More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1545 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1545  fumarate hydratase  100 
 
 
485 aa  998    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4865  fumarate hydratase  73.43 
 
 
485 aa  695    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.649966 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1166  fumarate hydratase, class II  70.04 
 
 
482 aa  686    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1618  fumarate hydratase  63.41 
 
 
485 aa  632  1e-180  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0425  fumarate hydratase  65.54 
 
 
498 aa  626  1e-178  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1440  fumarate lyase  66.6 
 
 
482 aa  617  1e-175  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7115  fumarate hydratase, class II  61.64 
 
 
487 aa  595  1e-169  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.257416  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1627  fumarate hydratase  58.55 
 
 
468 aa  563  1.0000000000000001e-159  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3005  fumarate hydratase  58.33 
 
 
464 aa  558  1e-158  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2866  fumarate hydratase  58.33 
 
 
463 aa  559  1e-158  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1007  fumarate hydratase  59.96 
 
 
463 aa  557  1e-157  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0281395  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2040  fumarate hydratase  58.3 
 
 
465 aa  545  1e-154  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2270  fumarate hydratase  58.08 
 
 
465 aa  546  1e-154  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1279  fumarate hydratase  59.08 
 
 
461 aa  542  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1873  fumarate hydratase  57.86 
 
 
465 aa  542  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0104019  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2731  fumarate hydratase, class II  57.11 
 
 
471 aa  545  1e-153  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.799595  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1985  fumarate hydratase  57.86 
 
 
465 aa  543  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1328  fumarate hydratase  57.14 
 
 
469 aa  544  1e-153  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal  0.832729 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1686  fumarate hydratase  57.58 
 
 
467 aa  542  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.569967  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1832  fumarate hydratase  57.73 
 
 
464 aa  544  1e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.87946  hitchhiker  0.00222416 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2655  fumarate hydratase  56.99 
 
 
463 aa  539  9.999999999999999e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0321342  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2341  fumarate hydratase  57.86 
 
 
465 aa  541  9.999999999999999e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2129  fumarate hydratase  59.56 
 
 
487 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.000218779  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2279  fumarate hydratase  57.64 
 
 
465 aa  541  9.999999999999999e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1705  fumarate hydratase  56.49 
 
 
467 aa  538  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0627343  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1568  fumarate hydratase  56.28 
 
 
467 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.366448  normal  0.0865298 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2918  fumarate hydratase, class II  57.52 
 
 
464 aa  536  1e-151  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1874  fumarate hydratase  56.28 
 
 
467 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0300838  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1637  fumarate hydratase  56.28 
 
 
467 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.799774 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1578  fumarate hydratase  56.49 
 
 
467 aa  538  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.952 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1818  fumarate hydratase  58.01 
 
 
467 aa  532  1e-150  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0435049  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3201  fumarate hydratase, class II  57.3 
 
 
464 aa  535  1e-150  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2137  fumarate hydratase  58.08 
 
 
465 aa  534  1e-150  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2334  fumarate hydratase  56.73 
 
 
465 aa  531  1e-150  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00667023  normal  0.148736 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1057  fumarate hydratase  58.42 
 
 
463 aa  532  1e-150  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2032  fumarate hydratase, class II  57.79 
 
 
467 aa  530  1e-149  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000761073  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2019  fumarate hydratase  57.79 
 
 
467 aa  529  1e-149  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4127  fumarate hydratase  57.33 
 
 
461 aa  531  1e-149  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.221641 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2320  fumarate hydratase  57.79 
 
 
467 aa  530  1e-149  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.109369  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2047  fumarate hydratase  58.42 
 
 
474 aa  531  1e-149  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57514  normal  0.0269276 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1796  fumarate hydratase  57.79 
 
 
467 aa  530  1e-149  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.114122  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4239  fumarate hydratase  57.33 
 
 
461 aa  531  1e-149  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01580  fumarate hydratase  57.58 
 
 
467 aa  526  1e-148  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.191338  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1238  fumarate hydratase  54.17 
 
 
459 aa  526  1e-148  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2522  fumarate hydratase  56.46 
 
 
465 aa  525  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1901  fumarate hydratase  57.64 
 
 
470 aa  527  1e-148  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.687119  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1589  fumarate hydratase  57.58 
 
 
467 aa  526  1e-148  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.194502  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1197  fumarate hydratase  54.17 
 
 
459 aa  525  1e-148  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1452  fumarate hydratase  55.36 
 
 
465 aa  525  1e-148  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.315875 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0975  fumarate hydratase  57.99 
 
 
463 aa  527  1e-148  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.526915  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01570  hypothetical protein  57.58 
 
 
467 aa  526  1e-148  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.24852  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0083  fumarate hydratase  57.36 
 
 
466 aa  525  1e-148  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1556  fumarate hydratase  53.61 
 
 
463 aa  523  1e-147  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.433937  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC01700  fumarate hydratase, putative  56.11 
 
 
510 aa  523  1e-147  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0285  fumarate hydratase  53.61 
 
 
463 aa  522  1e-147  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2138  fumarate hydratase  56.67 
 
 
464 aa  521  1e-147  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.273045  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2471  fumarate hydratase  56.8 
 
 
462 aa  521  1e-147  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1366  fumarate hydratase  53.39 
 
 
463 aa  521  1e-147  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.862526  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1102  fumarate hydratase  56.64 
 
 
464 aa  521  1e-147  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.184674  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2882  fumarate hydratase  57.68 
 
 
463 aa  521  1e-147  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.405622  normal  0.452741 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0283  fumarate hydratase, class II  57.33 
 
 
468 aa  519  1e-146  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.136542 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0424  fumarate hydratase  52.74 
 
 
463 aa  518  1e-146  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0721  fumarate hydratase  57.11 
 
 
464 aa  520  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.764225 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0494  fumarate hydratase, class II  56.7 
 
 
464 aa  519  1e-146  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.172647  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1908  fumarate hydratase  56.09 
 
 
465 aa  520  1e-146  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.856676  normal  0.217565 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2970  fumarate hydratase  54.61 
 
 
468 aa  521  1e-146  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1491  fumarate hydratase  56.24 
 
 
461 aa  518  1e-146  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0535004  normal  0.876261 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2515  fumarate hydratase  57.64 
 
 
464 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.324013  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0889  fumarate hydratase  57.64 
 
 
464 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.445127  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0493  fumarate hydratase  57.64 
 
 
464 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2940  fumarate hydratase  57.64 
 
 
464 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00014001  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_85745  fumarase  54.92 
 
 
463 aa  517  1.0000000000000001e-145  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1071  fumarate hydratase  56.62 
 
 
465 aa  518  1.0000000000000001e-145  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0259  fumarate hydratase  57.64 
 
 
464 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.389024  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2886  fumarate hydratase  57.64 
 
 
631 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.205063  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3215  fumarate hydratase, class II  57.33 
 
 
468 aa  515  1.0000000000000001e-145  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.587959  normal  0.482278 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_74587  Fumarase converts fumaric acid to L-malic acid in the TCA cycle  55.56 
 
 
492 aa  516  1.0000000000000001e-145  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.595402 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2826  fumarate hydratase  57.64 
 
 
464 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.841054  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1667  fumarate hydratase  55.99 
 
 
462 aa  515  1.0000000000000001e-145  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0452593 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0174  fumarate hydratase  55.92 
 
 
478 aa  511  1e-144  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000137978  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0492  fumarate hydratase  54.17 
 
 
464 aa  512  1e-144  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.212311  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0192  fumarate hydratase  55.92 
 
 
463 aa  512  1e-144  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1685  fumarate hydratase  56.55 
 
 
464 aa  513  1e-144  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0812  fumarate hydratase  56.67 
 
 
464 aa  513  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.661312 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0420  fumarate hydratase  53.49 
 
 
463 aa  513  1e-144  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.425613  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4795  fumarate hydratase, class II  56.56 
 
 
464 aa  508  1e-143  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0795  fumarate hydratase  55.9 
 
 
466 aa  509  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00749677  normal  0.0712325 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1449  fumarate hydratase  53.36 
 
 
513 aa  509  1e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.352432 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1576  fumarate hydratase  54.37 
 
 
482 aa  511  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0866386  normal  0.827447 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0966  fumarate hydratase  56.33 
 
 
464 aa  508  1e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.399399  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3022  fumarate hydratase  54.82 
 
 
463 aa  509  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1841  fumarate hydratase  54.05 
 
 
462 aa  507  9.999999999999999e-143  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.194885  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1724  fumarate hydratase  53.36 
 
 
513 aa  508  9.999999999999999e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.90897  decreased coverage  0.00664146 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1415  fumarate hydratase  54.7 
 
 
462 aa  506  9.999999999999999e-143  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.566531  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1049  fumarate hydratase  54.57 
 
 
463 aa  506  9.999999999999999e-143  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.62891  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1696  fumarate hydratase  57.86 
 
 
458 aa  506  9.999999999999999e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397787  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2445  fumarate hydratase  54.82 
 
 
466 aa  507  9.999999999999999e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.890321  normal  0.353648 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1783  fumarate hydratase  54.05 
 
 
462 aa  505  9.999999999999999e-143  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.943509  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2394  fumarate hydratase  54.92 
 
 
462 aa  506  9.999999999999999e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.344054  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0970  fumarate hydratase  56.11 
 
 
464 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>