More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1989 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1989  30S ribosomal protein S2  100 
 
 		 250 aa  511  1e-144  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0218632  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2585  30S ribosomal protein S2  85.6 
 
 		 250 aa  456  1e-127  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.56603  normal  0.062437 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1223  30S ribosomal protein S2  85.2 
 
 		 250 aa  455  1e-127  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.260075  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1823  30S ribosomal protein S2  85.6 
 
 		 250 aa  456  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1758  30S ribosomal protein S2  84.8 
 
 		 250 aa  447  1.0000000000000001e-124  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0425818 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2695  30S ribosomal protein S2  85.14 
 
 		 250 aa  446  1.0000000000000001e-124  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.284652  normal  0.576692 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2599  30S ribosomal protein S2  85.2 
 
 		 250 aa  445  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1438  30S ribosomal protein S2  83.13 
 
 		 250 aa  442  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.372125 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4948  30S ribosomal protein S2  82 
 
 		 250 aa  438  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.532648 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1979  SSU ribosomal protein S2P  78.51 
 
 		 240 aa  410  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314895 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1881  30S ribosomal protein S2  74.6 
 
 		 247 aa  395  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.717146  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1435  30S ribosomal protein S2  75.4 
 
 		 247 aa  395  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000403005 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1404  30S ribosomal protein S2  74.6 
 
 		 247 aa  392  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1338  30S ribosomal protein S2  71.6 
 
 		 250 aa  392  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1278  30S ribosomal protein S2  73.79 
 
 		 247 aa  391  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.235139  normal  0.160579 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1682  30S ribosomal protein S2  72.4 
 
 		 250 aa  393  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00674019  normal  0.113442 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2850  ribosomal protein S2  73.9 
 
 		 248 aa  393  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.274359 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1555  30S ribosomal protein S2  72.47 
 
 		 246 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2583  30S ribosomal protein S2  72.47 
 
 		 246 aa  388  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2455  30S ribosomal protein S2  72 
 
 		 250 aa  390  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0200265  hitchhiker  0.00181584 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1328  30S ribosomal protein S2  72.47 
 
 		 246 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.151067  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1921  30S ribosomal protein S2  72.06 
 
 		 246 aa  388  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.407888 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2027  30S ribosomal protein S2  72.47 
 
 		 246 aa  390  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2056  30S ribosomal protein S2  72.47 
 
 		 246 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.23127  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3255  30S ribosomal protein S2  72.47 
 
 		 246 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1342  30S ribosomal protein S2  73.39 
 
 		 247 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal  0.417524 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1257  ribosomal protein S2  72.06 
 
 		 309 aa  387  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.750455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2052  30S ribosomal protein S2  72.06 
 
 		 246 aa  388  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.847891  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2493  30S ribosomal protein S2  72.47 
 
 		 246 aa  388  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2437  30S ribosomal protein S2  72.47 
 
 		 246 aa  388  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.453721  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2039  30S ribosomal protein S2  71.66 
 
 		 246 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5329  30S ribosomal protein S2  71.66 
 
 		 246 aa  387  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0468316  normal  0.288359 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6058  30S ribosomal protein S2  71.66 
 
 		 246 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2019  30S ribosomal protein S2  71.66 
 
 		 246 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1451  30S ribosomal protein S2  73.08 
 
 		 249 aa  372  1e-102  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1742  30S ribosomal protein S2  69.2 
 
 		 248 aa  366  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0507  30S ribosomal protein S2  71.79 
 
 		 249 aa  367  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0347407  normal  0.480774 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2178  30S ribosomal protein S2  65.34 
 
 		 251 aa  358  5e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00294119  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0657  30S ribosomal protein S2  66.39 
 
 		 248 aa  350  2e-95  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0785  SSU ribosomal protein S2P  70.13 
 
 		 248 aa  345  4e-94  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.121352 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1530  SSU ribosomal protein S2P  65.81 
 
 		 249 aa  341  8e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000131876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1863  30S ribosomal protein S2  59.76 
 
 		 248 aa  317  1e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.454251  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1497  ribosomal protein S2  61.83 
 
 		 260 aa  313  1.9999999999999998e-84  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1466  30S ribosomal protein S2  58.23 
 
 		 247 aa  312  2.9999999999999996e-84  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.162448  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1285  ribosomal protein S2  60.08 
 
 		 248 aa  312  3.9999999999999997e-84  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000297191  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17060  30S ribosomal protein S2  60.91 
 
 		 246 aa  310  1e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1159  ribosomal protein S2  60.64 
 
 		 275 aa  310  2e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1483  30S ribosomal protein S2  60.91 
 
 		 246 aa  310  2e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0567  30S ribosomal protein S2  58.78 
 
 		 256 aa  308  4e-83  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.037045  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1679  30S ribosomal protein S2  57.43 
 
 		 254 aa  305  4.0000000000000004e-82  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1673  30S ribosomal protein S2  57.43 
 
 		 254 aa  305  6e-82  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1101  30S ribosomal protein S2  62.17 
 
 		 245 aa  305  6e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.579602  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1534  ribosomal protein S2  62.95 
 
 		 247 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1343  30S ribosomal protein S2  62.5 
 
 		 247 aa  302  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.477312 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1266  30S ribosomal protein S2  62.67 
 
 		 267 aa  302  3.0000000000000004e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.357343 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1454  ribosomal protein S2  57.44 
 
 		 244 aa  301  5.000000000000001e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.118632  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1146  30S ribosomal protein S2  62.5 
 
 		 245 aa  301  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38990  30S ribosomal protein S2  62.22 
 
 		 246 aa  301  8.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1591  30S ribosomal protein S2  61.61 
 
 		 245 aa  300  1e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622115  normal  0.403502 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4186  30S ribosomal protein S2  61.61 
 
 		 245 aa  300  1e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3053  30S ribosomal protein S2  61.78 
 
 		 247 aa  300  2e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0111009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4082  30S ribosomal protein S2  61.61 
 
 		 245 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.610461 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0808  ribosomal protein S2  61.88 
 
 		 269 aa  299  3e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.15468  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1444  ribosomal protein S2  56.1 
 
 		 250 aa  290  1e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152019  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1160  ribosomal protein S2  56.1 
 
 		 250 aa  290  1e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0707  30S ribosomal protein S2  56.79 
 
 		 241 aa  288  5.0000000000000004e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0255267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1249  ribosomal protein S2  54.47 
 
 		 243 aa  288  8e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2548  30S ribosomal protein S2  54.07 
 
 		 250 aa  287  1e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.443564  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3435  30S ribosomal protein S2  58.02 
 
 		 241 aa  286  2e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0042148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1272  ribosomal protein S2  54.47 
 
 		 244 aa  286  2e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0120741  normal  0.39597 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1013  30S ribosomal protein S2  58.02 
 
 		 241 aa  286  2e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000151526  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3165  30S ribosomal protein S2  60.54 
 
 		 241 aa  286  2e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1066  30S ribosomal protein S2  58.02 
 
 		 241 aa  286  2e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00351639  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002746  SSU ribosomal protein S2p (SAe)  58.44 
 
 		 242 aa  286  2.9999999999999996e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0133087  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03237  30S ribosomal protein S2  58.85 
 
 		 253 aa  285  4e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0941  30S ribosomal protein S2  60.54 
 
 		 241 aa  285  4e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0031234  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3360  30S ribosomal protein S2  60.54 
 
 		 241 aa  285  4e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.720807  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2981  30S ribosomal protein S2  60.09 
 
 		 241 aa  285  5e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.44963  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01132  30S ribosomal protein S2  56.02 
 
 		 262 aa  285  5e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.252632  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2066  30S ribosomal protein S2  59.64 
 
 		 266 aa  284  9e-76  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2151  30S ribosomal protein S2  59.39 
 
 		 266 aa  284  1.0000000000000001e-75  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.223106  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1851  30S ribosomal protein S2  58.61 
 
 		 242 aa  284  1.0000000000000001e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0563  SSU ribosomal protein S2P  54.25 
 
 		 246 aa  283  2.0000000000000002e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0256  30S ribosomal protein S2  55.56 
 
 		 241 aa  281  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.424632  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0238  30S ribosomal protein S2  55.56 
 
 		 241 aa  281  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.593758 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0254  30S ribosomal protein S2  55.56 
 
 		 241 aa  281  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.965891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0241  30S ribosomal protein S2  55.56 
 
 		 241 aa  281  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0238  30S ribosomal protein S2  55.56 
 
 		 241 aa  281  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3790  30S ribosomal protein S2  57.61 
 
 		 241 aa  281  7.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00167  30S ribosomal protein S2  55.14 
 
 		 241 aa  280  1e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00889913  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3434  ribosomal protein S2  55.14 
 
 		 241 aa  280  1e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.129061  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00166  hypothetical protein  55.14 
 
 		 241 aa  280  1e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00754113  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3491  30S ribosomal protein S2  55.14 
 
 		 241 aa  280  1e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.177739  normal  0.659943 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2597  30S ribosomal protein S2  53.09 
 
 		 246 aa  280  1e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.117298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2976  ribosomal protein S2  55.56 
 
 		 244 aa  280  1e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.801384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0180  30S ribosomal protein S2  55.14 
 
 		 241 aa  280  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0157211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0179  30S ribosomal protein S2  55.14 
 
 		 241 aa  280  1e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0347621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2427  30S ribosomal protein S2  55.97 
 
 		 243 aa  280  2e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0204898  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0350  30S ribosomal protein S2  58.22 
 
 		 264 aa  279  3e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.20969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0389  30S ribosomal protein S2  58.22 
 
 		 264 aa  279  3e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0342077  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>