79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A2084 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A2084  DNA polymerase III subunit chi  100 
 
 		 149 aa  310  3.9999999999999997e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000200147  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002427  DNA polymerase III chi subunit  70.47 
 
 		 150 aa  235  2e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0267935  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03636  DNA polymerase III subunit chi  70.47 
 
 		 150 aa  234  3e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0525  DNA polymerase III subunit chi  47.55 
 
 		 147 aa  140  8e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.836695  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3649  DNA polymerase III subunit chi  42.66 
 
 		 147 aa  115  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.303922 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3738  DNA-directed DNA polymerase  41.26 
 
 		 147 aa  112  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1131  DNA polymerase III chi subunit, HolC  39.86 
 
 		 154 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000927432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4515  DNA polymerase III subunit chi  41.26 
 
 		 147 aa  111  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000205378  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04089  hypothetical protein  41.26 
 
 		 147 aa  111  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.218538  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5780  DNA polymerase III subunit chi  41.26 
 
 		 147 aa  111  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4822  DNA polymerase III subunit chi  41.26 
 
 		 147 aa  111  3e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00375029  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3753  DNA polymerase III subunit chi  41.26 
 
 		 147 aa  111  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.137186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4830  DNA polymerase III subunit chi  41.26 
 
 		 147 aa  111  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0579073  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04125  DNA polymerase III subunit chi  41.26 
 
 		 147 aa  111  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.171112  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1132  DNA polymerase III chi subunit, HolC  39.86 
 
 		 154 aa  111  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00137495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1202  DNA polymerase III chi subunit, HolC  39.86 
 
 		 154 aa  111  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00117323  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3423  DNA polymerase III, chi subunit  39.16 
 
 		 154 aa  111  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4825  DNA polymerase III subunit chi  41.96 
 
 		 147 aa  111  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4881  DNA polymerase III subunit chi  41.96 
 
 		 147 aa  111  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.983564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4739  DNA polymerase III subunit chi  41.26 
 
 		 160 aa  111  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00452125  normal  0.589357 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4732  DNA polymerase III subunit chi  41.96 
 
 		 160 aa  111  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8643  normal  0.315665 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4762  DNA polymerase III subunit chi  41.96 
 
 		 147 aa  111  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0153251  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4862  DNA polymerase III subunit chi  41.96 
 
 		 160 aa  111  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0611412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3680  DNA polymerase III subunit chi  43.24 
 
 		 149 aa  110  8.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4046  DNA polymerase III subunit chi  43.24 
 
 		 149 aa  110  8.000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0101072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1009  DNA polymerase III chi subunit, HolC  38.51 
 
 		 156 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3544  DNA polymerase III subunit chi  43.24 
 
 		 149 aa  110  8.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0256768  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3558  DNA polymerase III subunit chi  42.18 
 
 		 156 aa  109  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.967018  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3563  DNA polymerase III chi subunit, HolC  43.92 
 
 		 156 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1060  DNA polymerase III chi subunit HolC  37.84 
 
 		 156 aa  108  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.559351  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0739  DNA polymerase III, chi subunit  39.46 
 
 		 157 aa  108  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3721  DNA polymerase III subunit chi  40.56 
 
 		 149 aa  108  3e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0387  DNA polymerase III subunit chi  39.58 
 
 		 149 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0443  DNA polymerase III subunit chi  39.86 
 
 		 149 aa  107  5e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0924  DNA polymerase III chi subunit, HolC  40.27 
 
 		 153 aa  107  5e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.722324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3120  DNA polymerase III chi subunit HolC  37.89 
 
 		 174 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000377435  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3263  DNA polymerase III chi subunit HolC  37.89 
 
 		 174 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0142385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1256  DNA polymerase III chi subunit HolC  44.44 
 
 		 167 aa  105  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00560451  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3111  DNA polymerase III chi subunit HolC  37.89 
 
 		 174 aa  105  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00130972  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2866  DNA polymerase III chi subunit, HolC  39.6 
 
 		 153 aa  102  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0418858  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0902  DNA polymerase III chi subunit HolC  39.33 
 
 		 163 aa  103  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2741  DNA polymerase III chi subunit, HolC  44.76 
 
 		 176 aa  102  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.464581  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0917  DNA polymerase III chi subunit, HolC  38.46 
 
 		 149 aa  100  7e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.741831  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0561  DNA polymerase III subunit chi  40.82 
 
 		 149 aa  100  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00441669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0286  DNA polymerase III, chi subunit  36.88 
 
 		 154 aa  96.3  1e-19  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0791  DNA polymerase III, chi subunit  35.62 
 
 		 151 aa  95.9  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1264  DNA polymerase III subunit chi  40.74 
 
 		 147 aa  90.1  8e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000426106  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01577  DNA polymerase III chi subunit  34.51 
 
 		 140 aa  89.4  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.167803  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0394  DNA polymerase III chi subunit, HolC  37.09 
 
 		 160 aa  87.8  4e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11640  DNA polymerase III subunit chi  34.51 
 
 		 142 aa  81.6  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14460  DNA polymerase III subunit chi  30.99 
 
 		 142 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1281  DNA polymerase III subunit chi  30.99 
 
 		 142 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4238  DNA polymerase III subunit chi  29.25 
 
 		 142 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.7 
 
 		 143 aa  70.1  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0985  DNA polymerase III subunit chi  29.25 
 
 		 142 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0979  DNA polymerase III subunit chi  27.89 
 
 		 142 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1017  DNA polymerase III subunit chi  27.89 
 
 		 142 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2557  hypothetical protein  31.69 
 
 		 144 aa  63.5  0.0000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2685  hypothetical protein  31.69 
 
 		 144 aa  62  0.000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0988  DNA polymerase III subunit chi  29.25 
 
 		 142 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0535  DNA polymerase III subunit chi  28.08 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.815318 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3528  DNA polymerase III, chi subunit  24.66 
 
 		 139 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0021621  normal  0.458218 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2788  DNA polymerase III chi subunit HolC  27.89 
 
 		 146 aa  57  0.00000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1270  DNA polymerase III, chi subunit  26.53 
 
 		 142 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1090  DNA polymerase III subunit chi  26.53 
 
 		 142 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.918741 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2116  DNA polymerase III chi subunit HolC  23.97 
 
 		 139 aa  52.4  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0223  DNA polymerase III, chi subunit  28.23 
 
 		 154 aa  52.8  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000247187  normal  0.861586 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2675  DNA polymerase III, chi subunit  27.01 
 
 		 157 aa  49.7  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000802789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0112  DNA polymerase III subunit chi  25.34 
 
 		 141 aa  48.1  0.00004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1858  DNA polymerase III chi subunit HolC  24.14 
 
 		 141 aa  47.4  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2203  DNA polymerase III, chi subunit  24.14 
 
 		 141 aa  47.4  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.573  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  20.55 
 
 		 150 aa  47.4  0.00006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171955  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02658  DNA polymerase III subunit chi  25.34 
 
 		 141 aa  47.4  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0096  DNA polymerase III subunit chi  24.66 
 
 		 141 aa  47  0.00009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0052  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28 
 
 		 166 aa  45.4  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2098  DNA polymerase III, chi subunit, putative  23.81 
 
 		 152 aa  43.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0745  DNA polymerase III chi subunit, HolC  21.3 
 
 		 140 aa  42.4  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.753041  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0829  DNA polymerase III subunit chi  31.18 
 
 		 138 aa  41.2  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.525292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2731  DNA polymerase III subunit chi  26 
 
 		 147 aa  41.2  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.480255  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>