More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0024 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0024  ArsR family transcriptional regulator  100 
 
 		 101 aa  204  4e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000555304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0025  ArsR family transcriptional regulator  85 
 
 		 101 aa  177  2.9999999999999997e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0018  regulatory protein, ArsR  88 
 
 		 102 aa  177  2.9999999999999997e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.413678  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0026  ArsR family transcriptional regulator  84 
 
 		 101 aa  176  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.849172  normal  0.018094 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0028  regulatory protein, ArsR  84 
 
 		 102 aa  175  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000136281  normal  0.0492639 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0029  ArsR family transcriptional regulator  87 
 
 		 102 aa  176  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000481298  hitchhiker  0.000000745632 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0026  ArsR family transcriptional regulator  86 
 
 		 102 aa  174  3e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0021  regulatory protein ArsR  87 
 
 		 102 aa  174  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00282375  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0026  regulatory protein, ArsR  87 
 
 		 102 aa  174  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000871967  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0025  ArsR family transcriptional regulator  87 
 
 		 102 aa  174  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00398711  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0025  transcriptional regulator, ArsR family  87 
 
 		 102 aa  174  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.111257  hitchhiker  0.00000153005 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0023  ArsR family transcriptional regulator  86 
 
 		 102 aa  174  3e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000124872  hitchhiker  0.000733869 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0021  ArsR family transcriptional regulator  86 
 
 		 102 aa  174  3e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000364753  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0037  ArsR family transcriptional regulator  85 
 
 		 102 aa  174  3e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.139091 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0020  regulatory protein, ArsR  82 
 
 		 101 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0018  transcriptional regulator, ArsR family protein  80 
 
 		 101 aa  167  3e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.591177  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2367  regulatory protein ArsR  53.19 
 
 		 97 aa  107  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.74667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0961  regulatory protein, ArsR  43.88 
 
 		 135 aa  100  7e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0576  transcriptional activator HlyU  53.12 
 
 		 103 aa  99.4  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000103894  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1236  ArsR family transcriptional regulator  48.35 
 
 		 101 aa  99  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118736  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000101  transcriptional regulator ArsR family  49.48 
 
 		 102 aa  98.6  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.344497  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00976  hypothetical protein  54.17 
 
 		 101 aa  97.4  5e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2292  ArsR family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 99 aa  94.4  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.863307  hitchhiker  0.000000172581 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2615  ArsR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 119 aa  94  6e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.237547  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0210  transcriptional activator HlyU  58.75 
 
 		 85 aa  94  6e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000976206  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1287  ArsR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 98 aa  93.2  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000165957  normal  0.329148 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0920  transcriptional regulator HlyU  48.45 
 
 		 98 aa  93.2  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000331953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0586  ArsR family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 105 aa  92.4  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6792  ArsR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 108 aa  92.4  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.439051  normal  0.0283932 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2894  transcriptional regulator, ArsR family protein  48.45 
 
 		 98 aa  92.4  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0578791  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1095  ArsR family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 98 aa  92  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000620503  normal  0.070685 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004423  transcriptional activator HlyU  51.04 
 
 		 100 aa  91.7  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000188739  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1190  ArsR family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 98 aa  92  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00010661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1079  ArsR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 104 aa  91.3  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000795282  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3239  transcriptional regulator, ArsR family  48.45 
 
 		 98 aa  90.5  7e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00078895  normal  0.52452 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3538  transcriptional regulator HlyU  48.45 
 
 		 98 aa  90.5  7e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1055  regulatory protein, ArsR  48.45 
 
 		 98 aa  90.5  7e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584265  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1117  regulatory protein ArsR  48.45 
 
 		 98 aa  90.5  7e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000362609  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1151  ArsR family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 98 aa  90.5  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000355977  normal  0.185077 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2961  ArsR family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 98 aa  90.5  7e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000318119  normal  0.703465 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3043  ArsR family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 98 aa  90.5  7e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000176438  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1050  regulatory protein, ArsR  48.45 
 
 		 98 aa  90.5  7e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000242354  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3141  ArsR family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 98 aa  90.5  7e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000177762  normal  0.988511 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1211  transcriptional regulator, ArsR family  43.01 
 
 		 113 aa  89.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2727  regulatory protein, ArsR  47.42 
 
 		 98 aa  89.7  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000369896  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1589  ArsR family transcriptional regulator  51.11 
 
 		 115 aa  89  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000194684  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1532  ArsR family transcriptional regulator  51.11 
 
 		 115 aa  89  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3223  ArsR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 123 aa  89  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.675106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1937  ArsR family transcriptional regulator  58.23 
 
 		 107 aa  89  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1306  ArsR family transcriptional regulator  41 
 
 		 109 aa  87  7e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.680406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4701  regulatory protein, ArsR  38.54 
 
 		 106 aa  87  8e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.593544  normal  0.304994 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01281  transcriptional regulator, ArsR family protein  49.38 
 
 		 87 aa  86.3  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000457227  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4302  ArsR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 106 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.372535 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1580  regulatory protein ArsR  48.89 
 
 		 115 aa  86.3  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.0014541  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4201  regulatory protein, ArsR  42.86 
 
 		 106 aa  85.9  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.541615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6240  ArsR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 94 aa  85.5  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.668362  normal  0.873171 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3285  transcriptional regulator ArsR family  47.73 
 
 		 105 aa  84.7  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4153  transcriptional regulator, ArsR family  40.62 
 
 		 119 aa  84  6e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.161785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2105  ArsR family transcriptional regulator  52.13 
 
 		 100 aa  84  7e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3721  ArsR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 104 aa  83.6  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0645821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05708  hypothetical protein  39.78 
 
 		 97 aa  83.6  9e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0793  regulatory protein, ArsR  39 
 
 		 105 aa  83.2  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0333  ArsR family transcriptional regulator  40 
 
 		 104 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0234  ArsR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 112 aa  83.2  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1617  ArsR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 115 aa  82.8  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.755746  normal  0.662554 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3096  transcriptional regulator, ArsR family  49.41 
 
 		 105 aa  81.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.556468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2370  ArsR family transcriptional regulator  44.94 
 
 		 103 aa  82  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000192814  hitchhiker  0.0000168087 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2827  transcriptional regulator, ArsR family  49.41 
 
 		 105 aa  81.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313122  normal  0.191386 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1286  transcriptional regulator, ArsR family  41.94 
 
 		 109 aa  81.3  0.000000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48910  ArsR family regulatory protein  41.67 
 
 		 107 aa  80.9  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.316349  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1917  regulatory protein, ArsR  38.54 
 
 		 117 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.984874 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2476  ArsR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 110 aa  80.9  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1717  ArsR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 122 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.805435  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5676  ArsR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 106 aa  80.9  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1609  regulatory protein ArsR  42.86 
 
 		 110 aa  80.5  0.000000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.020188  normal  0.119159 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2606  ArsR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 127 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1264  regulatory protein, ArsR  39.58 
 
 		 117 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.648865 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4659  regulatory protein ArsR  38.2 
 
 		 115 aa  79  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2812  transcriptional regulator  39.18 
 
 		 111 aa  79.3  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.158239 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0363  regulatory protein, ArsR  39.18 
 
 		 111 aa  79  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621973 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2309  regulatory protein ArsR  45.98 
 
 		 114 aa  79  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.374797 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1619  regulatory protein ArsR  41.24 
 
 		 103 aa  78.6  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000554955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3631  transcriptional regulator of ArsR family protein  43.18 
 
 		 103 aa  77.8  0.00000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1189  transcriptional regulator, ArsR family  40.82 
 
 		 142 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1206  ArsR family transcriptional regulator  45.78 
 
 		 115 aa  77.4  0.00000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.233915  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3666  ArsR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 116 aa  77.4  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0240  ArsR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 110 aa  77  0.00000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1791  ArsR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 96 aa  77  0.00000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0132  transcriptional regulator, TrmB  46.07 
 
 		 107 aa  77  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.500146  normal  0.0196192 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3741  transcriptional regulator, ArsR family  47.44 
 
 		 103 aa  76.6  0.00000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4139  transcriptional regulator, ArsR family  46.07 
 
 		 107 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.908803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1050  ArsR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 141 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0854  regulatory protein, ArsR  35.05 
 
 		 133 aa  76.6  0.0000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229848 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2316  transcriptional regulator, TrmB  46.07 
 
 		 107 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.66279  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3286  putative transcriptional regulator, ArsR family  40.7 
 
 		 106 aa  76.3  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1877  ArsR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 103 aa  75.9  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.42284  hitchhiker  0.00584724 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3459  ArsR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 112 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1527  regulatory protein ArsR  43.16 
 
 		 124 aa  75.5  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2068  ArsR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 96 aa  75.9  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.887596  normal  0.21575 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1410  transcriptional regulator, ArsR family  34.38 
 
 		 107 aa  75.5  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>