123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0924 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0924  DNA polymerase III chi subunit, HolC  100 
 
 		 153 aa  318  9.999999999999999e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.722324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0902  DNA polymerase III chi subunit HolC  73.47 
 
 		 163 aa  231  3e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1009  DNA polymerase III chi subunit, HolC  70.2 
 
 		 156 aa  223  7e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1060  DNA polymerase III chi subunit HolC  68.21 
 
 		 156 aa  216  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.559351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2741  DNA polymerase III chi subunit, HolC  66.88 
 
 		 176 aa  214  4e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.464581  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2866  DNA polymerase III chi subunit, HolC  68 
 
 		 153 aa  208  2e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0418858  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1202  DNA polymerase III chi subunit, HolC  68 
 
 		 154 aa  207  3e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00117323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3263  DNA polymerase III chi subunit HolC  63.19 
 
 		 174 aa  207  6e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0142385  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3423  DNA polymerase III, chi subunit  66.67 
 
 		 154 aa  206  1e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1256  DNA polymerase III chi subunit HolC  64.78 
 
 		 167 aa  206  1e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00560451  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1131  DNA polymerase III chi subunit, HolC  68 
 
 		 154 aa  206  1e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000927432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1132  DNA polymerase III chi subunit, HolC  68 
 
 		 154 aa  206  1e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00137495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3120  DNA polymerase III chi subunit HolC  62.58 
 
 		 174 aa  205  2e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000377435  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3111  DNA polymerase III chi subunit HolC  64.15 
 
 		 174 aa  204  3e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00130972  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0917  DNA polymerase III chi subunit, HolC  64.67 
 
 		 149 aa  204  5e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.741831  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0791  DNA polymerase III, chi subunit  56.67 
 
 		 151 aa  174  3e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0525  DNA polymerase III subunit chi  44.67 
 
 		 147 aa  135  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.836695  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3721  DNA polymerase III subunit chi  46.05 
 
 		 149 aa  132  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0443  DNA polymerase III subunit chi  45.39 
 
 		 149 aa  132  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0387  DNA polymerase III subunit chi  45.39 
 
 		 149 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3558  DNA polymerase III subunit chi  44.08 
 
 		 156 aa  128  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.967018  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3544  DNA polymerase III subunit chi  42.11 
 
 		 149 aa  121  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0256768  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4046  DNA polymerase III subunit chi  42.11 
 
 		 149 aa  121  4e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0101072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3680  DNA polymerase III subunit chi  42.11 
 
 		 149 aa  121  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0394  DNA polymerase III chi subunit, HolC  40.67 
 
 		 160 aa  120  8e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3738  DNA-directed DNA polymerase  39.6 
 
 		 147 aa  117  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4515  DNA polymerase III subunit chi  39.6 
 
 		 147 aa  116  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000205378  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4830  DNA polymerase III subunit chi  39.6 
 
 		 147 aa  116  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0579073  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5780  DNA polymerase III subunit chi  39.6 
 
 		 147 aa  116  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3753  DNA polymerase III subunit chi  39.6 
 
 		 147 aa  116  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.137186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4822  DNA polymerase III subunit chi  39.6 
 
 		 147 aa  116  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00375029  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04125  DNA polymerase III subunit chi  39.6 
 
 		 147 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.171112  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0739  DNA polymerase III, chi subunit  41.5 
 
 		 157 aa  115  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04089  hypothetical protein  39.6 
 
 		 147 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.218538  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3649  DNA polymerase III subunit chi  40.27 
 
 		 147 aa  115  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.303922 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4739  DNA polymerase III subunit chi  39.6 
 
 		 160 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00452125  normal  0.589357 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3563  DNA polymerase III chi subunit, HolC  42 
 
 		 156 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4862  DNA polymerase III subunit chi  38.93 
 
 		 160 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0611412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4732  DNA polymerase III subunit chi  38.93 
 
 		 160 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8643  normal  0.315665 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4762  DNA polymerase III subunit chi  38.93 
 
 		 147 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0153251  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4825  DNA polymerase III subunit chi  38.93 
 
 		 147 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4881  DNA polymerase III subunit chi  38.93 
 
 		 147 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.983564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1264  DNA polymerase III subunit chi  39.33 
 
 		 147 aa  107  4.0000000000000004e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000426106  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2084  DNA polymerase III subunit chi  40.27 
 
 		 149 aa  107  5e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000200147  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0561  DNA polymerase III subunit chi  47.37 
 
 		 149 aa  107  5e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00441669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14460  DNA polymerase III subunit chi  40.14 
 
 		 142 aa  107  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1281  DNA polymerase III subunit chi  39.07 
 
 		 142 aa  105  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03636  DNA polymerase III subunit chi  40.27 
 
 		 150 aa  105  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002427  DNA polymerase III chi subunit  39.6 
 
 		 150 aa  102  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0267935  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0286  DNA polymerase III, chi subunit  39.52 
 
 		 154 aa  99.8  1e-20  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2557  hypothetical protein  40.15 
 
 		 144 aa  97.8  5e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  36.31 
 
 		 143 aa  97.1  8e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2685  hypothetical protein  40.15 
 
 		 144 aa  96.7  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11640  DNA polymerase III subunit chi  35.76 
 
 		 142 aa  96.7  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4238  DNA polymerase III subunit chi  36.49 
 
 		 142 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0979  DNA polymerase III subunit chi  35.95 
 
 		 142 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1017  DNA polymerase III subunit chi  35.95 
 
 		 142 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0985  DNA polymerase III subunit chi  35.53 
 
 		 142 aa  92  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0988  DNA polymerase III subunit chi  33.33 
 
 		 142 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1270  DNA polymerase III, chi subunit  35.57 
 
 		 142 aa  88.2  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01577  DNA polymerase III chi subunit  36.81 
 
 		 140 aa  85.9  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.167803  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1090  DNA polymerase III subunit chi  34.9 
 
 		 142 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.918741 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2098  DNA polymerase III, chi subunit, putative  31.51 
 
 		 152 aa  82  0.000000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3528  DNA polymerase III, chi subunit  32.64 
 
 		 139 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0021621  normal  0.458218 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2141  DNA polymerase III chi subunit HolC  31.4 
 
 		 147 aa  75.9  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.595974  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2116  DNA polymerase III chi subunit HolC  31.71 
 
 		 139 aa  72.4  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.53 
 
 		 150 aa  72.8  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171955  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0557  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.72 
 
 		 146 aa  70.1  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000871716 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0682  DNA polymerase III chi subunit, HolC  34.43 
 
 		 140 aa  67.8  0.00000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.237318  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0960  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.52 
 
 		 169 aa  65.1  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0829  DNA polymerase III subunit chi  31.15 
 
 		 138 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.525292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1371  DNA polymerase III, chi subunit  28.37 
 
 		 149 aa  63.5  0.0000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.217758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02658  DNA polymerase III subunit chi  31.54 
 
 		 141 aa  63.2  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0112  DNA polymerase III subunit chi  33.05 
 
 		 141 aa  61.6  0.000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2594  DNA polymerase III chi subunit HolC  32.23 
 
 		 145 aa  62  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0380592 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0096  DNA polymerase III subunit chi  33.05 
 
 		 141 aa  61.6  0.000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2788  DNA polymerase III chi subunit HolC  33.61 
 
 		 146 aa  61.2  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1858  DNA polymerase III chi subunit HolC  29.17 
 
 		 141 aa  60.5  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3637  DNA polymerase III subunit chi  32.5 
 
 		 138 aa  60.8  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2203  DNA polymerase III, chi subunit  29.17 
 
 		 141 aa  60.5  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.573  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0985  DNA polymerase III subunit chi  32.5 
 
 		 138 aa  60.8  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0223  DNA polymerase III, chi subunit  33.64 
 
 		 154 aa  60.5  0.000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000247187  normal  0.861586 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0579  DNA polymerase III, chi subunit  32.5 
 
 		 143 aa  58.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.706687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0745  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.82 
 
 		 140 aa  58.5  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.753041  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1378  DNA polymerase III chi subunit HolC  27.13 
 
 		 147 aa  58.2  0.00000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0535  DNA polymerase III subunit chi  26.67 
 
 		 141 aa  57  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.815318 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1941  DNA polymerase III, chi subunit  27.12 
 
 		 144 aa  54.7  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206934  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1548  DNA polymerase III, chi subunit  29.75 
 
 		 138 aa  53.1  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2806  DNA polymerase III subunit chi  36.13 
 
 		 144 aa  52  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.654553  normal  0.315604 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2731  DNA polymerase III subunit chi  29.17 
 
 		 147 aa  50.8  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.480255  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0824  DNA polymerase III subunit chi  30.21 
 
 		 138 aa  50.4  0.000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2675  DNA polymerase III, chi subunit  29.59 
 
 		 157 aa  50.4  0.000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000802789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.58 
 
 		 144 aa  50.4  0.000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0673  DNA polymerase III subunit chi  30.21 
 
 		 138 aa  50.4  0.000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.813274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1177  DNA polymerase III subunit chi  30.21 
 
 		 138 aa  50.4  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.477479  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2117  DNA polymerase III subunit chi  29.75 
 
 		 144 aa  50.4  0.000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.520432  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2338  DNA polymerase III subunit chi  30.21 
 
 		 138 aa  50.4  0.000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.56137  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2948  DNA polymerase III subunit chi  30.21 
 
 		 138 aa  50.4  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277131  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1016  DNA polymerase III subunit chi  30.21 
 
 		 138 aa  50.4  0.000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.253766  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1023  DNA polymerase III subunit chi  30.21 
 
 		 138 aa  50.4  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.320715  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>