More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0042 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 
320 aa  650  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.144256 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  81.59 
 
 
318 aa  530  1e-150  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  1.88499e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  81.79 
 
 
318 aa  529  1e-149  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  82.11 
 
 
318 aa  528  1e-149  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0028  methionyl-tRNA formyltransferase  82.11 
 
 
318 aa  529  1e-149  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.709441  hitchhiker  0.00475764 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  81.27 
 
 
318 aa  528  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  81.79 
 
 
318 aa  526  1e-148  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.57015e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  78.75 
 
 
321 aa  525  1e-148  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  80.95 
 
 
318 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  81.27 
 
 
318 aa  527  1e-148  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109779 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  80.63 
 
 
318 aa  523  1e-147  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  80.83 
 
 
318 aa  521  1e-147  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  76.83 
 
 
329 aa  505  1e-142  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0590691 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3737  methionyl-tRNA formyltransferase  77.96 
 
 
324 aa  502  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0037  methionyl-tRNA formyltransferase  74.38 
 
 
320 aa  497  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.553222 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  75.86 
 
 
319 aa  489  1e-137  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00392  methionyl-tRNA formyltransferase  67.63 
 
 
315 aa  438  1e-122  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2474  methionyl-tRNA formyltransferase  64.86 
 
 
315 aa  430  1e-119  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4512  methionyl-tRNA formyltransferase  67.42 
 
 
314 aa  429  1e-119  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.017466  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002056  methionyl-tRNA formyltransferase  66.67 
 
 
315 aa  430  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0355  methionyl-tRNA formyltransferase  65.27 
 
 
313 aa  415  1e-115  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.36252  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3711  methionyl-tRNA formyltransferase  64.63 
 
 
315 aa  407  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.734888  normal  0.143925 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3603  methionyl-tRNA formyltransferase  64.63 
 
 
315 aa  407  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109792  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3676  methionyl-tRNA formyltransferase  64.63 
 
 
315 aa  407  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3774  methionyl-tRNA formyltransferase  64.95 
 
 
315 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3604  methionyl-tRNA formyltransferase  64.63 
 
 
315 aa  407  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  64.31 
 
 
315 aa  408  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0074  methionyl-tRNA formyltransferase  63.14 
 
 
321 aa  410  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  63.87 
 
 
315 aa  408  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0079  methionyl-tRNA formyltransferase  63.26 
 
 
316 aa  409  1e-113  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  64.19 
 
 
315 aa  409  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  64.19 
 
 
315 aa  409  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  64.19 
 
 
315 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  64.19 
 
 
315 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  64.19 
 
 
315 aa  408  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  64.19 
 
 
315 aa  409  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  63.67 
 
 
315 aa  404  1e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3969  methionyl-tRNA formyltransferase  64.84 
 
 
315 aa  405  1e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.483115  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3719  methionyl-tRNA formyltransferase  62.3 
 
 
315 aa  407  1e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.236435  hitchhiker  0.00730816 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3790  methionyl-tRNA formyltransferase  64.84 
 
 
315 aa  405  1e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.243321  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0438  methionyl-tRNA formyltransferase  64.63 
 
 
313 aa  402  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0614  methionyl-tRNA formyltransferase  64.84 
 
 
315 aa  400  1e-110  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00549944  normal  0.0281332 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3883  methionyl-tRNA formyltransferase  64.84 
 
 
315 aa  400  1e-110  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00162165  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0315  methionyl-tRNA formyltransferase  64.84 
 
 
315 aa  400  1e-110  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0040  methionyl-tRNA formyltransferase  63.84 
 
 
317 aa  399  1e-110  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0054  methionyl-tRNA formyltransferase  62.58 
 
 
314 aa  392  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00021  methionyl-tRNA formyltransferase  60.97 
 
 
312 aa  391  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  61.66 
 
 
315 aa  387  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0178  methionyl-tRNA formyltransferase  59.62 
 
 
314 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0086  methionyl-tRNA formyltransferase  57.42 
 
 
310 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2251  hitchhiker  9.86218e-08 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  58.39 
 
 
310 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107334  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  56.13 
 
 
310 aa  362  3e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417966  decreased coverage  6.11556e-15 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  55.9 
 
 
327 aa  363  3e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  57.01 
 
 
319 aa  362  5e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000109798  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0018  methionyl-tRNA formyltransferase  59.42 
 
 
314 aa  361  9e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  56.13 
 
 
310 aa  361  9e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.217446 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0067  methionyl-tRNA formyltransferase  56.13 
 
 
310 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.196453  unclonable  4.39837e-07 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00190  methionyl-tRNA formyltransferase  59.35 
 
 
314 aa  357  2e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.767541  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  54.84 
 
 
311 aa  354  1e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  56.95 
 
 
312 aa  353  2e-96  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0196  methionyl-tRNA formyltransferase  57.33 
 
 
318 aa  353  3e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00869838  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  53.42 
 
 
314 aa  345  5e-94  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  53.42 
 
 
314 aa  345  5e-94  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0020  methionyl-tRNA formyltransferase  56.59 
 
 
322 aa  345  8e-94  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00160  methionyl-tRNA formyltransferase  57.01 
 
 
325 aa  342  6e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  52.73 
 
 
332 aa  326  4e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.982881  normal  0.112275 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2868  methionyl-tRNA formyltransferase  55.7 
 
 
325 aa  324  1e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  53.18 
 
 
308 aa  320  2e-86  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2647  hypothetical protein  51.12 
 
 
314 aa  318  6e-86  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2517  hypothetical protein  50.8 
 
 
314 aa  315  5e-85  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3015  methionyl-tRNA formyltransferase  53.21 
 
 
323 aa  315  7e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0415  methionyl-tRNA formyltransferase  49.35 
 
 
311 aa  308  7e-83  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.467918  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0186  methionyl-tRNA formyltransferase  51.44 
 
 
308 aa  303  3e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000823971 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3584  methionyl-tRNA formyltransferase  53.14 
 
 
307 aa  298  1e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  51.62 
 
 
307 aa  298  1e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04056  methionyl-tRNA formyltransferase  51.48 
 
 
307 aa  295  9e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2084  methionyl-tRNA formyltransferase  53.18 
 
 
311 aa  294  1e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.198796  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1864  methionyl-tRNA formyltransferase  49.5 
 
 
307 aa  288  6e-77  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1928  methionyl-tRNA formyltransferase  49.17 
 
 
307 aa  284  1e-75  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0015  methionyl-tRNA formyltransferase  53.02 
 
 
309 aa  283  3e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.229268 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2272  methionyl-tRNA formyltransferase  50.67 
 
 
320 aa  281  9e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00775496 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2383  methionyl-tRNA formyltransferase  46.67 
 
 
348 aa  281  1e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.596014  normal  0.0248257 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2491  methionyl-tRNA formyltransferase  43.44 
 
 
319 aa  280  3e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3339  methionyl-tRNA formyltransferase  47.13 
 
 
311 aa  278  6e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.376602  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0244  methionyl-tRNA formyltransferase  46.62 
 
 
315 aa  278  7e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4638  methionyl-tRNA formyltransferase  48.17 
 
 
357 aa  277  1e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.857325  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0819  methionyl-tRNA formyltransferase  45.54 
 
 
313 aa  278  1e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2467  methionyl-tRNA formyltransferase  43.53 
 
 
363 aa  275  7e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0926432 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0130  methionyl-tRNA formyltransferase  45.31 
 
 
317 aa  275  1e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0262  methionyl-tRNA formyltransferase  47.94 
 
 
310 aa  273  2e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2139  methionyl-tRNA formyltransferase  42.86 
 
 
361 aa  274  2e-72  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931795 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3354  methionyl-tRNA formyltransferase  47.06 
 
 
327 aa  272  5e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0094  methionyl-tRNA formyltransferase  48.89 
 
 
320 aa  272  6e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4042  methionyl-tRNA formyltransferase  47.6 
 
 
308 aa  271  1e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.618576 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3123  methionyl-tRNA formyltransferase  48.94 
 
 
327 aa  271  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.760657  normal  0.204185 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0649  methionyl-tRNA formyltransferase  44.2 
 
 
318 aa  270  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.95229e-24 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0635  methionyl-tRNA formyltransferase  43.89 
 
 
318 aa  270  2e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0157901  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3677  methionyl-tRNA formyltransferase  46.75 
 
 
327 aa  270  3e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3217  methionyl-tRNA formyltransferase  45.71 
 
 
316 aa  269  4e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163749  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0831  methionyl-tRNA formyltransferase  48.23 
 
 
327 aa  269  4e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>