More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_2039 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_2039  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  100 
 
 
476 aa  969    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2002  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.17 
 
 
495 aa  415  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.515023  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1899  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.86 
 
 
480 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.530135 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2713  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.15 
 
 
484 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2974  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.47 
 
 
484 aa  384  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.547002  normal  0.081946 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7466  hypothetical protein  46.03 
 
 
492 aa  381  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2983  putative Uracil-DNA glycosylase  46.71 
 
 
496 aa  379  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0229765  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2581  Uracil-DNA glycosylase superfamily  45.65 
 
 
485 aa  380  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.148154  normal  0.520534 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2306  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  45.22 
 
 
485 aa  376  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0113153 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3539  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.85 
 
 
493 aa  367  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.72599  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2263  Uracil-DNA glycosylase superfamily  45.44 
 
 
485 aa  366  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03048  uracil DNA glycosylase superfamily protein  45.77 
 
 
477 aa  365  1e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2232  putative uracil-DNA glycosylase  44.85 
 
 
474 aa  361  2e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0908  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.33 
 
 
485 aa  360  4e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4607  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.74 
 
 
479 aa  359  6e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6621  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.5 
 
 
493 aa  349  7e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.647751  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2068  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.42 
 
 
465 aa  344  2e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.803704  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2261  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.39 
 
 
485 aa  342  1e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102912  normal  0.247283 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2502  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.77 
 
 
476 aa  340  2.9999999999999998e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.562292  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.94 
 
 
491 aa  309  8e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.716146 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1310  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.39 
 
 
490 aa  290  4e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4595  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.07 
 
 
300 aa  238  2e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3194  Uracil-DNA glycosylase superfamily  35.15 
 
 
428 aa  222  9.999999999999999e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.4407  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4850  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.8 
 
 
279 aa  218  2e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0473991  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1758  uracil-DNA glycosylase  44.12 
 
 
299 aa  217  4e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01932  putative DNA polymerase related protein  41.57 
 
 
265 aa  208  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3335  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.74 
 
 
211 aa  203  5e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0920628 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2259  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.79 
 
 
247 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.166552  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2228  hypothetical protein  29.9 
 
 
507 aa  199  9e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3585  putative DNA polymerase related protein  36.64 
 
 
264 aa  196  7e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3354  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.72 
 
 
217 aa  188  2e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.995704 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4407  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.46 
 
 
213 aa  187  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.380012 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5910  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.73 
 
 
220 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2840  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.11 
 
 
206 aa  182  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.182688  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1286  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.19 
 
 
209 aa  181  2e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2808  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.7 
 
 
237 aa  179  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5994  Uracil-DNA glycosylase superfamily  39.77 
 
 
546 aa  178  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.263417 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2261  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.54 
 
 
225 aa  178  2e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.237053  normal  0.0854342 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5870  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.28 
 
 
213 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.669863  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4300  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.03 
 
 
207 aa  175  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6775  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50 
 
 
213 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2572  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.92 
 
 
260 aa  172  9e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.222133  normal  0.578981 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6379  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.28 
 
 
217 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.693226  normal  0.500254 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4052  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.49 
 
 
202 aa  162  1e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.833859  normal  0.9784 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6057  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.03 
 
 
223 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  0.181537 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2690  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.19 
 
 
224 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0522  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.44 
 
 
208 aa  160  5e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0078684 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1364  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.5 
 
 
223 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6465  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.5 
 
 
223 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.114604  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0404  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.13 
 
 
214 aa  159  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.112864  normal  0.964796 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5631  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.1 
 
 
217 aa  159  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0609757  normal  0.0369434 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5408  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.83 
 
 
244 aa  156  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.937407 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1481  putative phage DNA polymerase  49.43 
 
 
235 aa  156  8e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2785  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.18 
 
 
224 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3202  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.86 
 
 
217 aa  153  7e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.961371 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.36 
 
 
216 aa  152  8.999999999999999e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3015  uracil-DNA glycosylase  44.44 
 
 
218 aa  152  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4147  hypothetical protein  36.74 
 
 
295 aa  152  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3144  uracil-DNA glycosylase  44.44 
 
 
218 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1364  putative DNA glycosylase  44.44 
 
 
218 aa  150  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.77623  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5462  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.25 
 
 
219 aa  150  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00414402 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4396  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.16 
 
 
207 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0933493  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3008  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.51 
 
 
229 aa  148  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00780326 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2993  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.04 
 
 
230 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3037  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.04 
 
 
230 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.541371  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2624  hypothetical protein  35.93 
 
 
279 aa  147  6e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00205381  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2364  hypothetical protein  35.93 
 
 
279 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.09488  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3468  hypothetical protein  36.94 
 
 
279 aa  146  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0524823 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1181  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.99 
 
 
224 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0118  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.57 
 
 
217 aa  144  2e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12930  uracil-DNA glycosylase, family 4  42.35 
 
 
211 aa  144  3e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0834  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.37 
 
 
223 aa  144  3e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597478  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1521  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.08 
 
 
229 aa  134  3.9999999999999996e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0463679 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3623  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.49 
 
 
216 aa  131  3e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8784  Uracil-DNA glycosylase superfamily  38.71 
 
 
222 aa  131  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.644788 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2853  hypothetical protein  32.59 
 
 
282 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889205  normal  0.120479 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2122  hypothetical protein  33.21 
 
 
278 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0384708  normal  0.383593 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1870  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.54 
 
 
201 aa  124  4e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1487  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.9 
 
 
245 aa  119  9.999999999999999e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2187  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.86 
 
 
205 aa  118  1.9999999999999998e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0839  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.5 
 
 
297 aa  118  1.9999999999999998e-25  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0413074 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0157  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.88 
 
 
200 aa  116  8.999999999999998e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0205394  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2276  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.82 
 
 
243 aa  116  8.999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2923  hypothetical protein  31.34 
 
 
285 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.301224  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2769  hypothetical protein  30.71 
 
 
280 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.230469  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2416  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.71 
 
 
190 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1204  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.41 
 
 
210 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0469279  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0372  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.06 
 
 
294 aa  114  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000046016 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1085  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.11 
 
 
217 aa  114  5e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.863324  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1937  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.8 
 
 
285 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.090684  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2370  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.39 
 
 
245 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.114234  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2062  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.77 
 
 
342 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.735685 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1234  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.76 
 
 
358 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.532559  normal  0.188562 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0113  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.53 
 
 
206 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1940  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.83 
 
 
205 aa  110  5e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000409376 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1944  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.51 
 
 
345 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.51 
 
 
367 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0503  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.1 
 
 
216 aa  110  7.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6034  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.23 
 
 
346 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0371104  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2043  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.23 
 
 
346 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.910745  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>