94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2347 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_2347  putative DNA-binding protein  100 
 
 
338 aa  684    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.169677  normal  0.0120651 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3119  putative DNA-binding protein  80.79 
 
 
342 aa  520  1e-146  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0007  putative DNA-binding protein  62.99 
 
 
336 aa  432  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.341702  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0687  putative DNA-binding protein  62.88 
 
 
342 aa  430  1e-119  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.30359  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1093  hypothetical protein  62.15 
 
 
342 aa  394  1e-108  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3721  putative DNA-binding protein  59.52 
 
 
352 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.299367  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3664  putative DNA-binding protein  56.35 
 
 
343 aa  370  1e-101  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.676016 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3353  virulence protein  53.05 
 
 
336 aa  357  1.9999999999999998e-97  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0319779  normal  0.0105196 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1340  virulence protein  50.76 
 
 
334 aa  348  6e-95  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0131  DNA-binding protein  56.33 
 
 
335 aa  348  8e-95  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.413083 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4641  hypothetical protein  49.69 
 
 
333 aa  341  1e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0032  putative cytoplasmic protein  50.75 
 
 
341 aa  330  2e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4076  hypothetical protein  50.45 
 
 
341 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0243  hypothetical protein  49.85 
 
 
353 aa  320  3e-86  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3988  putative cytoplasmic protein  48.81 
 
 
344 aa  316  4e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4168  hypothetical protein  47.75 
 
 
366 aa  312  4.999999999999999e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0259  hypothetical protein  48.38 
 
 
334 aa  310  2e-83  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1490  hypothetical protein  49.35 
 
 
344 aa  306  4.0000000000000004e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.507722  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4145  virulence protein  49.24 
 
 
345 aa  306  4.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.373189  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4765  hypothetical protein  48.51 
 
 
344 aa  305  6e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1567  putative DNA-binding protein  48.38 
 
 
356 aa  304  1.0000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0208212  unclonable  0.0000160594 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0598  hypothetical protein  48.36 
 
 
333 aa  304  1.0000000000000001e-81  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4082  virulence protein  48.36 
 
 
345 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2655  hypothetical protein  53.12 
 
 
352 aa  301  1e-80  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2041  hypothetical protein  50.32 
 
 
350 aa  300  2e-80  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1180  virulence protein-like protein  47.15 
 
 
354 aa  298  6e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0428  hypothetical protein  49.35 
 
 
340 aa  297  2e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0891  hypothetical protein  49.51 
 
 
359 aa  292  5e-78  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  unclonable  0.00000000006304  unclonable  0.000000000000289019 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2605  virulence protein  48.94 
 
 
365 aa  291  8e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0998  hypothetical protein  48.85 
 
 
356 aa  289  4e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000328283 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4009  hypothetical protein  47.7 
 
 
340 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0367  hypothetical protein  49.32 
 
 
339 aa  284  1.0000000000000001e-75  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0969  hypothetical protein  49.82 
 
 
281 aa  282  7.000000000000001e-75  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0596  hypothetical protein  44.81 
 
 
342 aa  281  9e-75  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1214  hypothetical protein  47.27 
 
 
342 aa  281  9e-75  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0294  hypothetical protein  44.55 
 
 
337 aa  278  1e-73  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0746  hypothetical protein  47.25 
 
 
350 aa  275  8e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.126739 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0828  hypothetical protein  44.77 
 
 
355 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0966  hypothetical protein  44.77 
 
 
355 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.248022  normal  0.835513 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52340  cytoplasmic protein  46.13 
 
 
357 aa  272  5.000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2497  hypothetical protein  43.51 
 
 
351 aa  270  2e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0074171  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1091  virulence protein-like protein  44.76 
 
 
332 aa  270  2e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2189  hypothetical protein  43.14 
 
 
353 aa  270  2e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3012  hypothetical protein  46.06 
 
 
331 aa  270  2.9999999999999997e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.410222  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2422  hypothetical protein  45.29 
 
 
334 aa  268  1e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.419078  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4371  hypothetical protein  45.13 
 
 
343 aa  268  1e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.634323 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1243  hypothetical protein  44.75 
 
 
353 aa  268  1e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.568171  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0348  hypothetical protein  47.74 
 
 
342 aa  268  1e-70  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.0000520981  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0354  hypothetical protein  43.18 
 
 
352 aa  263  3e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0640  hypothetical protein  43 
 
 
352 aa  261  1e-68  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.914788  normal  0.827759 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1866  putative DNA-binding protein  46.28 
 
 
335 aa  259  6e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1487  hypothetical protein  43.69 
 
 
358 aa  258  8e-68  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.011312  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1889  hypothetical protein  44.44 
 
 
369 aa  255  9e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1215  hypothetical protein  44.22 
 
 
344 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2487  hypothetical protein  38.64 
 
 
345 aa  243  3e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0293  putative cytoplasmic protein  38.85 
 
 
361 aa  225  1e-57  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4094  hypothetical protein  48.13 
 
 
256 aa  224  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1500  hypothetical protein  46.29 
 
 
242 aa  202  6e-51  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.510294 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2815  hypothetical protein  36.43 
 
 
344 aa  176  5e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.213356  normal  0.859247 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1798  hypothetical protein  49.18 
 
 
197 aa  130  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.520115  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3598  death-on-curing family protein  46.56 
 
 
328 aa  129  6e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0834  death-on-curing family protein  46.34 
 
 
324 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.674738 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0685  death-on-curing family protein  46.34 
 
 
324 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1420  prophage maintenance system killer protein (DOC)  44.8 
 
 
192 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0194  hypothetical protein  45.53 
 
 
319 aa  118  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0381  death-on-curing family protein  44.17 
 
 
332 aa  117  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2013  death-on-curing protein  51.96 
 
 
330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1805  death-on-curing protein  42.97 
 
 
337 aa  114  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1123  death-on-curing protein  42.86 
 
 
333 aa  108  9.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.637266 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0280  death-on-curing protein  43.09 
 
 
329 aa  108  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000133606 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2544  hypothetical protein  49.17 
 
 
127 aa  108  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.712716  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1087  DNA-binding protein  42.98 
 
 
141 aa  107  2e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.251597 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1373  death-on-curing protein  42.98 
 
 
336 aa  105  1e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.726784 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2570  hypothetical protein  42.4 
 
 
210 aa  104  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0644  hypothetical protein  41.54 
 
 
144 aa  102  9e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.628012  normal  0.733979 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0879  death-on-curing family protein  41.53 
 
 
330 aa  102  1e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1273  hypothetical protein  45.83 
 
 
126 aa  102  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1749  DNA-binding protein  55.42 
 
 
90 aa  99.4  9e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0513  putative DNA-binding protein  38.21 
 
 
291 aa  99  9e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.63298  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1636  death-on-curing family protein  41.09 
 
 
334 aa  98.6  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00686859  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1599  hypothetical protein  43.36 
 
 
154 aa  98.2  2e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.033963  hitchhiker  0.000543147 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0821  DNA-binding protein  53.61 
 
 
164 aa  97.1  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.496709  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0360  death-on-curing family protein  34.68 
 
 
198 aa  91.7  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0780  Virulence protein-like protein  56.34 
 
 
108 aa  86.3  7e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1469  death-on-curing protein  30.77 
 
 
327 aa  85.9  0.000000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.285933  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0996  death-on-curing family protein  40.78 
 
 
326 aa  82  0.00000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1126  RhuM  40.78 
 
 
328 aa  82  0.00000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2318  Virulence protein-like protein  39 
 
 
121 aa  75.5  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0656  putative virulence protein  31.03 
 
 
135 aa  66.2  0.0000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1274  virulence protein-like protein  35.92 
 
 
117 aa  63.5  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1011  hypothetical protein  40.98 
 
 
81 aa  50.4  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000108458  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1807  HTH-type DNA-binding domain/DOC/FIC domain-containing protein  44 
 
 
81 aa  47.4  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0821  putative lipoprotein  27.37 
 
 
120 aa  47  0.0004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1452  putative lipoprotein  27.37 
 
 
120 aa  47  0.0004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>