More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_R0040 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  95.89 
 
 		 78 bp  121  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  95.31 
 
 		 73 bp  103  5e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  95.31 
 
 		 76 bp  103  5e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  95.31 
 
 		 73 bp  103  5e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  95.31 
 
 		 76 bp  103  5e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  95.31 
 
 		 76 bp  103  5e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  95.31 
 
 		 76 bp  103  5e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0018  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848824 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0031  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.214568  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  92.75 
 
 		 78 bp  97.6  3e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 78 bp  89.7  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0068  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.423507  normal  0.417359 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0067  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0034  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220727 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0011  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09690  tRNA-Trp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000497928  hitchhiker  0.00000737021 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0044  tRNA-Trp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00376159  normal  0.558412 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt07  tRNA-Trp  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt07  tRNA-Trp  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0041  tRNA-Trp  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000135677  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0014  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.933511 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0019  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0292581 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4298  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0013  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00030816  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0024  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0019  tRNA-Trp  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0805643  normal  0.168241 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0018  tRNA-Trp  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.392779 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0012  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.714029  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0011  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0026  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.200362  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0034  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0026  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0013  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635468  normal  0.0154478 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0006  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0031  tRNA-Trp  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0007  tRNA-Trp  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000385083  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0063  tRNA-Trp  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0052  tRNA-Trp  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4567  tRNA-Trp  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.926524  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t08  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00447017  unclonable  0.000000239322 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0017  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225393  normal  0.0224677 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t08  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA66  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000464617  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R86  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000013875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0083  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000000761194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0015  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0544479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0011  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000961162  hitchhiker  0.00000879757 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0013  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.863904 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0020  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00786701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0564  tRNA-Trp  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198705  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0015  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0011  tRNA-Trp  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.998721  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0036  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.868247  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0007  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000145435  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0013  tRNA-Trp  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000123102  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t21  tRNA-Trp  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.542798  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0046  tRNA-Trp  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0002  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.616662  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0043  tRNA-Trp  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0476411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1212  tRNA-Trp  92.16 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0008  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647008 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0043  tRNA-Trp  88.71 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000845148  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0067  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0021  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0017  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000589441  hitchhiker  0.00131035 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1220  tRNA-Trp  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.28673  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0039  tRNA-Trp  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.319425  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>