More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2928 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2928  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  588  1e-167  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0645759  normal  0.282889 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0894  LysR family transcriptional regulator  66.21 
 
 		 298 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0901  LysR family transcriptional regulator  65.31 
 
 		 302 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000228882 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3390  LysR family transcriptional regulator  64.16 
 
 		 296 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0953  LysR family transcriptional regulator  64.16 
 
 		 296 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0974  transcriptional regulator, LysR family  64.16 
 
 		 296 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.966458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0988  LysR family transcriptional regulator  63.48 
 
 		 296 aa  387  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1046  LysR family transcriptional regulator  65.53 
 
 		 296 aa  383  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0921  LysR family transcriptional regulator  64.51 
 
 		 296 aa  377  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.422562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0884  LysR family transcriptional regulator  64.16 
 
 		 296 aa  376  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000164987  normal  0.231561 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3051  LysR family transcriptional regulator  64.51 
 
 		 296 aa  377  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000517942  normal  0.0334887 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3026  LysR family transcriptional regulator  63.48 
 
 		 296 aa  370  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0828  LysR family transcriptional regulator  56.55 
 
 		 297 aa  339  4e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  41.1 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  41.44 
 
 		 294 aa  224  2e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.18 
 
 		 298 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 320 aa  220  1.9999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 297 aa  218  7e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0420  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 296 aa  209  6e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3794  transcriptional regulator, LysR family  40.5 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689518 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 295 aa  202  7e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4487  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 293 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4627  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1693  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19670  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 297 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.663565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4611  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0937251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0340  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0324  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 296 aa  192  5e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1120  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.359729  normal  0.248441 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3760  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 320 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0023  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189031  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 311 aa  170  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0176  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 334 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2679  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.626987  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2769  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3502  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0236  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0024  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1873  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0024  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 311 aa  165  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2922  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 319 aa  165  9e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 294 aa  162  4.0000000000000004e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4429  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 295 aa  162  6e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.353494  normal  0.612684 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 311 aa  162  6e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0047  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3228  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.155209 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0063  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0045  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 308 aa  158  9e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0026  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0044  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0036  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.565587  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 292 aa  156  5.0000000000000005e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  28.62 
 
 		 292 aa  156  5.0000000000000005e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 292 aa  153  4e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1324  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 293 aa  152  8.999999999999999e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0271  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0648353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 293 aa  149  4e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0243  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 302 aa  148  9e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  33.67 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  33.67 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  33.67 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  33.67 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  33.67 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 296 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  26.06 
 
 		 295 aa  135  8e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 291 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 295 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  28.23 
 
 		 295 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  27.3 
 
 		 294 aa  129  6e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0719  LysR family regulatory protein  31.94 
 
 		 322 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0714085  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 295 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2879  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3167  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0532  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1451  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870434  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0291  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0550  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0137  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.750096  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1336  transcriptional regulator, LysR family  32.12 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.916876  normal  0.272272 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 299 aa  123  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1401  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 302 aa  122  5e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1795  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 296 aa  123  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00491108  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>