More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3288 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3288  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  100 
 
 
396 aa  827    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3612  coproporphyrinogen III oxidase  64.74 
 
 
379 aa  509  1e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0770  coproporphyrinogen III oxidase  64.21 
 
 
378 aa  503  1e-141  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.261122  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3455  coproporphyrinogen III oxidase  64.71 
 
 
380 aa  498  1e-140  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.766268  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002450  coproporphyrinogen III oxidase, oxygen-independent  60.67 
 
 
392 aa  491  9.999999999999999e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0007  coproporphyrinogen III oxidase  62.21 
 
 
391 aa  493  9.999999999999999e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.712639  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0755  coproporphyrinogen III oxidase  63.42 
 
 
379 aa  494  9.999999999999999e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0537  coproporphyrinogen III oxidase  63.45 
 
 
386 aa  494  9.999999999999999e-139  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0906426  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4035  coproporphyrinogen III oxidase  62.63 
 
 
379 aa  489  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.023291 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03584  coproporphyrinogen III oxidase  60.41 
 
 
390 aa  490  1e-137  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3361  coproporphyrinogen III oxidase  61.78 
 
 
380 aa  488  1e-137  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00679793 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4258  coproporphyrinogen III oxidase  61.78 
 
 
378 aa  484  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3343  coproporphyrinogen III oxidase  61.32 
 
 
378 aa  481  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.368838 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3351  coproporphyrinogen III oxidase  61.58 
 
 
378 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.315269 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0740  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  61.26 
 
 
378 aa  478  1e-134  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0825  coproporphyrinogen III oxidase  60.79 
 
 
376 aa  481  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.330416  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3267  coproporphyrinogen III oxidase  61.32 
 
 
378 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3278  coproporphyrinogen III oxidase  61.32 
 
 
378 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.026335 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3447  coproporphyrinogen III oxidase  61.05 
 
 
378 aa  478  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.286445 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3387  coproporphyrinogen III oxidase  61.52 
 
 
378 aa  479  1e-134  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0826  coproporphyrinogen III oxidase  60.79 
 
 
376 aa  481  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0143  coproporphyrinogen III oxidase  60.79 
 
 
376 aa  481  1e-134  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000483536 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03095  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  67.06 
 
 
341 aa  480  1e-134  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.453176  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02785  coproporphyrinogen III oxidase  60.73 
 
 
378 aa  476  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.179359  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0759  coproporphyrinogen III oxidase  61.26 
 
 
378 aa  477  1e-133  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000573813 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3115  coproporphyrinogen III oxidase  61.26 
 
 
378 aa  477  1e-133  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3097  coproporphyrinogen III oxidase  60.99 
 
 
378 aa  477  1e-133  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000345052 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02748  hypothetical protein  60.73 
 
 
378 aa  476  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.153415  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3299  coproporphyrinogen III oxidase  60.73 
 
 
378 aa  473  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0124  coproporphyrinogen III oxidase  59.74 
 
 
392 aa  465  9.999999999999999e-131  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1187  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  58.62 
 
 
385 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.454386  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1258  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  58.62 
 
 
385 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0161407  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1188  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  58.62 
 
 
385 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1131  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  58.01 
 
 
379 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00230562  normal  0.548541 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3046  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  56.05 
 
 
380 aa  454  1.0000000000000001e-126  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482476  normal  0.758269 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2866  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  57.37 
 
 
379 aa  451  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00010545  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3668  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  57.81 
 
 
388 aa  445  1.0000000000000001e-124  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.231493  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3359  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  57.82 
 
 
385 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3189  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  57.45 
 
 
388 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000939892  normal  0.198948 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1121  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  56.69 
 
 
378 aa  443  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.002803  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2693  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  56.5 
 
 
387 aa  443  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3031  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  56.65 
 
 
388 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.472525  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1332  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  57.18 
 
 
388 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000575717  hitchhiker  0.0000904617 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3046  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  56.91 
 
 
388 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000324324  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1326  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  56.76 
 
 
378 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0437214 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2483  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  57.45 
 
 
379 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.274904  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1226  coproporphyrinogen dehydrogenase  55.7 
 
 
378 aa  436  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000226864  normal  0.222132 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4974  coproporphyrinogen III oxidase  55.76 
 
 
391 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4159  coproporphyrinogen III oxidase  56.81 
 
 
386 aa  432  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2687  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  52.5 
 
 
400 aa  434  1e-120  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000667437  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5151  coproporphyrinogen III oxidase  56.81 
 
 
391 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.294445  normal  0.707101 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5101  coproporphyrinogen III oxidase  56.28 
 
 
391 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.608313  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5327  coproporphyrinogen III oxidase  54.01 
 
 
401 aa  413  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.476935 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0364  coproporphyrinogen III oxidase  56.02 
 
 
395 aa  411  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.250524  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5052  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  54.74 
 
 
404 aa  402  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0471  coproporphyrinogen III oxidase  55 
 
 
404 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.804831 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0485  coproporphyrinogen III oxidase  54.21 
 
 
384 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05040  coproporphyrinogen III oxidase  53.81 
 
 
384 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2963  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  50.52 
 
 
387 aa  396  1e-109  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000535992  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1468  oxygen-independent coproporphyrinogen-III oxidase  49.07 
 
 
375 aa  390  1e-107  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.245191  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3079  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  52.51 
 
 
380 aa  389  1e-107  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.862444  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0528  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  50.4 
 
 
382 aa  385  1e-106  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0710  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  48.81 
 
 
375 aa  388  1e-106  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.963013  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4335  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  53.39 
 
 
389 aa  379  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2303  hypothetical protein  49.47 
 
 
375 aa  377  1e-103  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2276  hypothetical protein  49.47 
 
 
375 aa  377  1e-103  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2322  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  49.61 
 
 
388 aa  377  1e-103  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0760  coproporphyrinogen III oxidase  50.92 
 
 
383 aa  377  1e-103  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0847  coproporphyrinogen III oxidase  50.66 
 
 
383 aa  375  1e-103  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3273  coproporphyrinogen III oxidase  48.48 
 
 
408 aa  378  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03000  coproporphyrinogen III oxidase  52.52 
 
 
373 aa  372  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02372  coproporphyrinogen III oxidase  50.26 
 
 
385 aa  374  1e-102  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2472  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  49.47 
 
 
400 aa  371  1e-101  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3853  coproporphyrinogen III oxidase  49.01 
 
 
399 aa  370  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.800608  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0816  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  48.18 
 
 
396 aa  370  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.847489  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0789  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  48.33 
 
 
393 aa  370  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.284669  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3308  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  52.12 
 
 
390 aa  368  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0479  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  47.41 
 
 
385 aa  369  1e-101  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.822373  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1082  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  46.94 
 
 
392 aa  368  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4103  coproporphyrinogen III oxidase  47.66 
 
 
404 aa  367  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.274585  normal  0.294261 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3651  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  47.52 
 
 
400 aa  367  1e-100  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1341  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  48.18 
 
 
394 aa  366  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0516  coproporphyrinogen III oxidase  47.4 
 
 
404 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0955  coproporphyrinogen III oxidase  47.4 
 
 
404 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.337282  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0995  coproporphyrinogen III oxidase  47.4 
 
 
404 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.369674  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2405  coproporphyrinogen III oxidase  47.66 
 
 
404 aa  364  1e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0665  coproporphyrinogen III oxidase  47.92 
 
 
404 aa  364  1e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0912478  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4155  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  48.05 
 
 
416 aa  364  1e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0855  coproporphyrinogen III oxidase  47.4 
 
 
404 aa  364  2e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.286896  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0867  coproporphyrinogen III oxidase  47.4 
 
 
404 aa  362  6e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0901  coproporphyrinogen III oxidase  46.35 
 
 
409 aa  359  4e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.482511  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0040  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  50.26 
 
 
384 aa  358  7e-98  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0117  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  46.65 
 
 
382 aa  358  8e-98  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3053  coproporphyrinogen III oxidase  47.53 
 
 
405 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2953  coproporphyrinogen III oxidase  47.53 
 
 
405 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.640184  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3019  coproporphyrinogen III oxidase  47.53 
 
 
405 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.18574  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0811  coproporphyrinogen III oxidase  47.27 
 
 
405 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.12855  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2100  coproporphyrinogen III oxidase  47.27 
 
 
405 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2644  coproporphyrinogen III oxidase  47.27 
 
 
405 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1968  coproporphyrinogen III oxidase  47.27 
 
 
405 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.137157  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>