125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5785 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5785  Asp/Glu racemase  100 
 
 		 241 aa  487  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.415529  hitchhiker  0.00131329 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0404  Asp/Glu racemase  55.02 
 
 		 232 aa  248  6e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000866633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0679  Asp/Glu racemase  52.59 
 
 		 236 aa  245  4.9999999999999997e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0768431  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0077  Asp/Glu racemase  50.21 
 
 		 243 aa  233  1.0000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.45629  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0332  Asp/Glu racemase  52.94 
 
 		 238 aa  227  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2330  Asp/Glu/hydantoin racemase  52.16 
 
 		 288 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.496574 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1925  putative hydantoin racemase  51.72 
 
 		 288 aa  221  8e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1301  Asp/Glu/hydantoin racemase  51.97 
 
 		 285 aa  221  8e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3936  Asp/Glu/hydantoin racemase  50 
 
 		 245 aa  219  3e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104662  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1297  Asp/Glu/hydantoin racemase  50.42 
 
 		 244 aa  218  6e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  0.408598 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1879  Asp/Glu/hydantoin racemase  50.86 
 
 		 278 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53096  normal  0.236918 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2655  Asp/Glu/hydantoin racemase  51.27 
 
 		 247 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1952  Asp/Glu racemase  51.29 
 
 		 279 aa  215  4e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1306  Asp/Glu/hydantoin racemase  50.86 
 
 		 278 aa  215  5e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.612078  normal  0.031069 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6113  Asp/Glu racemase  50.86 
 
 		 263 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1964  Asp/Glu racemase  50.86 
 
 		 263 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5279  Asp/Glu racemase  50.86 
 
 		 263 aa  214  8e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0404858 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1874  hydantoin racemase  50.66 
 
 		 243 aa  214  9e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.139433  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3529  Asp/Glu racemase  51.53 
 
 		 243 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.323338 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1813  Asp/Glu/hydantoin racemase  49.58 
 
 		 245 aa  214  9.999999999999999e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0165675 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1988  Asp/Glu/hydantoin racemase  50.43 
 
 		 263 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.557931 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1097  Asp/Glu racemase  50.42 
 
 		 261 aa  212  3.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1509  hydantoin racemase  49.57 
 
 		 280 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.722971  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2008  hydantoin racemase  49.57 
 
 		 280 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3302  hydantoin racemase  49.57 
 
 		 280 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2389  hydantoin racemase  49.57 
 
 		 280 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2916  Asp/Glu/hydantoin racemase  50.85 
 
 		 247 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.492378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2534  racemase  49.57 
 
 		 327 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0701963  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2433  hydantoin racemase  49.57 
 
 		 318 aa  210  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2066  racemase  49.57 
 
 		 287 aa  210  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0470  Asp/Glu racemase  50.85 
 
 		 243 aa  210  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3130  Asp/Glu racemase  47.46 
 
 		 243 aa  207  9e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000715439 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4419  Asp/Glu racemase  52.16 
 
 		 243 aa  207  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.192959  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0868  Asp/Glu/hydantoin racemase  47.44 
 
 		 245 aa  205  6e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.642238  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3768  putative hydantoin-racemase  48.92 
 
 		 247 aa  204  7e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6274  hydantoin Racemase  53.81 
 
 		 258 aa  204  9e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0900  Asp/Glu/hydantoin racemase  47.01 
 
 		 244 aa  202  4e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.022197  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0915  Asp/Glu racemase  47.01 
 
 		 247 aa  199  3.9999999999999996e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0658  Asp/Glu/hydantoin racemase  46.58 
 
 		 245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.184482  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3376  hydantoin racemase  49.58 
 
 		 243 aa  195  4.0000000000000005e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.732372 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0933  Asp/Glu racemase  44.98 
 
 		 234 aa  190  2e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0210  Asp/Glu/hydantoin racemase  44.58 
 
 		 247 aa  172  3.9999999999999995e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0948145 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1759  hydantoin racemase  46.77 
 
 		 205 aa  160  1e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1755  Asp/Glu racemase  39.66 
 
 		 242 aa  159  5e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3770  Asp/Glu/hydantoin racemase  42.25 
 
 		 253 aa  156  3e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3637  Asp/Glu/hydantoin racemase  38.82 
 
 		 242 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3876  Asp/Glu/hydantoin racemase  38.4 
 
 		 242 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4310  hydantoin racemase, putative  38.4 
 
 		 242 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1557  Asp/Glu racemase  38.4 
 
 		 242 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.365938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3171  Asp/Glu racemase  38.4 
 
 		 240 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.560944  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2028  Asp/Glu/hydantoin racemase  38.49 
 
 		 240 aa  147  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2040  Asp/Glu racemase  38.4 
 
 		 242 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00180989  normal  0.15081 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3412  Asp/Glu racemase  37.34 
 
 		 247 aa  146  3e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4337  Asp/Glu racemase  37.97 
 
 		 240 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.573919  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4029  Asp/Glu racemase  37.97 
 
 		 240 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.016763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3495  Asp/Glu/hydantoin racemase  37.97 
 
 		 240 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.714298  hitchhiker  0.00106487 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1006  Asp/Glu racemase  45.37 
 
 		 220 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.832843  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1023  Asp/Glu racemase  45.37 
 
 		 220 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.493832  normal  0.560856 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1033  Asp/Glu racemase  45.37 
 
 		 220 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.026155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3193  Asp/Glu/hydantoin racemase  37.13 
 
 		 252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4060  Asp/Glu racemase  44.55 
 
 		 218 aa  135  8e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3633  hypothetical protein  45.05 
 
 		 220 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.127614  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4855  Asp/Glu racemase  38.91 
 
 		 258 aa  124  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.456805 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3334  HyuE hydantoin racemase  45.4 
 
 		 205 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0094  Asp/Glu racemase  38.02 
 
 		 239 aa  113  3e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1486  Asp/Glu racemase  33.49 
 
 		 229 aa  109  5e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.293318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3797  Asp/Glu racemase  33.97 
 
 		 227 aa  106  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.175328  normal  0.366976 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08417  conserved hypothetical protein  35.27 
 
 		 627 aa  105  5e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7936  Asp/Glu/hydantoin racemase  32.79 
 
 		 256 aa  105  7e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261217  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4026  hydantoin racemase  34.55 
 
 		 266 aa  98.6  8e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.997842 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7191  putative Hydantoin racemase  32.23 
 
 		 249 aa  97.4  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.425956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4863  Hydantoin racemase-like protein  27.19 
 
 		 259 aa  95.1  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278835  normal  0.546582 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2107  putative Hydantoin racemase HyuA  34.09 
 
 		 212 aa  92  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2139  Asp/Glu/hydantoin racemase  34.85 
 
 		 239 aa  89.7  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0396546 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0552  Asp/Glu racemase  34.36 
 
 		 248 aa  87.4  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.886079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4065  Asp/Glu racemase  33.12 
 
 		 279 aa  86.3  4e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3190  hypothetical protein  30.23 
 
 		 216 aa  83.2  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3463  putative hydantoin racemase  31.92 
 
 		 213 aa  82.4  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3108  Asp/Glu racemase  31.92 
 
 		 213 aa  82  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0539324  normal  0.209365 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0044  Asp/Glu racemase  27.8 
 
 		 245 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.399037  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4136  Asp/Glu/hydantoin racemase  27.92 
 
 		 245 aa  80.1  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.29444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6268  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.51 
 
 		 262 aa  79.7  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.294272  normal  0.515263 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4023  Asp/Glu/hydantoin racemase  27.92 
 
 		 245 aa  80.1  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3885  putative Asp/Glu racemase  27.8 
 
 		 245 aa  79.3  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4276  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.42 
 
 		 251 aa  79.3  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23954  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2068  Asp/Glu racemase  32.26 
 
 		 213 aa  79  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.2159 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5846  Asp/Glu/hydantoin racemase  29.77 
 
 		 249 aa  78.6  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.963057  hitchhiker  0.000744144 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2076  Asp/Glu/hydantoin racemase  35 
 
 		 245 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.491688 
 
 
-
 
NC_006686  CND02830  nitrogen metabolism-related protein, putative  29.46 
 
 		 276 aa  76.3  0.0000000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0852649  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1251  Asp/Glu/hydantoin racemase  31.51 
 
 		 250 aa  76.3  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2261  racemase, putative  34.62 
 
 		 238 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.113318  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1413  Hydantoin racemase-like protein  32.39 
 
 		 262 aa  75.9  0.0000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2031  putative hydantoin racemase  34.27 
 
 		 252 aa  75.9  0.0000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0467  Asp/Glu/hydantoin racemase  31.41 
 
 		 250 aa  75.1  0.0000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0279175 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1336  hydantoin racemase  31.61 
 
 		 250 aa  73.9  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000284571 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0738  putative hydantoin racemase  26.05 
 
 		 254 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.304234  normal  0.968812 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5804  Asp/Glu/hydantoin racemase  33.33 
 
 		 226 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.372709  normal  0.802095 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0300  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.53 
 
 		 248 aa  73.2  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5610  Asp/Glu/hydantoin racemase  30.21 
 
 		 247 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0677  putative hydantoin racemase protein  32.66 
 
 		 253 aa  72.4  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0966453  normal  0.11063 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>