochrome b/b6 domain-containing protein  74.13 
 
 
403 aa  596  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168662  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13070  Cytochrome b/b6  74.13 
 
 
403 aa  593  1e-168  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2469  cytochrome b/b6 domain-containing protein  71.64 
 
 
410 aa  592  1e-168  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00715647  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1318  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b  72.39 
 
 
403 aa  587  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.503431  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4531  cytochrome b/b6 domain-containing protein  72.21 
 
 
404 aa  589  1e-167  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610823  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4406  cytochrome b/b6 domain-containing protein  72.21 
 
 
404 aa  589  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0925  cytochrome b/b6 domain-containing protein  72.46 
 
 
404 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1832  cytochrome B subunit of cytochrome bc1  68.97 
 
 
410 aa  585  1e-166  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.255708  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4691  cytochrome b/b6-like  71.14 
 
 
403 aa  587  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.49849  normal  0.0253809 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3700  cytochrome b/b6-like  66.27 
 
 
422 aa  569  1e-161  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0123315  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03380  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome B  65.14 
 
 
421 aa  558  1e-158  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000214101  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1139  Cytochrome b/b6 domain protein  65.51 
 
 
403 aa  556  1e-157  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.222795  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1961  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  66.25 
 
 
459 aa  545  1e-154  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.302978  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3161  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit  66.41 
 
 
747 aa  546  1e-154  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.389145  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0795  cytochrome b/b6 domain-containing protein  68.33 
 
 
410 aa  543  1e-153  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000156903  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1584  cytochrome b/b6-like  69.1 
 
 
401 aa  542  1e-153  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.385225  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2210  cytochrome b/b6  65.67 
 
 
413 aa  543  1e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.226305  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1421  cytochrome b, b6 subunit  68.59 
 
 
401 aa  540  9.999999999999999e-153  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000133027  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0298  cytochrome b/b6-like  64.29 
 
 
408 aa  538  9.999999999999999e-153  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.349609  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2759  hypothetical protein  62.84 
 
 
404 aa  534  1e-150  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2632  hypothetical protein  62.34 
 
 
404 aa  531  1e-150  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0810  cytochrome b/b6, N-terminal:cytochrome b/b6, C-terminal  62.83 
 
 
433 aa  528  1e-149  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000295618  hitchhiker  0.00000153677 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1004  cytochrome b/b6-like  63.81 
 
 
414 aa  530  1e-149  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00661303  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3540  cytochrome b/b6-like  59.01 
 
 
459 aa  526  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0750  Cytochrome b/b6 domain protein  64.63 
 
 
464 aa  522  1e-147  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0241162  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1403  Cytochrome b/b6 domain protein  63.86 
 
 
422 aa  521  1e-147  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0421  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.5 
 
 
460 aa  518  1e-146  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270463 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2665  cytochrome b/b6-like  57.85 
 
 
460 aa  518  1e-146  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.628042  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3543  Cytochrome b/b6 domain  58.56 
 
 
459 aa  519  1e-146  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.789963  normal  0.0181862 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0442  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.5 
 
 
460 aa  518  1e-146  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0345  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.11 
 
 
459 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2218  Cytochrome b/b6 domain protein  65.69 
 
 
469 aa  515  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.905711  normal  0.211353 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0415  putative cytochrome B subunit transmembrane protein  57.66 
 
 
459 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0369  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.33 
 
 
460 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.723254 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0360  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.33 
 
 
460 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0523678  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0136  Cytochrome b/b6 domain  55.9 
 
 
466 aa  513  1e-144  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.153935 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2742  cytochrome b/b6 domain-containing protein  59.18 
 
 
460 aa  511  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2108  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.91 
 
 
410 aa  507  9.999999999999999e-143  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0919786  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0850  cytochrome B  57.56 
 
 
466 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.833768 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0822  cytochrome b/b6-like  57.56 
 
 
466 aa  505  9.999999999999999e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.887909  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0126  cytochrome b/b6 domain-containing protein  55.7 
 
 
466 aa  506  9.999999999999999e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.469556  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2928  putative cytochrome B subunit transmembrane protein  58.5 
 
 
467 aa  503  1e-141  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3229  cytochrome b/b6-like protein  59.6 
 
 
467 aa  503  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3092  cytochrome b/b6, N-terminal  59.6 
 
 
467 aa  501  1e-140  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363468  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0931  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.48 
 
 
467 aa  496  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2976  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  56.76 
 
 
460 aa  496  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.235665  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2858  Cytochrome b/b6 domain protein  57.62 
 
 
466 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.702367  normal  0.267676 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3205  Cytochrome b/b6 domain  57.84 
 
 
466 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00440  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase, cytochrome B subunit  61.67 
 
 
419 aa  494  9.999999999999999e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.121242  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3649  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  56.88 
 
 
460 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3706  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  56.88 
 
 
460 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2697  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  56.88 
 
 
460 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3674  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  56.88 
 
 
460 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.456535  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1806  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  56.88 
 
 
460 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.557352  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3257  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  56.88 
 
 
460 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3934  cytochrome b/b6 domain-containing protein  56.64 
 
 
470 aa  488  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2747  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  56.88 
 
 
460 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.936741  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1362  Cytochrome b/b6 domain  63.52 
 
 
419 aa  484  1e-135  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.367822  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5502  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.54 
 
 
471 aa  483  1e-135  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.189406 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2965  cytochrome b/b6-like  57.14 
 
 
466 aa  481  1e-135  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1201  Cytochrome b/b6 domain protein  56.52 
 
 
478 aa  482  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.690827  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0714  cytochrome b/b6 domain-containing protein  56.42 
 
 
469 aa  477  1e-133  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.455479 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0753  Cytochrome b/b6 domain protein  57.21 
 
 
473 aa  475  1e-133  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0790  cytochrome b/b6 domain-containing protein  57.43 
 
 
473 aa  477  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3695  cytochrome b/b6 domain-containing protein  57.21 
 
 
472 aa  474  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.721065  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1944  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase, cytochrome B subunit  54.52 
 
 
430 aa  409  1e-113  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0553456  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1879  cytochrome b/b6 domain-containing protein  54.03 
 
 
420 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135906  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0357  cytochrome b/b6 domain-containing protein  50.24 
 
 
401 aa  386  1e-106  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000177804  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2243  cytochrome b/b6 domain-containing protein  49.75 
 
 
425 aa  380  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0363232  normal  0.819807 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1385  cytochrome c1  47.88 
 
 
688 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0702  cytochrome b/b6 domain-containing protein  49.16 
 
 
439 aa  378  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0895628  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2958  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.38 
 
 
424 aa  372  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.449932  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0363  cytochrome b/b6-like  50.63 
 
 
405 aa  373  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0402097  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1303  cytochrome c1  48.5 
 
 
689 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3110  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b subunit  48.23 
 
 
402 aa  373  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.176083  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>