More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1664 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1664  LysR substrate-binding protein  100 
 
 		 288 aa  582  1.0000000000000001e-165  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  47.22 
 
 		 292 aa  280  2e-74  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 296 aa  212  5.999999999999999e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 306 aa  171  9e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6567  hydrogen peroxide-inducible genes activator protein  37.13 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.222143  hitchhiker  0.00672743 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 301 aa  166  2.9999999999999998e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  35.43 
 
 		 312 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.91 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.37 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.91 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.91 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2217  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 324 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.335771  normal  0.670692 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.91 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.91 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.85 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4681  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.468795  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31 
 
 		 296 aa  162  5.0000000000000005e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.18 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.48 
 
 		 311 aa  162  6e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 323 aa  161  1e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 336 aa  159  4e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 301 aa  159  5e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4725  transcriptional regulator, LysR family  38.71 
 
 		 304 aa  158  9e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255479  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.45 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.45 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  33.45 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.45 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.45 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.45 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0324  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 318 aa  157  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.45 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  34.67 
 
 		 292 aa  157  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.45 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.73 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3802  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.238076  normal  0.337014 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 300 aa  156  3e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 300 aa  156  3e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3535  transcriptional regulator, LysR family  35.61 
 
 		 323 aa  157  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  0.425452 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.36 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.36 
 
 		 302 aa  156  4e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3211  LysR substrate-binding  35.25 
 
 		 323 aa  156  4e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.847319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.36 
 
 		 302 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.97 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 311 aa  155  6e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.97 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.97 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 300 aa  155  7e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 300 aa  155  7e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 297 aa  155  8e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 313 aa  155  8e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  33.1 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  33.1 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  33.1 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  34.04 
 
 		 319 aa  154  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 319 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3286  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 313 aa  154  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.254644  normal  0.231558 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 319 aa  153  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  33.1 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0270  redox-sensitive transcriptional activator OxyR  35.53 
 
 		 308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  33.1 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 320 aa  153  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.68 
 
 		 319 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  33.68 
 
 		 319 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.68 
 
 		 319 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 319 aa  153  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.68 
 
 		 319 aa  153  4e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 317 aa  153  4e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 318 aa  152  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.68 
 
 		 319 aa  153  4e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.68 
 
 		 319 aa  153  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  33.68 
 
 		 319 aa  153  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 319 aa  152  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 320 aa  152  5e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 319 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 321 aa  152  8.999999999999999e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>