92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1243 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008639  Cpha266_2189  hypothetical protein  97.17 
 
 
353 aa  711    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2497  hypothetical protein  87.18 
 
 
351 aa  641    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0074171  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1243  hypothetical protein  100 
 
 
353 aa  731    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.568171  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0640  hypothetical protein  85.43 
 
 
352 aa  631  1e-180  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.914788  normal  0.827759 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0354  hypothetical protein  84.7 
 
 
352 aa  624  1e-178  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0828  hypothetical protein  77.08 
 
 
355 aa  558  1e-158  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0966  hypothetical protein  77.08 
 
 
355 aa  558  1e-158  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.248022  normal  0.835513 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0293  putative cytoplasmic protein  61.88 
 
 
361 aa  441  9.999999999999999e-123  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52340  cytoplasmic protein  60.56 
 
 
357 aa  432  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0428  hypothetical protein  59.57 
 
 
340 aa  402  1e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1487  hypothetical protein  56.08 
 
 
358 aa  392  1e-108  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.011312  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1490  hypothetical protein  55.72 
 
 
344 aa  390  1e-107  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.507722  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0998  hypothetical protein  53.22 
 
 
356 aa  385  1e-106  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000328283 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4371  hypothetical protein  54.65 
 
 
343 aa  383  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.634323 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0746  hypothetical protein  52.74 
 
 
350 aa  369  1e-101  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.126739 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4009  hypothetical protein  53.85 
 
 
340 aa  358  6e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0596  hypothetical protein  51.95 
 
 
342 aa  354  1e-96  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0259  hypothetical protein  53.94 
 
 
334 aa  354  1e-96  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1215  hypothetical protein  51.2 
 
 
344 aa  347  2e-94  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3012  hypothetical protein  54.18 
 
 
331 aa  343  2e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.410222  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0348  hypothetical protein  46.36 
 
 
342 aa  324  2e-87  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.0000520981  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2041  hypothetical protein  47.08 
 
 
350 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1093  hypothetical protein  44.35 
 
 
342 aa  306  3e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0598  hypothetical protein  44.21 
 
 
333 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4168  hypothetical protein  47.21 
 
 
366 aa  303  3.0000000000000004e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1214  hypothetical protein  46.86 
 
 
342 aa  302  6.000000000000001e-81  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2655  hypothetical protein  43.88 
 
 
352 aa  293  4e-78  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0243  hypothetical protein  47.42 
 
 
353 aa  292  7e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0032  putative cytoplasmic protein  44.62 
 
 
341 aa  290  2e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1091  virulence protein-like protein  43.67 
 
 
332 aa  285  1.0000000000000001e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4076  hypothetical protein  43.48 
 
 
341 aa  278  7e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2487  hypothetical protein  43.43 
 
 
345 aa  278  9e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1889  hypothetical protein  42.9 
 
 
369 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3988  putative cytoplasmic protein  42.07 
 
 
344 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1866  putative DNA-binding protein  45.12 
 
 
335 aa  271  1e-71  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1180  virulence protein-like protein  43.13 
 
 
354 aa  268  1e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4145  virulence protein  39.88 
 
 
345 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.373189  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4082  virulence protein  39.88 
 
 
345 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2347  putative DNA-binding protein  43.14 
 
 
338 aa  267  2e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.169677  normal  0.0120651 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4765  hypothetical protein  41.16 
 
 
344 aa  266  4e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0007  putative DNA-binding protein  44.12 
 
 
336 aa  264  2e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.341702  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0687  putative DNA-binding protein  43.55 
 
 
342 aa  263  3e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.30359  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0891  hypothetical protein  41.38 
 
 
359 aa  263  4e-69  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  unclonable  0.00000000006304  unclonable  0.000000000000289019 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1567  putative DNA-binding protein  42.77 
 
 
356 aa  262  6.999999999999999e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0208212  unclonable  0.0000160594 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0294  hypothetical protein  43.91 
 
 
337 aa  261  2e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0969  hypothetical protein  47.45 
 
 
281 aa  252  6e-66  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2605  virulence protein  41.53 
 
 
365 aa  252  7e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3119  putative DNA-binding protein  40.51 
 
 
342 aa  251  1e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0367  hypothetical protein  42.62 
 
 
339 aa  249  4e-65  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3721  putative DNA-binding protein  42.62 
 
 
352 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.299367  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1340  virulence protein  41.96 
 
 
334 aa  246  4.9999999999999997e-64  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2422  hypothetical protein  42.95 
 
 
334 aa  242  7e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.419078  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3664  putative DNA-binding protein  39.82 
 
 
343 aa  242  9e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.676016 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3353  virulence protein  39.69 
 
 
336 aa  239  4e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0319779  normal  0.0105196 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0131  DNA-binding protein  42.4 
 
 
335 aa  236  4e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.413083 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4641  hypothetical protein  42.7 
 
 
333 aa  223  4.9999999999999996e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4094  hypothetical protein  42 
 
 
256 aa  212  7.999999999999999e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1500  hypothetical protein  42.24 
 
 
242 aa  195  1e-48  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.510294 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2815  hypothetical protein  29.72 
 
 
344 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.213356  normal  0.859247 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3598  death-on-curing family protein  45.45 
 
 
328 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1798  hypothetical protein  41.59 
 
 
197 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.520115  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0644  hypothetical protein  41.8 
 
 
144 aa  108  1e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.628012  normal  0.733979 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0194  hypothetical protein  40.48 
 
 
319 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0834  death-on-curing family protein  40 
 
 
324 aa  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.674738 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0685  death-on-curing family protein  40 
 
 
324 aa  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1599  hypothetical protein  40.71 
 
 
154 aa  99.4  9e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.033963  hitchhiker  0.000543147 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0381  death-on-curing family protein  38.84 
 
 
332 aa  98.6  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0339  putative cytoplasmic protein  53.85 
 
 
105 aa  97.1  4e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1805  death-on-curing protein  33.87 
 
 
337 aa  95.5  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0280  death-on-curing protein  40.95 
 
 
329 aa  94.7  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000133606 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1420  prophage maintenance system killer protein (DOC)  39.47 
 
 
192 aa  94.4  3e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1123  death-on-curing protein  40.74 
 
 
333 aa  94  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.637266 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1636  death-on-curing family protein  38.1 
 
 
334 aa  90.5  4e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00686859  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1273  hypothetical protein  37.93 
 
 
126 aa  87.4  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2013  death-on-curing protein  34.43 
 
 
330 aa  87  4e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2544  hypothetical protein  35.34 
 
 
127 aa  81.6  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.712716  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1087  DNA-binding protein  30.4 
 
 
141 aa  82  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.251597 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1373  death-on-curing protein  30.4 
 
 
336 aa  80.1  0.00000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.726784 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0879  death-on-curing family protein  33.04 
 
 
330 aa  75.1  0.000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0360  death-on-curing family protein  30.65 
 
 
198 aa  73.2  0.000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0513  putative DNA-binding protein  29.09 
 
 
291 aa  70.9  0.00000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.63298  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2570  hypothetical protein  27.27 
 
 
210 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1469  death-on-curing protein  26.89 
 
 
327 aa  67.8  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.285933  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1126  RhuM  28.85 
 
 
328 aa  63.9  0.000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0996  death-on-curing family protein  28.85 
 
 
326 aa  63.9  0.000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1274  virulence protein-like protein  35.79 
 
 
117 aa  60.8  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0821  DNA-binding protein  33.33 
 
 
164 aa  55.5  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.496709  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1749  DNA-binding protein  40.62 
 
 
90 aa  54.7  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1807  HTH-type DNA-binding domain/DOC/FIC domain-containing protein  30.12 
 
 
81 aa  52.8  0.000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0780  Virulence protein-like protein  25 
 
 
108 aa  52  0.00001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0656  putative virulence protein  22.94 
 
 
135 aa  47.4  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2318  Virulence protein-like protein  25.84 
 
 
121 aa  43.9  0.004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>