122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0658 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0658  Asp/Glu/hydantoin racemase  100 
 
 		 245 aa  493  9.999999999999999e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.184482  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0868  Asp/Glu/hydantoin racemase  79.59 
 
 		 245 aa  397  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.642238  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0900  Asp/Glu/hydantoin racemase  79.67 
 
 		 244 aa  386  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.022197  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0915  Asp/Glu racemase  79.17 
 
 		 247 aa  376  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3529  Asp/Glu racemase  64.44 
 
 		 243 aa  299  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.323338 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1874  hydantoin racemase  64.02 
 
 		 243 aa  298  4e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.139433  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0332  Asp/Glu racemase  59.4 
 
 		 238 aa  277  1e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0077  Asp/Glu racemase  55.65 
 
 		 243 aa  273  2.0000000000000002e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.45629  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1297  Asp/Glu/hydantoin racemase  54.85 
 
 		 244 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  0.408598 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3768  putative hydantoin-racemase  56.71 
 
 		 247 aa  264  8.999999999999999e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3936  Asp/Glu/hydantoin racemase  52.48 
 
 		 245 aa  257  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104662  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1097  Asp/Glu racemase  53.14 
 
 		 261 aa  256  3e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1301  Asp/Glu/hydantoin racemase  51.05 
 
 		 285 aa  249  3e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1306  Asp/Glu/hydantoin racemase  51.05 
 
 		 278 aa  248  9e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.612078  normal  0.031069 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2330  Asp/Glu/hydantoin racemase  51.88 
 
 		 288 aa  247  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.496574 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1879  Asp/Glu/hydantoin racemase  51.05 
 
 		 278 aa  246  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53096  normal  0.236918 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1925  putative hydantoin racemase  51.46 
 
 		 288 aa  245  6e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1509  hydantoin racemase  50.63 
 
 		 280 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.722971  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2008  hydantoin racemase  50.63 
 
 		 280 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3302  hydantoin racemase  50.63 
 
 		 280 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2534  racemase  50.63 
 
 		 327 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0701963  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2389  hydantoin racemase  50.63 
 
 		 280 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0210  Asp/Glu/hydantoin racemase  55.6 
 
 		 247 aa  244  9.999999999999999e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0948145 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2433  hydantoin racemase  50.63 
 
 		 318 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0470  Asp/Glu racemase  51.9 
 
 		 243 aa  243  1.9999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2066  racemase  50.63 
 
 		 287 aa  243  3e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1952  Asp/Glu racemase  50.63 
 
 		 279 aa  243  3e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6113  Asp/Glu racemase  50.21 
 
 		 263 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1964  Asp/Glu racemase  50.21 
 
 		 263 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1988  Asp/Glu/hydantoin racemase  49.79 
 
 		 263 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.557931 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5279  Asp/Glu racemase  50.21 
 
 		 263 aa  241  7e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0404858 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1813  Asp/Glu/hydantoin racemase  50 
 
 		 245 aa  231  1e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0165675 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3376  hydantoin racemase  53.59 
 
 		 243 aa  227  1e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.732372 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0679  Asp/Glu racemase  48.7 
 
 		 236 aa  223  3e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0768431  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4419  Asp/Glu racemase  52.12 
 
 		 243 aa  220  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.192959  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0933  Asp/Glu racemase  48.7 
 
 		 234 aa  215  5.9999999999999996e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0404  Asp/Glu racemase  46.49 
 
 		 232 aa  212  3.9999999999999995e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000866633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3770  Asp/Glu/hydantoin racemase  47.92 
 
 		 253 aa  210  2e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3130  Asp/Glu racemase  47.9 
 
 		 243 aa  202  6e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000715439 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5785  Asp/Glu racemase  46.58 
 
 		 241 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.415529  hitchhiker  0.00131329 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2655  Asp/Glu/hydantoin racemase  47.28 
 
 		 247 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2916  Asp/Glu/hydantoin racemase  46.84 
 
 		 247 aa  192  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.492378  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6274  hydantoin Racemase  46.86 
 
 		 258 aa  191  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1759  hydantoin racemase  50 
 
 		 205 aa  162  6e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3876  Asp/Glu/hydantoin racemase  40.68 
 
 		 242 aa  154  9e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3637  Asp/Glu/hydantoin racemase  40.68 
 
 		 242 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3412  Asp/Glu racemase  39.15 
 
 		 247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4310  hydantoin racemase, putative  40.25 
 
 		 242 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1557  Asp/Glu racemase  40.25 
 
 		 242 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.365938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1755  Asp/Glu racemase  39.57 
 
 		 242 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2028  Asp/Glu/hydantoin racemase  37.87 
 
 		 240 aa  146  4.0000000000000006e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3171  Asp/Glu racemase  37.02 
 
 		 240 aa  145  8.000000000000001e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.560944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2040  Asp/Glu racemase  39.33 
 
 		 242 aa  142  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00180989  normal  0.15081 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1006  Asp/Glu racemase  42.33 
 
 		 220 aa  142  5e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.832843  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1023  Asp/Glu racemase  42.33 
 
 		 220 aa  142  5e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.493832  normal  0.560856 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1033  Asp/Glu racemase  42.33 
 
 		 220 aa  142  5e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.026155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4337  Asp/Glu racemase  39.15 
 
 		 240 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.573919  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4029  Asp/Glu racemase  39.15 
 
 		 240 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.016763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3495  Asp/Glu/hydantoin racemase  39.15 
 
 		 240 aa  139  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.714298  hitchhiker  0.00106487 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3193  Asp/Glu/hydantoin racemase  39.55 
 
 		 252 aa  138  6e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4855  Asp/Glu racemase  39.83 
 
 		 258 aa  127  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.456805 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0552  Asp/Glu racemase  34.76 
 
 		 248 aa  125  7e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.886079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7936  Asp/Glu/hydantoin racemase  32.22 
 
 		 256 aa  122  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261217  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4136  Asp/Glu/hydantoin racemase  32.64 
 
 		 245 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.29444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4023  Asp/Glu/hydantoin racemase  32.64 
 
 		 245 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0300  Asp/Glu/hydantoin racemase  33.9 
 
 		 248 aa  119  3e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0738  putative hydantoin racemase  32.5 
 
 		 254 aa  119  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.304234  normal  0.968812 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0044  Asp/Glu racemase  32.78 
 
 		 245 aa  118  7.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.399037  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4060  Asp/Glu racemase  38.07 
 
 		 218 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0094  Asp/Glu racemase  33.92 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7191  putative Hydantoin racemase  31.82 
 
 		 249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.425956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3885  putative Asp/Glu racemase  31.65 
 
 		 245 aa  115  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4993  Asp/Glu/hydantoin racemase  32.64 
 
 		 250 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.561877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3633  hypothetical protein  39.59 
 
 		 220 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.127614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3334  HyuE hydantoin racemase  37.71 
 
 		 205 aa  112  5e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4065  Asp/Glu racemase  32.06 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1486  Asp/Glu racemase  33.49 
 
 		 229 aa  102  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.293318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4026  hydantoin racemase  28.57 
 
 		 266 aa  101  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.997842 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4276  Asp/Glu/hydantoin racemase  29.46 
 
 		 251 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23954  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0467  Asp/Glu/hydantoin racemase  34.18 
 
 		 250 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0279175 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1251  Asp/Glu/hydantoin racemase  34.16 
 
 		 250 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3797  Asp/Glu racemase  29.52 
 
 		 227 aa  90.9  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.175328  normal  0.366976 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3463  putative hydantoin racemase  36.41 
 
 		 213 aa  86.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3108  Asp/Glu racemase  36.41 
 
 		 213 aa  86.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0539324  normal  0.209365 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1336  hydantoin racemase  28.91 
 
 		 250 aa  84.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000284571 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2068  Asp/Glu racemase  33.97 
 
 		 213 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.2159 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5610  Asp/Glu/hydantoin racemase  29.26 
 
 		 247 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2076  Asp/Glu/hydantoin racemase  30.89 
 
 		 245 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.491688 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08417  conserved hypothetical protein  28.45 
 
 		 627 aa  82  0.000000000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2107  putative Hydantoin racemase HyuA  32.06 
 
 		 212 aa  82.4  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3409  hypothetical protein  29.33 
 
 		 219 aa  76.6  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0955  hydantoin racemase  33.95 
 
 		 231 aa  76.3  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2261  racemase, putative  26.84 
 
 		 238 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.113318  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5144  Asp/Glu racemase  33.33 
 
 		 223 aa  72.8  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238464  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1238  putative racemase  33.18 
 
 		 236 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.205483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1006  Asp/Glu racemase  32.9 
 
 		 246 aa  72  0.000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.719563  hitchhiker  0.00113636 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3190  hypothetical protein  29.44 
 
 		 216 aa  72  0.000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1556  Asp/Glu racemase  36.03 
 
 		 267 aa  72  0.000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3273  Asp/Glu racemase  31.25 
 
 		 251 aa  71.6  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.325881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3382  hydantoin racemase  26.01 
 
 		 229 aa  71.6  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>