More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1012 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1012  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 508 aa  1016    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1567  AMP-dependent synthetase and ligase  60.86 
 
 		 494 aa  597  1e-169  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0567369  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3832  AMP-dependent synthetase and ligase  46.46 
 
 		 509 aa  396  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0866  AMP-dependent synthetase and ligase  46.53 
 
 		 509 aa  391  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6217  AMP-dependent synthetase and ligase  40.93 
 
 		 546 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.158197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4281  AMP-dependent synthetase and ligase  43.11 
 
 		 524 aa  362  8e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.131424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0702  putative acyl-CoA synthetase  40 
 
 		 553 aa  360  5e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.345543  normal  0.0324755 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1980  AMP-dependent synthetase and ligase  41.55 
 
 		 532 aa  355  1e-96  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0106234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4383  AMP-dependent synthetase and ligase  41.06 
 
 		 553 aa  347  4e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.647475 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2527  AMP-dependent synthetase and ligase  38.83 
 
 		 504 aa  302  1e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2140  AMP-dependent synthetase and ligase  39.29 
 
 		 526 aa  300  6e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.109279  normal  0.754717 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2417  AMP-dependent synthetase and ligase  39.29 
 
 		 526 aa  299  8e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.154607 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0697  AMP-dependent synthetase and ligase  41.45 
 
 		 506 aa  296  5e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000262874  decreased coverage  0.0000717801 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0106  AMP-dependent synthetase and ligase  38.97 
 
 		 512 aa  295  1e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2100  AMP-dependent synthetase and ligase  38.89 
 
 		 526 aa  291  3e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.467333 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4343  AMP-dependent synthetase and ligase  40.85 
 
 		 506 aa  289  7e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2463  AMP-dependent synthetase and ligase  45.2 
 
 		 506 aa  289  9e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  40.12 
 
 		 506 aa  287  2e-76  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0057  AMP-dependent synthetase and ligase  39.15 
 
 		 487 aa  286  5e-76  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  38.81 
 
 		 503 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.04 
 
 		 514 aa  281  2e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  37.8 
 
 		 525 aa  280  4e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0049  AMP-dependent synthetase and ligase  44.64 
 
 		 510 aa  279  1e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.541922  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04397  coenzyme A synthetase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G06850)  35.73 
 
 		 506 aa  274  3e-72  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.484152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  37.7 
 
 		 520 aa  273  6e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  37.21 
 
 		 491 aa  270  5.9999999999999995e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0728  AMP-dependent synthetase and ligase  37.06 
 
 		 507 aa  268  1e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2858  AMP-dependent synthetase and ligase  37.86 
 
 		 485 aa  268  2e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.87 
 
 		 512 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  36.94 
 
 		 502 aa  261  3e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.597037  normal  0.34641 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2096  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  36.36 
 
 		 622 aa  259  7e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10120  acyl-CoA synthetase  35.08 
 
 		 542 aa  258  1e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.362122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.05 
 
 		 510 aa  256  8e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.54 
 
 		 510 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.66 
 
 		 510 aa  255  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1366  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  32.03 
 
 		 485 aa  254  3e-66  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.691182  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.47 
 
 		 510 aa  254  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2905  AMP-dependent synthetase and ligase  35.28 
 
 		 502 aa  253  5.000000000000001e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.587257 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.34 
 
 		 510 aa  253  7e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.34 
 
 		 510 aa  253  7e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.47 
 
 		 510 aa  253  7e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.34 
 
 		 510 aa  253  8.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.34 
 
 		 510 aa  253  8.000000000000001e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.47 
 
 		 510 aa  252  1e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  33.41 
 
 		 490 aa  251  2e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4801  hypothetical protein  35.76 
 
 		 2167 aa  251  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1852  fatty-acid-CoA ligase  35.98 
 
 		 593 aa  251  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  34.76 
 
 		 512 aa  251  3e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  34.55 
 
 		 521 aa  250  3e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0430  AMP-binding domain-containing protein  35.98 
 
 		 619 aa  251  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.208171  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1456  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.77 
 
 		 593 aa  249  9e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.562409  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0841  AMP-binding domain-containing protein  35.77 
 
 		 619 aa  249  9e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.3553  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2157  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.77 
 
 		 619 aa  249  9e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  37.53 
 
 		 499 aa  248  1e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1217  AMP-dependent synthetase and ligase  36.65 
 
 		 513 aa  249  1e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.335283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  35.04 
 
 		 492 aa  248  2e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0526  AMP-binding domain-containing protein  35.28 
 
 		 619 aa  248  2e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2230  coenzyme A synthetase-like protein  33.46 
 
 		 535 aa  246  6e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  36.78 
 
 		 551 aa  246  8e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  34.07 
 
 		 506 aa  246  9.999999999999999e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  34.63 
 
 		 559 aa  245  1.9999999999999999e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  38.41 
 
 		 510 aa  244  3e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1561  AMP-forming acyl-CoA synthetase/ligase  38.61 
 
 		 511 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0212  AMP-dependent synthetase and ligase  38.93 
 
 		 511 aa  243  5e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.419537 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.74 
 
 		 510 aa  238  1e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01070  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  34.54 
 
 		 516 aa  237  3e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  35.82 
 
 		 504 aa  237  3e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3041  AMP-dependent synthetase and ligase  38.37 
 
 		 511 aa  237  4e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  34.01 
 
 		 566 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4838  Beta-ketoacyl synthase  36.31 
 
 		 4930 aa  235  1.0000000000000001e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.15888 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.54 
 
 		 519 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  32.85 
 
 		 569 aa  234  2.0000000000000002e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3859  AMP-dependent synthetase and ligase  36.69 
 
 		 504 aa  234  4.0000000000000004e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.447607  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 518 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  33.07 
 
 		 561 aa  233  6e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1246  AMP-dependent synthetase and ligase  35.37 
 
 		 5154 aa  233  7.000000000000001e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.262553 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.23 
 
 		 513 aa  232  9e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 539 aa  232  1e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  31.17 
 
 		 662 aa  231  3e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 549 aa  230  4e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  31.66 
 
 		 527 aa  230  4e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  33.2 
 
 		 515 aa  228  2e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  34.11 
 
 		 500 aa  228  2e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  35.67 
 
 		 507 aa  228  3e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22810  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  35.06 
 
 		 500 aa  228  3e-58  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  31.73 
 
 		 499 aa  228  3e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2675  AMP-dependent synthetase and ligase  35.37 
 
 		 501 aa  227  4e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.493637  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0812  AMP-dependent synthetase and ligase  35.24 
 
 		 508 aa  227  5.0000000000000005e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  36.48 
 
 		 505 aa  225  1e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0661851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.5 
 
 		 582 aa  225  1e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.14 
 
 		 561 aa  225  1e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.88 
 
 		 561 aa  224  2e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  37.78 
 
 		 583 aa  224  2e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  30.64 
 
 		 498 aa  224  2e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5079  AMP-dependent synthetase and ligase  32.56 
 
 		 511 aa  224  3e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.11462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3431  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 507 aa  224  3e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1692  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 		 560 aa  224  4e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0924914  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.82 
 
 		 563 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.63 
 
 		 563 aa  223  6e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  32.43 
 
 		 508 aa  223  7e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>