128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0381 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0381  death-on-curing family protein  100 
 
 
332 aa  681    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1805  death-on-curing protein  67.28 
 
 
337 aa  445  1.0000000000000001e-124  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0280  death-on-curing protein  51.23 
 
 
329 aa  322  5e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000133606 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0194  hypothetical protein  50.62 
 
 
319 aa  317  2e-85  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0834  death-on-curing family protein  47.81 
 
 
324 aa  303  2.0000000000000002e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.674738 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0685  death-on-curing family protein  47.81 
 
 
324 aa  303  2.0000000000000002e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1636  death-on-curing family protein  46.25 
 
 
334 aa  296  2e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00686859  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2013  death-on-curing protein  48.6 
 
 
330 aa  288  1e-76  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1373  death-on-curing protein  43.83 
 
 
336 aa  279  5e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.726784 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0879  death-on-curing family protein  43.77 
 
 
330 aa  278  9e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1123  death-on-curing protein  45.34 
 
 
333 aa  271  1e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.637266 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3598  death-on-curing family protein  41.67 
 
 
328 aa  270  2e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1469  death-on-curing protein  39.14 
 
 
327 aa  227  2e-58  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.285933  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1126  RhuM  38.29 
 
 
328 aa  211  1e-53  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0996  death-on-curing family protein  38.29 
 
 
326 aa  211  1e-53  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1798  hypothetical protein  46.49 
 
 
197 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.520115  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1420  prophage maintenance system killer protein (DOC)  42.77 
 
 
192 aa  162  7e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0243  hypothetical protein  49.65 
 
 
353 aa  150  3e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0360  death-on-curing family protein  47.13 
 
 
198 aa  142  6e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1490  hypothetical protein  53.39 
 
 
344 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.507722  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0969  hypothetical protein  48.8 
 
 
281 aa  135  7.000000000000001e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2570  hypothetical protein  40.11 
 
 
210 aa  133  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0367  hypothetical protein  50 
 
 
339 aa  132  9e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4076  hypothetical protein  45.76 
 
 
341 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1866  putative DNA-binding protein  48.18 
 
 
335 aa  130  3e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7064  filamentation induced by cAMP protein Fic  38.55 
 
 
186 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0032  putative cytoplasmic protein  44.92 
 
 
341 aa  129  9.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0513  putative DNA-binding protein  38.64 
 
 
291 aa  126  6e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.63298  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2487  hypothetical protein  42.74 
 
 
345 aa  125  8.000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4009  hypothetical protein  48.33 
 
 
340 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0998  hypothetical protein  47.46 
 
 
356 aa  119  9e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000328283 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0294  hypothetical protein  46.77 
 
 
337 aa  119  9.999999999999999e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0428  hypothetical protein  46.46 
 
 
340 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2347  putative DNA-binding protein  44.17 
 
 
338 aa  117  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.169677  normal  0.0120651 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3012  hypothetical protein  44.53 
 
 
331 aa  116  6e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.410222  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0259  hypothetical protein  42.52 
 
 
334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1087  DNA-binding protein  41.09 
 
 
141 aa  114  3e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.251597 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0131  DNA-binding protein  41.53 
 
 
335 aa  112  6e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.413083 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1340  virulence protein  39.83 
 
 
334 aa  111  2.0000000000000002e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3721  putative DNA-binding protein  43.22 
 
 
352 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.299367  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0007  putative DNA-binding protein  44.07 
 
 
336 aa  111  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.341702  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1889  hypothetical protein  43.9 
 
 
369 aa  110  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3664  putative DNA-binding protein  42.37 
 
 
343 aa  110  4.0000000000000004e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.676016 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0687  putative DNA-binding protein  40.16 
 
 
342 aa  109  8.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.30359  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1567  putative DNA-binding protein  38.98 
 
 
356 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0208212  unclonable  0.0000160594 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0966  hypothetical protein  42.15 
 
 
355 aa  108  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.248022  normal  0.835513 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0828  hypothetical protein  42.15 
 
 
355 aa  108  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2571  death-on-curing family protein  43.48 
 
 
120 aa  107  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.742905  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3353  virulence protein  38.14 
 
 
336 aa  107  3e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0319779  normal  0.0105196 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0598  hypothetical protein  39.86 
 
 
333 aa  106  7e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2497  hypothetical protein  39.67 
 
 
351 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0074171  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2422  hypothetical protein  43.44 
 
 
334 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.419078  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3988  putative cytoplasmic protein  38.84 
 
 
344 aa  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4082  virulence protein  38.02 
 
 
345 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4145  virulence protein  38.02 
 
 
345 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.373189  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2189  hypothetical protein  40.5 
 
 
353 aa  104  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1091  virulence protein-like protein  38.64 
 
 
332 aa  103  3e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4094  hypothetical protein  38.84 
 
 
256 aa  103  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1093  hypothetical protein  37.5 
 
 
342 aa  102  9e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0640  hypothetical protein  38.84 
 
 
352 aa  101  2e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.914788  normal  0.827759 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1215  hypothetical protein  38.21 
 
 
344 aa  100  2e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4168  hypothetical protein  36.96 
 
 
366 aa  101  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3119  putative DNA-binding protein  39.37 
 
 
342 aa  100  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1180  virulence protein-like protein  28.07 
 
 
354 aa  100  5e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0891  hypothetical protein  35.94 
 
 
359 aa  98.6  1e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  unclonable  0.00000000006304  unclonable  0.000000000000289019 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1487  hypothetical protein  38.84 
 
 
358 aa  99  1e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.011312  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4641  hypothetical protein  40.8 
 
 
333 aa  99  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1243  hypothetical protein  38.84 
 
 
353 aa  98.6  1e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.568171  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2655  hypothetical protein  36.36 
 
 
352 aa  97.8  2e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4765  hypothetical protein  37.19 
 
 
344 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1273  hypothetical protein  41.59 
 
 
126 aa  97.8  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0354  hypothetical protein  34.71 
 
 
352 aa  96.7  6e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2544  hypothetical protein  42.34 
 
 
127 aa  95.9  8e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.712716  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2605  virulence protein  36.03 
 
 
365 aa  95.5  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0596  hypothetical protein  37.19 
 
 
342 aa  92  1e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2041  hypothetical protein  35.38 
 
 
350 aa  92.4  1e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4371  hypothetical protein  35.54 
 
 
343 aa  91.7  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.634323 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52340  cytoplasmic protein  37.86 
 
 
357 aa  91.7  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0746  hypothetical protein  38.02 
 
 
350 aa  89.7  6e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.126739 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0348  hypothetical protein  37.84 
 
 
342 aa  85.5  0.000000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.0000520981  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1214  hypothetical protein  32.56 
 
 
342 aa  84.7  0.000000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0656  putative virulence protein  35.92 
 
 
135 aa  80.9  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1500  hypothetical protein  31.82 
 
 
242 aa  80.5  0.00000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.510294 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2815  hypothetical protein  30.3 
 
 
344 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.213356  normal  0.859247 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0644  hypothetical protein  38.05 
 
 
144 aa  79  0.0000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.628012  normal  0.733979 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1088  hypothetical protein  52.78 
 
 
73 aa  77.4  0.0000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.249418 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2318  Virulence protein-like protein  38.53 
 
 
121 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0293  putative cytoplasmic protein  27.69 
 
 
361 aa  72.8  0.000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0517  prophage maintenance system killer protein  42.25 
 
 
93 aa  68.6  0.0000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3007  death-on-curing family protein  39.39 
 
 
129 aa  64.3  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000477853  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1749  DNA-binding protein  34.52 
 
 
90 aa  63.5  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0291  death-on-curing family protein  43.24 
 
 
129 aa  61.6  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0821  DNA-binding protein  39.44 
 
 
164 aa  60.5  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.496709  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3008  hypothetical protein  41.89 
 
 
77 aa  58.5  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610277  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0253  death-on-curing family protein  38.36 
 
 
126 aa  55.1  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.537309  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2210  death-on-curing family protein  39.71 
 
 
128 aa  54.7  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0344371 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2885  death-on-curing family protein  40 
 
 
131 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.562522 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0600  death-on-curing family protein  36.56 
 
 
138 aa  53.5  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0780  Virulence protein-like protein  35.53 
 
 
108 aa  52.8  0.000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0599  death-on-curing family protein  34.62 
 
 
132 aa  51.2  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>