More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2129 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2129  fumarate hydratase  100 
 
 
487 aa  990  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.000218779  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1627  fumarate hydratase  66.16 
 
 
468 aa  621  1e-177  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3005  fumarate hydratase  63.18 
 
 
464 aa  602  1e-171  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2866  fumarate hydratase  63.18 
 
 
463 aa  601  1e-171  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2731  fumarate hydratase, class II  62.91 
 
 
471 aa  599  1e-170  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.799595  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1328  fumarate hydratase  61.17 
 
 
469 aa  588  1e-167  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal  0.832729 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1197  fumarate hydratase  59.12 
 
 
459 aa  585  1e-166  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1238  fumarate hydratase  59.12 
 
 
459 aa  587  1e-166  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2918  fumarate hydratase, class II  62.66 
 
 
464 aa  582  1e-165  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0240  fumarate hydratase  65.66 
 
 
466 aa  584  1e-165  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2881  fumarate hydratase  64.07 
 
 
468 aa  578  1e-164  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3201  fumarate hydratase, class II  62.45 
 
 
464 aa  581  1e-164  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0083  fumarate hydratase  63.26 
 
 
466 aa  580  1e-164  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1576  fumarate hydratase  61.09 
 
 
482 aa  568  1e-161  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0866386  normal  0.827447 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1071  fumarate hydratase  62.63 
 
 
465 aa  569  1e-161  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_85745  fumarase  59.35 
 
 
463 aa  565  1e-160  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7115  fumarate hydratase, class II  63.74 
 
 
487 aa  561  1e-159  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.257416  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0721  fumarate hydratase  59.74 
 
 
464 aa  562  1e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.764225 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2138  fumarate hydratase  59.52 
 
 
464 aa  563  1e-159  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.273045  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1667  fumarate hydratase  60.65 
 
 
462 aa  562  1e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0452593 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4014  fumarate hydratase  62.55 
 
 
475 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2016  fumarate hydratase  61.09 
 
 
463 aa  559  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2030  fumarate hydratase  61.67 
 
 
472 aa  559  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2237  fumarate hydratase  60.43 
 
 
463 aa  555  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.416397 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0812  fumarate hydratase  59.74 
 
 
464 aa  557  1e-157  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.661312 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1452  fumarate hydratase  58.17 
 
 
465 aa  555  1e-157  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.315875 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2353  fumarate hydratase  60.65 
 
 
469 aa  554  1e-156  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.499046  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08707  fumarate hydratase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G02470)  59.91 
 
 
544 aa  554  1e-156  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2445  fumarate hydratase  58.35 
 
 
466 aa  551  1e-156  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.890321  normal  0.353648 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2334  fumarate hydratase  58.81 
 
 
465 aa  554  1e-156  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00667023  normal  0.148736 
 
 
-
 
NC_006685  CNC01700  fumarate hydratase, putative  60.43 
 
 
510 aa  551  1e-156  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0492  fumarate hydratase  58.3 
 
 
464 aa  551  1e-156  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.212311  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3242  fumarate hydratase, class II  61 
 
 
465 aa  551  1e-155  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2394  fumarate hydratase  59.22 
 
 
462 aa  548  1e-155  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.344054  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6106  fumarate hydratase  59.48 
 
 
474 aa  551  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1545  fumarate hydratase  59.26 
 
 
485 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0355  fumarate hydratase  61.74 
 
 
463 aa  549  1e-155  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0771995  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0494  fumarate hydratase, class II  57.3 
 
 
464 aa  545  1e-154  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.172647  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1908  fumarate hydratase  58.7 
 
 
465 aa  546  1e-154  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.856676  normal  0.217565 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2077  fumarate hydratase  59.13 
 
 
463 aa  541  1e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3271  fumarate hydratase  60.68 
 
 
472 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.126919  normal  0.943861 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2891  fumarate hydratase, class II  59.18 
 
 
472 aa  542  1e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.104385 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4521  fumarate hydratase, class II  59.7 
 
 
469 aa  544  1e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1975  fumarate hydratase  56.96 
 
 
462 aa  543  1e-153  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00792207  normal  0.442313 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3360  fumarate hydratase  61.96 
 
 
472 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0876882  normal  0.0135144 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3022  fumarate hydratase  60 
 
 
463 aa  542  1e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1832  fumarate hydratase  58.46 
 
 
464 aa  540  1e-152  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.87946  hitchhiker  0.00222416 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1901  fumarate hydratase  58.3 
 
 
470 aa  538  1e-152  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.687119  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0695  fumarate hydratase, class II  60.13 
 
 
469 aa  541  1e-152  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2664  fumarate hydratase, class II  58.96 
 
 
472 aa  540  1e-152  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.613599  normal  0.60037 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1007  fumarate hydratase  60 
 
 
463 aa  541  1e-152  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0281395  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2471  fumarate hydratase  59.83 
 
 
462 aa  536  1e-151  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1578  fumarate hydratase  57.24 
 
 
467 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.952 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1686  fumarate hydratase  57.68 
 
 
467 aa  538  1e-151  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.569967  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1705  fumarate hydratase  57.24 
 
 
467 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0627343  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2732  fumarate hydratase  58.72 
 
 
471 aa  536  1e-151  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3367  fumarate hydratase  58.7 
 
 
463 aa  536  1e-151  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.328502  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0174  fumarate hydratase  59.65 
 
 
478 aa  535  1e-151  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000137978  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1657  fumarate hydratase  56.74 
 
 
467 aa  535  1e-151  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000112707  normal  0.675256 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0192  fumarate hydratase  59.87 
 
 
463 aa  537  1e-151  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2151  fumarate hydratase, class II  59.78 
 
 
467 aa  536  1e-151  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0733926 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4865  fumarate hydratase  60.09 
 
 
485 aa  536  1e-151  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.649966 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1627  fumarate hydratase class II  60.35 
 
 
463 aa  535  1e-151  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2137  fumarate hydratase  58.55 
 
 
465 aa  535  1e-151  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1796  fumarate hydratase  57.89 
 
 
467 aa  533  1e-150  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.114122  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1874  fumarate hydratase  57.24 
 
 
467 aa  534  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0300838  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1568  fumarate hydratase  57.24 
 
 
467 aa  534  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.366448  normal  0.0865298 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2320  fumarate hydratase  57.89 
 
 
467 aa  533  1e-150  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.109369  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1166  fumarate hydratase, class II  59.69 
 
 
482 aa  535  1e-150  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0283  fumarate hydratase, class II  59.69 
 
 
468 aa  532  1e-150  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.136542 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2032  fumarate hydratase, class II  57.89 
 
 
467 aa  531  1e-150  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000761073  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2040  fumarate hydratase  57.68 
 
 
465 aa  533  1e-150  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1685  fumarate hydratase  59.74 
 
 
464 aa  533  1e-150  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1637  fumarate hydratase  57.24 
 
 
467 aa  534  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.799774 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2019  fumarate hydratase  57.89 
 
 
467 aa  532  1e-150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2341  fumarate hydratase  57.46 
 
 
465 aa  533  1e-150  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1894  fumarate hydratase  56.52 
 
 
467 aa  534  1e-150  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0017878  normal  0.186845 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1818  fumarate hydratase  58.11 
 
 
467 aa  535  1e-150  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0435049  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01580  fumarate hydratase  57.68 
 
 
467 aa  528  1e-149  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.191338  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2826  fumarate hydratase  59.52 
 
 
464 aa  529  1e-149  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.841054  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_74587  Fumarase converts fumaric acid to L-malic acid in the TCA cycle  57.05 
 
 
492 aa  529  1e-149  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.595402 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2515  fumarate hydratase  59.74 
 
 
464 aa  531  1e-149  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.324013  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0637  fumarate hydratase  56.33 
 
 
461 aa  531  1e-149  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.536555  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01570  hypothetical protein  57.68 
 
 
467 aa  528  1e-149  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.24852  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0889  fumarate hydratase  59.74 
 
 
464 aa  531  1e-149  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.445127  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2886  fumarate hydratase  58.69 
 
 
631 aa  531  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.205063  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0376  fumarate hydratase  56.74 
 
 
461 aa  530  1e-149  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0493  fumarate hydratase  59.74 
 
 
464 aa  531  1e-149  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2940  fumarate hydratase  59.74 
 
 
464 aa  531  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00014001  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1090  fumarate hydratase  58.64 
 
 
464 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.316185  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1049  fumarate hydratase  58.64 
 
 
464 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.994408  normal  0.827821 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1095  fumarate hydratase, class II  59.48 
 
 
469 aa  531  1e-149  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0144003 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0611  fumarate hydratase  58.64 
 
 
464 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.91536  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0966  fumarate hydratase  58.64 
 
 
464 aa  530  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.399399  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1589  fumarate hydratase  57.68 
 
 
467 aa  530  1e-149  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.194502  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1102  fumarate hydratase  56.77 
 
 
464 aa  530  1e-149  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.184674  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0970  fumarate hydratase  58.86 
 
 
464 aa  530  1e-149  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0259  fumarate hydratase  59.74 
 
 
464 aa  531  1e-149  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.389024  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4203  fumarate hydratase  58.42 
 
 
464 aa  528  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128177  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2786  fumarate hydratase, class II  58.53 
 
 
472 aa  525  1e-148  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.347801 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>