144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DehaBAV1_R0039 on replicon NC_009455
Organism: Dehalococcoides sp. BAV1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000845148  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0039  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.319425  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1220  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.28673  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0034  tRNA-Trp  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0011  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0034  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220727 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0024  tRNA-Trp  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0026  tRNA-Trp  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.200362  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0019  tRNA-Trp  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0292581 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0026  tRNA-Trp  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0107  tRNA-Trp  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000447975  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0775031  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0024    85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.895934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0029  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0051  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.585976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0054  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0023  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0031  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.214568  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0018  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848824 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0036  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0303875  normal  0.494779 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0038  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0037  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.513006  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0018  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0871425  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0069  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0065  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0927155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0003  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.7715 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0068  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.865421  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t013  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0053  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0372642  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0013  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00144283  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0029  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0031  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0032  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.648314  normal  0.932016 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0030  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.327508  normal  0.923325 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0113  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0422602  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0101  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001896  normal  0.0160972 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0106  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.375874  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0121  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000153016  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t097  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000384434  normal  0.0126807 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0130  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.108428  hitchhiker  0.00406594 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0013  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000123102  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0046  tRNA-Trp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00000179281  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0031  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0564  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198705  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0007  tRNA-Thr  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000187685  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_326  tRNA-Thr  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00688078  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0017  tRNA-Trp  84.62 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119473 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0016  tRNA-Trp  84.62 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.825811  normal  0.984478 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4298  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0018  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.392779 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0013  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635468  normal  0.0154478 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0036  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000784105  unclonable  0.0000000173687 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0011  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0012  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.714029  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0019  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0805643  normal  0.168241 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0046  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.590376 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4567  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.926524  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0094  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000691551  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0002  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.616662  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0063  tRNA-Trp  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0045  tRNA-Trp  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000437445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0006  tRNA-Trp  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0009  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31538  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0008  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0008  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0052  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0050  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA38  tRNA-Trp  90.7 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.997102 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0071  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>