149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0545 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4975  cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  92.07 
 
 
429 aa  712    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0545  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  100 
 
 
429 aa  818    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0493  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  85.28 
 
 
430 aa  632  1e-180  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.113424  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4797  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  73.19 
 
 
427 aa  568  1e-161  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4974  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  73.19 
 
 
427 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4921  NCS1 nucleoside transporter  72.96 
 
 
427 aa  567  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0951814  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4713  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  75.06 
 
 
427 aa  538  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.244042 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0640  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  53.52 
 
 
438 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3437  nucleobase/cation symporter, (NCS1) family  56.16 
 
 
438 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1042  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  55.56 
 
 
438 aa  402  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144538  normal  0.528331 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2771  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  42.22 
 
 
446 aa  283  3.0000000000000004e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0255944  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2434  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  39.29 
 
 
434 aa  261  2e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.116228  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2203  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  39.72 
 
 
429 aa  253  7e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.703215 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2463  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  42.13 
 
 
435 aa  249  9e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.291531  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2332  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  39.16 
 
 
438 aa  240  2.9999999999999997e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2400  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  41.12 
 
 
446 aa  238  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.603733  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0095  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  34.09 
 
 
448 aa  152  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.209676  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0125  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  30 
 
 
448 aa  148  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.371605  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7829  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  33.77 
 
 
452 aa  148  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.458665 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1599  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  34.11 
 
 
389 aa  144  2e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0130344  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0569  putative hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  29.97 
 
 
392 aa  144  4e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000369717  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0041  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  29.29 
 
 
457 aa  143  7e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.758493  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2759  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.79 
 
 
457 aa  126  7e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09360  probable hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  29.6 
 
 
416 aa  125  2e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.268783 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1396  hydroxymethylpyrimidine transporter CytX  27.78 
 
 
385 aa  124  4e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000155309  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1794  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  29.44 
 
 
446 aa  110  6e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2841  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  28.34 
 
 
444 aa  106  6e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.810699  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4072  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.59 
 
 
450 aa  104  4e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5706  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.29 
 
 
479 aa  80.1  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.829822  normal  0.11286 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0257  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  20.22 
 
 
458 aa  79  0.0000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000119311  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0460  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  24.71 
 
 
502 aa  76.3  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2198  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.56 
 
 
445 aa  73.6  0.000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0171933  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0862  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  28.12 
 
 
507 aa  71.6  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.472129  normal  0.0659585 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3034  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  25.74 
 
 
448 aa  71.6  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0815  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.66 
 
 
438 aa  70.5  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0055  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.43 
 
 
461 aa  70.1  0.00000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.119028 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1044  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.78 
 
 
438 aa  68.6  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.955284  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4185  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.58 
 
 
476 aa  67.4  0.0000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4251  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.58 
 
 
476 aa  67.4  0.0000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.236014 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1867  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.4 
 
 
480 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.850013  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4412  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.58 
 
 
476 aa  66.6  0.0000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.274319 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2066  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.58 
 
 
534 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3279  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.57 
 
 
431 aa  66.2  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00201301  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2142  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.18 
 
 
453 aa  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.32672 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1140  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.25 
 
 
476 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.146583 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1249  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  28.02 
 
 
476 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0960267  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1221  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  28.02 
 
 
476 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1129  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.01 
 
 
476 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5793  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  29.68 
 
 
462 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.610023 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4599  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.31 
 
 
490 aa  63.5  0.000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4386  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  26.2 
 
 
471 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4194  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.72 
 
 
431 aa  62.8  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05700  cytosine permease  26.82 
 
 
416 aa  61.2  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0539  cytosine permease  26.82 
 
 
416 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4383  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  26.8 
 
 
476 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2484  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.37 
 
 
464 aa  60.5  0.00000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.307403  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6281  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  28.7 
 
 
491 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.575901 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3697  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.01 
 
 
538 aa  60.1  0.00000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2557  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23.6 
 
 
484 aa  60.1  0.00000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.266727  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3297  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.33 
 
 
520 aa  58.5  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000566  cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  24.87 
 
 
412 aa  58.5  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.113273  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0863  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.82 
 
 
440 aa  58.2  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05320  cytosine permease  25.45 
 
 
412 aa  57.8  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3596  cytosine permease  26.44 
 
 
417 aa  57.8  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6019  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.54 
 
 
480 aa  57  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.213946  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2286  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.25 
 
 
484 aa  57  0.0000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3524  cytosine permease  26.2 
 
 
417 aa  57  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3631  cytosine permease  26.34 
 
 
425 aa  57  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.822935 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0417  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  26.39 
 
 
474 aa  55.8  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.370818  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0831  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  26.39 
 
 
474 aa  55.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.831321  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0768  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.95 
 
 
435 aa  56.2  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283527  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1795  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  26.39 
 
 
474 aa  55.8  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0409  cytosine permease  26.03 
 
 
419 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2519  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin family permease  26.39 
 
 
474 aa  55.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0465  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin family permease  26.39 
 
 
474 aa  55.8  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.446257  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3584  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  28.97 
 
 
438 aa  56.2  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00290  cytosine transporter  26.03 
 
 
419 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3270  NCS1 nucleoside transporter family  26.03 
 
 
419 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00294  hypothetical protein  26.03 
 
 
419 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2380  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin family permease  26.39 
 
 
474 aa  55.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0413  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23.26 
 
 
432 aa  55.5  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1149  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.32 
 
 
462 aa  55.1  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451386  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1584  cytosine permease  24.28 
 
 
417 aa  55.5  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0401  cytosine permease  26.28 
 
 
419 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0360  cytosine permease  26.03 
 
 
419 aa  55.5  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3289  cytosine permease  26.03 
 
 
419 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0367  cytosine permease  26.03 
 
 
419 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.506759 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1843  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.2 
 
 
451 aa  55.5  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.82356  normal 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4415  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.1 
 
 
479 aa  55.1  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2654  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.1 
 
 
489 aa  54.7  0.000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2090  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  27.11 
 
 
468 aa  53.9  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00352517  normal  0.665422 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00980  purine-cytosine permease-like transporter  25.38 
 
 
427 aa  53.5  0.000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1828  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.41 
 
 
455 aa  53.5  0.000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22900  purine-cytosine permease-like transporter  24.78 
 
 
455 aa  53.1  0.000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.383587 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2449  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23.75 
 
 
453 aa  53.1  0.000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3641  cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  27.53 
 
 
467 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.476439 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3467  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  23.83 
 
 
439 aa  52.8  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2267  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.53 
 
 
468 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.193361  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1908  NCS1 nucleoside transporter family protein  25.83 
 
 
487 aa  51.6  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.535002  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0676  NCS1 nucleoside transporter  22.33 
 
 
486 aa  52.4  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.579692  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>