90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1338 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1338  peptidase M14, carboxypeptidase A  100 
 
 
375 aa  774  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.412426  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3662  peptidase M14, carboxypeptidase A  67.65 
 
 
383 aa  537  1e-152  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  1.73445e-07  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2324  zinc carboxypeptidase domain-containing protein  69.15 
 
 
375 aa  538  1e-152  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3331  peptidase M14, carboxypeptidase A  68.35 
 
 
382 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.7125 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1804  peptidase M14 carboxypeptidase A  67.82 
 
 
382 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0544452  normal  0.0731495 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27470  putative zinc carboxypeptidase  68.35 
 
 
375 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.152383  normal  0.163866 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2364  hypothetical protein  67.82 
 
 
382 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0816102  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1964  peptidase M14 carboxypeptidase A  66.76 
 
 
382 aa  524  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0593717 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3024  peptidase M14, carboxypeptidase A  63.3 
 
 
378 aa  513  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0863993  normal  0.0499845 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1942  peptidase M14, carboxypeptidase A  51.06 
 
 
375 aa  403  1e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2051  peptidase M14 carboxypeptidase A  50.27 
 
 
375 aa  399  1e-110  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.888658  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2073  peptidase M14, carboxypeptidase A  51.33 
 
 
375 aa  398  1e-110  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0474309  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2300  peptidase M14 carboxypeptidase A  50.27 
 
 
375 aa  400  1e-110  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000207192  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2415  peptidase M14 carboxypeptidase A  50 
 
 
375 aa  398  1e-110  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.258482  hitchhiker  0.000158665 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1905  peptidase M14, carboxypeptidase A  50.8 
 
 
375 aa  396  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00901911  hitchhiker  1.23678e-05 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2047  peptidase M14 carboxypeptidase A  50 
 
 
375 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  hitchhiker  7.23635e-11 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1960  peptidase M14, carboxypeptidase A  51.06 
 
 
375 aa  397  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.240759  normal  0.0797641 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2424  zinc carboxypeptidase domain-containing protein  50.8 
 
 
375 aa  394  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2315  peptidase M14, carboxypeptidase A  49.2 
 
 
375 aa  394  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  5.68724e-06  hitchhiker  0.00110139 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1231  peptidase M14, carboxypeptidase A  48.29 
 
 
378 aa  391  1e-107  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.601484 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3575  peptidase M14, carboxypeptidase A  52.09 
 
 
383 aa  389  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.577581  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2295  peptidase M14 carboxypeptidase A  47.87 
 
 
375 aa  390  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00080179  normal  0.434754 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1937  peptidase M14, carboxypeptidase A  49.2 
 
 
375 aa  390  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.568911  normal  0.0124059 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000756  zinc carboxypeptidase domain protein  49.47 
 
 
374 aa  387  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  3.14112e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2558  zinc carboxypeptidase family protein  49.21 
 
 
380 aa  388  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1719  zinc carboxypeptidase domain-containing protein  48.4 
 
 
375 aa  381  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.127578  normal  0.0560142 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04891  zinc-carboxypeptidase  49.86 
 
 
400 aa  383  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1641  peptidase M14, carboxypeptidase A  49.2 
 
 
375 aa  382  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.447328  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01259  predicted carboxypeptidase, Zn dependent  48.94 
 
 
379 aa  384  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.59847  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1905  peptidase M14, carboxypeptidase A  47.47 
 
 
376 aa  380  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.11613  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2149  peptidase M14, carboxypeptidase A  47.47 
 
 
374 aa  376  1e-103  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.385121  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0268  peptidase M14, carboxypeptidase A  47.88 
 
 
375 aa  377  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2257  peptidase M14 carboxypeptidase A  46.81 
 
 
375 aa  374  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  3.28738e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0079  zinc carboxypeptidase  48.53 
 
 
374 aa  372  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1240  peptidase M14, carboxypeptidase A  47.11 
 
 
379 aa  365  1e-100  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.398831  normal  0.291375 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2073  peptidase M14 carboxypeptidase A  46.77 
 
 
384 aa  355  7e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.378615  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1465  peptidase M14, carboxypeptidase A  46.4 
 
 
376 aa  355  9e-97  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.000868597  normal  0.0173526 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3113  peptidase M14, carboxypeptidase A  47.2 
 
 
380 aa  338  1e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.665349 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2163  peptidase M14 carboxypeptidase A  44.53 
 
 
381 aa  331  1e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.304741  normal  0.191747 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1839  peptidase M14 carboxypeptidase A  44.27 
 
 
381 aa  330  2e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.419157  normal  0.0171769 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2008  hypothetical protein  45.87 
 
 
381 aa  329  4e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0949497 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2160  peptidase M14 carboxypeptidase A  45.36 
 
 
379 aa  317  3e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.746604  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2832  peptidase M14, carboxypeptidase A  45.16 
 
 
369 aa  315  6e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.100219 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1015  peptidase M14, carboxypeptidase A  42.74 
 
 
380 aa  308  9e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.967061  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2246  peptidase M14 carboxypeptidase A  42.19 
 
 
384 aa  304  1e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.222943  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1376  peptidase M14 carboxypeptidase A  40.63 
 
 
384 aa  304  1e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0050041 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0979  peptidase M14, carboxypeptidase A  41.95 
 
 
380 aa  304  1e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.0514044 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0707  zinc carboxypeptidase family protein  41.69 
 
 
384 aa  303  2e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000200577  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1610  peptidase M14, carboxypeptidase A  42.47 
 
 
384 aa  303  2e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1322  zinc carboxypeptidase family protein  41.69 
 
 
384 aa  304  2e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.111007  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0445  zinc carboxypeptidase family protein  41.69 
 
 
384 aa  303  2e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.884358  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2222  peptidase M14, carboxypeptidase A  42.47 
 
 
384 aa  303  2e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1331  zinc carboxypeptidase family protein  41.69 
 
 
384 aa  303  3e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1468  peptidase  41.69 
 
 
384 aa  303  3e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000305268  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2139  peptidase M14 carboxypeptidase A  42.74 
 
 
384 aa  303  3e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.187915  normal  0.791166 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2260  peptidase M14, carboxypeptidase A  42.74 
 
 
384 aa  303  4e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1798  hypothetical protein  41.42 
 
 
384 aa  302  7e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.117776  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1162  zinc carboxypeptidase family protein  41.42 
 
 
384 aa  302  7e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000370841  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1055  peptidase M14 carboxypeptidase A  43.01 
 
 
384 aa  302  7e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387993  normal  0.570338 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3179  zinc carboxypeptidase  40.63 
 
 
384 aa  302  8e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129073  normal  0.290427 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5550  peptidase M14, carboxypeptidase A  41.92 
 
 
384 aa  301  8e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.400192  normal  0.189635 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3278  peptidase M14, carboxypeptidase A  43.85 
 
 
376 aa  300  2e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.546138  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1978  peptidase M14 carboxypeptidase A  39.31 
 
 
388 aa  292  5e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.228376  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1091  zinc carboxypeptidase family protein  41.32 
 
 
384 aa  290  3e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175299  n/a   
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_49091  predicted protein  37.44 
 
 
459 aa  251  1e-65  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1582  peptidase M14 carboxypeptidase A  29.58 
 
 
405 aa  92.8  9e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00197244  normal  0.432396 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0741  hypothetical protein  25.17 
 
 
463 aa  79.7  7e-14  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.849095  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2784  hypothetical protein  25.57 
 
 
340 aa  72.8  9e-12  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.525329  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4236  peptidase M14 carboxypeptidase A  31.06 
 
 
497 aa  60.5  5e-08  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0580382  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21250  predicted carboxypeptidase  30.97 
 
 
403 aa  55.8  1e-06  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.39208  normal  0.631814 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1519  peptidase M14, carboxypeptidase A  27.23 
 
 
398 aa  55.8  1e-06  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2804  peptidase M14, carboxypeptidase A  24.78 
 
 
384 aa  53.9  4e-06  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.463732  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3253  peptidase M14 carboxypeptidase A  25.21 
 
 
393 aa  53.5  6e-06  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.310529  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2367  peptidase M14 carboxypeptidase A  23.53 
 
 
428 aa  47  0.0006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00127032  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4502  peptidase M14 carboxypeptidase A  25.64 
 
 
628 aa  46.6  0.0008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.040263 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1906  hypothetical protein  32.99 
 
 
351 aa  45.8  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2692  zinc carboxypeptidase family protein  32.88 
 
 
429 aa  45.4  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.0016795  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3043  hypothetical protein  29.21 
 
 
490 aa  45.8  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0217728 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2507  peptidase M14 carboxypeptidase A  34.78 
 
 
378 aa  45.4  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3421  peptidase M14 carboxypeptidase A  28.41 
 
 
406 aa  45.8  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  1.58618e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4249  peptidase M14 carboxypeptidase A  36.36 
 
 
557 aa  45.8  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3979  peptidase M14, carboxypeptidase A  33.68 
 
 
500 aa  45.8  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.946753 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4082  peptidase M14, carboxypeptidase A  27.12 
 
 
626 aa  45.1  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.221076  normal  0.0678076 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5723  peptidase M14 carboxypeptidase A  26.72 
 
 
439 aa  44.3  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3329  peptidase M14 carboxypeptidase A  36.08 
 
 
453 aa  44.3  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0232  zinc carboxypeptidase, putative  26.61 
 
 
821 aa  43.1  0.007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5441  hypothetical protein  28.65 
 
 
490 aa  43.5  0.007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.228309  normal  0.756779 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06119  zinc carboxypeptidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G08790)  29.29 
 
 
586 aa  43.1  0.008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.044822 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2664  peptidase M14 carboxypeptidase A  35.11 
 
 
365 aa  43.1  0.008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00317155  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0037  peptidase M14 carboxypeptidase A  37.89 
 
 
432 aa  42.7  0.009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>