93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3721 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3721  putative DNA-binding protein  100 
 
 		 352 aa  714    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.299367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0007  putative DNA-binding protein  61.08 
 
 		 336 aa  414  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.341702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3664  putative DNA-binding protein  61.61 
 
 		 343 aa  407  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.676016 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2347  putative DNA-binding protein  59.52 
 
 		 338 aa  386  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.169677  normal  0.0120651 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3353  virulence protein  54.98 
 
 		 336 aa  374  1e-102  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0319779  normal  0.0105196 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1093  hypothetical protein  54.85 
 
 		 342 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1340  virulence protein  51.67 
 
 		 334 aa  354  1e-96  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0131  DNA-binding protein  57.4 
 
 		 335 aa  353  2e-96  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.413083 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4641  hypothetical protein  54.6 
 
 		 333 aa  353  2e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0687  putative DNA-binding protein  50.3 
 
 		 342 aa  341  9e-93  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.30359  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3119  putative DNA-binding protein  55.66 
 
 		 342 aa  341  1e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2655  hypothetical protein  54.83 
 
 		 352 aa  315  9e-85  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0032  putative cytoplasmic protein  48.75 
 
 		 341 aa  314  9.999999999999999e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4076  hypothetical protein  49.06 
 
 		 341 aa  311  1e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0243  hypothetical protein  46.77 
 
 		 353 aa  306  3e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0598  hypothetical protein  47.71 
 
 		 333 aa  306  4.0000000000000004e-82  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4082  virulence protein  48.28 
 
 		 345 aa  303  4.0000000000000003e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4145  virulence protein  48.28 
 
 		 345 aa  303  4.0000000000000003e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.373189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2041  hypothetical protein  48.9 
 
 		 350 aa  301  8.000000000000001e-81  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1567  putative DNA-binding protein  45.91 
 
 		 356 aa  300  2e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0208212  unclonable  0.0000160594 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4168  hypothetical protein  45.22 
 
 		 366 aa  299  5e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0259  hypothetical protein  49.31 
 
 		 334 aa  299  5e-80  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4765  hypothetical protein  46.13 
 
 		 344 aa  296  4e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2605  virulence protein  49.38 
 
 		 365 aa  294  1e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1180  virulence protein-like protein  46.36 
 
 		 354 aa  290  2e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3988  putative cytoplasmic protein  45.82 
 
 		 344 aa  290  2e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0891  hypothetical protein  46.27 
 
 		 359 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  unclonable  0.00000000006304  unclonable  0.000000000000289019 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0428  hypothetical protein  46.53 
 
 		 340 aa  283  3.0000000000000004e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0596  hypothetical protein  44.3 
 
 		 342 aa  283  4.0000000000000003e-75  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0998  hypothetical protein  43.81 
 
 		 356 aa  278  1e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000328283 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1490  hypothetical protein  43.42 
 
 		 344 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.507722  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1889  hypothetical protein  43.6 
 
 		 369 aa  273  3e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0746  hypothetical protein  44.95 
 
 		 350 aa  272  7e-72  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.126739 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1091  virulence protein-like protein  42.68 
 
 		 332 aa  271  8.000000000000001e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0367  hypothetical protein  46.76 
 
 		 339 aa  268  7e-71  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1214  hypothetical protein  44.52 
 
 		 342 aa  269  7e-71  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2422  hypothetical protein  45.08 
 
 		 334 aa  267  2e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.419078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0354  hypothetical protein  45.52 
 
 		 352 aa  266  5e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0969  hypothetical protein  47.64 
 
 		 281 aa  264  2e-69  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2189  hypothetical protein  44.48 
 
 		 353 aa  264  2e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0640  hypothetical protein  44.33 
 
 		 352 aa  263  4e-69  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.914788  normal  0.827759 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1243  hypothetical protein  44.14 
 
 		 353 aa  262  6e-69  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.568171  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0966  hypothetical protein  45.52 
 
 		 355 aa  262  6e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.248022  normal  0.835513 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0828  hypothetical protein  45.52 
 
 		 355 aa  262  6e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4371  hypothetical protein  43.65 
 
 		 343 aa  262  6.999999999999999e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.634323 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4009  hypothetical protein  47.71 
 
 		 340 aa  262  8e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2497  hypothetical protein  42.76 
 
 		 351 aa  262  8e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0074171  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1487  hypothetical protein  41.5 
 
 		 358 aa  257  2e-67  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.011312  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1866  putative DNA-binding protein  44.86 
 
 		 335 aa  256  3e-67  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52340  cytoplasmic protein  43.1 
 
 		 357 aa  256  3e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2487  hypothetical protein  39.61 
 
 		 345 aa  255  7e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0294  hypothetical protein  40.41 
 
 		 337 aa  255  1.0000000000000001e-66  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1215  hypothetical protein  44.19 
 
 		 344 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3012  hypothetical protein  44.16 
 
 		 331 aa  248  9e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.410222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4094  hypothetical protein  51.65 
 
 		 256 aa  244  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0348  hypothetical protein  39.54 
 
 		 342 aa  239  8e-62  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.0000520981  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0293  putative cytoplasmic protein  41.22 
 
 		 361 aa  237  2e-61  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1500  hypothetical protein  46.96 
 
 		 242 aa  204  2e-51  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.510294 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2815  hypothetical protein  37.45 
 
 		 344 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.213356  normal  0.859247 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1798  hypothetical protein  44.09 
 
 		 197 aa  126  5e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.520115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3598  death-on-curing family protein  42.86 
 
 		 328 aa  123  6e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1805  death-on-curing protein  43.65 
 
 		 337 aa  120  4.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0685  death-on-curing family protein  43.9 
 
 		 324 aa  117  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0834  death-on-curing family protein  43.9 
 
 		 324 aa  117  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.674738 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0194  hypothetical protein  44.63 
 
 		 319 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0644  hypothetical protein  45.69 
 
 		 144 aa  112  9e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.628012  normal  0.733979 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0381  death-on-curing family protein  43.22 
 
 		 332 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1420  prophage maintenance system killer protein (DOC)  44.17 
 
 		 192 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2013  death-on-curing protein  46.28 
 
 		 330 aa  109  6e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2570  hypothetical protein  40.44 
 
 		 210 aa  108  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1087  DNA-binding protein  40.5 
 
 		 141 aa  107  4e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.251597 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0280  death-on-curing protein  41.73 
 
 		 329 aa  107  4e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000133606 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1373  death-on-curing protein  40.5 
 
 		 336 aa  106  7e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.726784 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1123  death-on-curing protein  38.71 
 
 		 333 aa  103  5e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.637266 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1636  death-on-curing family protein  45.9 
 
 		 334 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00686859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1749  DNA-binding protein  55.42 
 
 		 90 aa  97.8  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0513  putative DNA-binding protein  36.89 
 
 		 291 aa  98.6  2e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.63298  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2544  hypothetical protein  43.22 
 
 		 127 aa  95.1  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.712716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1273  hypothetical protein  40.52 
 
 		 126 aa  95.1  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0879  death-on-curing family protein  33.59 
 
 		 330 aa  94.4  3e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0821  DNA-binding protein  53.66 
 
 		 164 aa  93.6  4e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.496709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0360  death-on-curing family protein  32.31 
 
 		 198 aa  88.6  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1469  death-on-curing protein  38.76 
 
 		 327 aa  87.8  3e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.285933  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0996  death-on-curing family protein  36.72 
 
 		 326 aa  84.3  0.000000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1599  hypothetical protein  33.9 
 
 		 154 aa  84.3  0.000000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.033963  hitchhiker  0.000543147 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1126  RhuM  36.89 
 
 		 328 aa  83.6  0.000000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0780  Virulence protein-like protein  46.58 
 
 		 108 aa  73.2  0.000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0656  putative virulence protein  30.65 
 
 		 135 aa  66.6  0.0000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2318  Virulence protein-like protein  29.59 
 
 		 121 aa  62  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1274  virulence protein-like protein  30.93 
 
 		 117 aa  54.7  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1807  HTH-type DNA-binding domain/DOC/FIC domain-containing protein  43.14 
 
 		 81 aa  50.8  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0339  putative cytoplasmic protein  32.86 
 
 		 105 aa  48.5  0.0002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1011  hypothetical protein  32.93 
 
 		 81 aa  43.9  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000108458  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>