196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_R0030 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0160344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0037  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0828388  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0056  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0053  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.686507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4575  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0013  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0697011  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0051  tRNA-Arg  97.73 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0016058 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0051  tRNA-Arg  97.73 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t41  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0465377  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0002  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0060  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000474185  normal  0.472948 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0008  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.894814  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1960  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.775984  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0002  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000973138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0020  tRNA-Arg  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0801009 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0016  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.228908 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0012  tRNA-Arg  95 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0629  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.291675  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0050  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0085  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000064682  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0008  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0008  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00037457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0089  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4199  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.81521e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0091  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0325  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.924352  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309368  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0053  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000106477  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0048  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0033  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.49867  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t16  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000202832  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0019  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0987359  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0064  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0954  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>