268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5184 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5184  dihydrofolate reductase  100 
 
 
171 aa  349  1e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.128106  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5132  dihydrofolate reductase  94.12 
 
 
171 aa  328  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.632435  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5005  dihydrofolate reductase  93.53 
 
 
171 aa  327  5e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0333  dihydrofolate reductase  87.06 
 
 
171 aa  310  7e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4737  dihydrofolate reductase  74.42 
 
 
170 aa  265  2e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.153856 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5361  dihydrofolate reductase  76.02 
 
 
170 aa  265  3e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0437  dihydrofolate reductase  73.84 
 
 
170 aa  261  5e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4209  dihydrofolate reductase  68.42 
 
 
176 aa  234  5e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0443  dihydrofolate reductase  67.47 
 
 
168 aa  216  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48110  Dihydrofolate reductase  63.37 
 
 
171 aa  216  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000576537  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04580  dihydrofolate reductase  66.87 
 
 
168 aa  197  5e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2571  dihydrofolate reductase  48.21 
 
 
195 aa  167  6e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115778  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3741  dihydrofolate reductase  49.69 
 
 
169 aa  162  2e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.674026  hitchhiker  0.000322893 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2431  dihydrofolate reductase  50.6 
 
 
171 aa  161  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4505  dihydrofolate reductase  45.51 
 
 
170 aa  161  4e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.13858  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1398  dihydrofolate reductase  51.59 
 
 
172 aa  160  6e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1009  dihydrofolate reductase  49.07 
 
 
160 aa  160  8e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.415728  hitchhiker  2.43395e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0857  dihydrofolate reductase  47.2 
 
 
160 aa  159  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.535024  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2449  dihydrofolate reductase  49.11 
 
 
169 aa  159  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.110989 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3214  dihydrofolate reductase  49.06 
 
 
160 aa  158  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.871101  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0874  dihydrofolate reductase  48.47 
 
 
160 aa  158  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0789491  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3120  dihydrofolate reductase  48.43 
 
 
160 aa  156  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0914  dihydrofolate reductase  50.3 
 
 
166 aa  156  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0351  dihydrofolate reductase  49.7 
 
 
171 aa  156  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.146405  normal  0.312334 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0900  dihydrofolate reductase  51.37 
 
 
160 aa  155  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.131279  normal  0.732147 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3646  dihydrofolate reductase  47.5 
 
 
160 aa  155  3e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1354  dihydrofolate reductase  50.32 
 
 
172 aa  155  3e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.340933  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1045  dihydrofolate reductase  44.17 
 
 
163 aa  155  3e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.46602  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6452  Dihydrofolate reductase  44.64 
 
 
164 aa  154  4e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.816768  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00805  hypothetical protein  47.59 
 
 
159 aa  154  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0959  dihydrofolate reductase  47.2 
 
 
160 aa  153  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2542  Dihydrofolate reductase  51.06 
 
 
172 aa  153  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.929799 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001668  dihydrofolate reductase  46.99 
 
 
159 aa  152  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1793  dihydrofolate reductase  48.5 
 
 
174 aa  152  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.928797  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3318  Dihydrofolate reductase  48.43 
 
 
160 aa  151  3e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2824  dihydrofolate reductase  46.54 
 
 
160 aa  151  4e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.545858 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2039  dihydrofolate reductase  48.12 
 
 
167 aa  151  4e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.570547  normal  0.482414 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3084  dihydrofolate reductase  45.73 
 
 
160 aa  151  5e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1074  dihydrofolate reductase  47.8 
 
 
160 aa  150  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0303057  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1041  dihydrofolate reductase  47.8 
 
 
160 aa  150  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0691593  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0972  dihydrofolate reductase  47.8 
 
 
160 aa  149  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.415398  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2801  Dihydrofolate reductase  46.06 
 
 
172 aa  149  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22692  normal  0.836348 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2025  dihydrofolate reductase  51.61 
 
 
173 aa  148  3e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.517984  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03728  dihydrofolate reductase type I, trimethoprim resistance  44.51 
 
 
167 aa  147  8e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.794995  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0984  dihydrofolate reductase  47.17 
 
 
160 aa  147  9e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.69665  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2858  dihydrofolate reductase  47.13 
 
 
165 aa  146  1e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000404405  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2922  dihydrofolate reductase  44.51 
 
 
160 aa  146  1e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  3.8363e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3735  dihydrofolate reductase  39.88 
 
 
171 aa  145  2e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0124901  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2886  Dihydrofolate reductase  47.83 
 
 
166 aa  145  2e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0925  dihydrofolate reductase  43.12 
 
 
169 aa  145  3e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1963  dihydrofolate reductase  41.76 
 
 
183 aa  145  4e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2569  dihydrofolate reductase  48.68 
 
 
166 aa  144  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.858438  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0720  dihydrofolate reductase  47.24 
 
 
160 aa  144  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.919586 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2090  dihydrofolate reductase  43.12 
 
 
161 aa  143  1e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.475399  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1421  Dihydrofolate reductase  42.94 
 
 
161 aa  143  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.491047 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0096  dihydrofolate reductase  43.12 
 
 
161 aa  143  1e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.987213  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1310  dihydrofolate reductase region  41.32 
 
 
161 aa  142  2e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  8.86123e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0599  dihydrofolate reductase  48.21 
 
 
165 aa  142  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3104  dihydrofolate reductase  41.57 
 
 
162 aa  142  2e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.172131  hitchhiker  1.00648e-11 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1750  dihydrofolate reductase  47.17 
 
 
167 aa  142  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.175283  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2220  dihydrofolate reductase  42.17 
 
 
162 aa  142  2e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.151366  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2083  dihydrofolate reductase  42.17 
 
 
162 aa  142  3e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.25981  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1640  dihydrofolate reductase  40.36 
 
 
162 aa  142  3e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00601598  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2021  dihydrofolate reductase  42.17 
 
 
162 aa  142  3e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.981299  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0573  dihydrofolate reductase  41.92 
 
 
175 aa  142  3e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2237  dihydrofolate reductase  42.17 
 
 
162 aa  142  3e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.044685  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2264  dihydrofolate reductase  42.17 
 
 
162 aa  142  3e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.24191e-31 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2062  dihydrofolate reductase  42.17 
 
 
162 aa  142  3e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000278641  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2021  dihydrofolate reductase  42.17 
 
 
162 aa  142  3e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2349  dihydrofolate reductase  42.17 
 
 
162 aa  142  3e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.30652e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3578  dihydrofolate reductase  45.78 
 
 
160 aa  141  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0778  dihydrofolate reductase  45.78 
 
 
160 aa  141  4e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.143949  normal  0.0713752 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2659  dihydrofolate reductase  45.4 
 
 
166 aa  141  4e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.691401 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3449  dihydrofolate reductase  45.78 
 
 
160 aa  141  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0888  Dihydrofolate reductase  49.66 
 
 
167 aa  141  5e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733276  normal  0.450678 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2748  Dihydrofolate reductase  45.91 
 
 
162 aa  140  6e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0817  Dihydrofolate reductase  49.66 
 
 
167 aa  140  7e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1051  Dihydrofolate reductase  43.21 
 
 
163 aa  140  8e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0946  dihydrofolate reductase oxidoreductase protein  49.66 
 
 
167 aa  140  1e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0266319 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2842  dihydrofolate reductase  46.34 
 
 
167 aa  139  1e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.551792  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1674  dihydrofolate reductase  46.39 
 
 
219 aa  139  2e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.69831  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2019  dihydrofolate reductase  42.77 
 
 
187 aa  139  2e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0366  dihydrofolate reductase type 3  42.61 
 
 
173 aa  139  2e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1729  dihydrofolate reductase  43.37 
 
 
198 aa  139  2e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000733059 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0664  Dihydrofolate reductase  45.96 
 
 
163 aa  139  2e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.618324  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2267  dihydrofolate reductase  41.57 
 
 
162 aa  138  3e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00982117  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0380  dihydrofolate reductase  43.9 
 
 
162 aa  139  3e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0597  dihydrofolate reductase  43.98 
 
 
159 aa  137  5e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.235828  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1420  dihydrofolate reductase  42.86 
 
 
178 aa  137  5e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112898  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0700  dihydrofolate reductase region  46.31 
 
 
163 aa  138  5e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.694361  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1020  dihydrofolate reductase  44.65 
 
 
166 aa  138  5e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831665  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2530  dihydrofolate reductase  45.18 
 
 
167 aa  137  6e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0387  dihydrofolate reductase  45.18 
 
 
167 aa  137  6e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2902  dihydrofolate reductase  45.18 
 
 
167 aa  137  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.95504  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0244  dihydrofolate reductase  45.18 
 
 
167 aa  137  6e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0903  dihydrofolate reductase  45.18 
 
 
167 aa  137  6e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2781  Dihydrofolate reductase  44.17 
 
 
166 aa  137  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.258533 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2952  dihydrofolate reductase  45.18 
 
 
167 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.700087  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2964  Dihydrofolate reductase  42.77 
 
 
166 aa  135  3e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.159706  normal  0.451516 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1448  dihydrofolate reductase  42.35 
 
 
188 aa  135  3e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>