30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0618 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0618  peptidoglycan binding domain-containing protein  100 
 
 		 460 aa  917    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.559119  normal  0.773085 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0214  peptidoglycan binding domain-containing protein  84.35 
 
 		 454 aa  740    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103118 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0365  peptidoglycan binding domain-containing protein  70.56 
 
 		 456 aa  596  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.396847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0088  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  65.73 
 
 		 448 aa  574  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0047  peptidoglycan binding domain-containing protein  61.82 
 
 		 448 aa  543  1e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0039  hypothetical protein  60.52 
 
 		 447 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.304092  normal  0.27217 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0075  peptidoglycan binding domain-containing protein  60.09 
 
 		 459 aa  513  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.542735 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1393  peptidoglycan binding domain-containing protein  32.35 
 
 		 491 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00241156 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1668  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  31.86 
 
 		 500 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.844138 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1389  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  32.32 
 
 		 484 aa  120  7e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1737  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  32.99 
 
 		 466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00165447  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0401  peptidoglycan binding domain-containing protein  30.41 
 
 		 487 aa  100  7e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.039914  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1102  peptidoglycan binding domain-containing protein  31.34 
 
 		 490 aa  83.6  0.000000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0504  peptidoglycan binding domain-containing protein  25.81 
 
 		 593 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1855  hypothetical protein  25.81 
 
 		 593 aa  77  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0641  peptidoglycan binding domain-containing protein  25.17 
 
 		 589 aa  75.1  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.757288 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2405  hypothetical protein  22.94 
 
 		 576 aa  59.3  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0566608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1261  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  22.57 
 
 		 485 aa  58.2  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2734  peptidoglycan binding domain-containing protein  22.34 
 
 		 585 aa  57  0.0000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3170  peptidase S1C, Do  27.98 
 
 		 515 aa  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.963921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1673  protease Do  27.82 
 
 		 505 aa  48.5  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0684799  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2313  peptidoglycan binding domain-containing protein  22.93 
 
 		 596 aa  47.8  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3167  DEAD/DEAH box helicase-like  30.95 
 
 		 384 aa  47.4  0.0006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0353  trypsin-like serine protease  32.1 
 
 		 583 aa  45.1  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.326819  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0671  protease Do  33.33 
 
 		 473 aa  45.8  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0470073  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1999  protease Do  29.01 
 
 		 506 aa  44.7  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0697759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3905  hypothetical protein  34.33 
 
 		 157 aa  44.7  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.306365  normal  0.736098 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6421  peptidoglycan binding domain-containing protein  23.91 
 
 		 513 aa  44.7  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0355  serine protease  29.01 
 
 		 493 aa  44.7  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459558  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1467  peptidase S1C, Do  32.43 
 
 		 499 aa  43.5  0.009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.441743  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>