183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0122 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0122  integrase, catalytic region  100 
 
 
221 aa  456  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0481  integrase catalytic region  96.15 
 
 
463 aa  411  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2917  integrase, catalytic region  72.91 
 
 
321 aa  306  1e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.437302 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3258  Integrase catalytic region  71.92 
 
 
330 aa  306  1e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1668  Integrase catalytic region  71.92 
 
 
330 aa  306  1e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412192  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0692  Integrase catalytic region  71.92 
 
 
330 aa  306  1e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.229145  normal  0.133209 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2721  Integrase catalytic region  71.92 
 
 
330 aa  306  2e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.562875  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2899  integrase, catalytic region  69.61 
 
 
327 aa  305  3e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0219368 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1293  integrase, catalytic region  69.61 
 
 
329 aa  305  3e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.345302  normal  0.407109 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2422  Integrase catalytic region  71.43 
 
 
330 aa  305  4e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1296  integrase, catalytic region  69.61 
 
 
316 aa  304  7e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2818  integrase, catalytic region  69.61 
 
 
316 aa  304  7e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1717  integrase, catalytic region  69.61 
 
 
316 aa  304  7e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0171721  normal  0.307075 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1097  integrase, catalytic region  69.61 
 
 
316 aa  304  7e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.495543  normal  0.303219 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0481  integrase, catalytic region  69.61 
 
 
316 aa  304  7e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791017  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0308  integrase, catalytic region  69.61 
 
 
316 aa  304  7e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2918  integrase, catalytic region  69.61 
 
 
316 aa  304  8e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.423404 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0366  integrase, catalytic region  69.12 
 
 
329 aa  303  1e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2225  integrase, catalytic region  69.12 
 
 
316 aa  302  2e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00213091  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2291  Integrase catalytic region  71.43 
 
 
348 aa  302  2e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.152349 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1875  Integrase catalytic region  71.43 
 
 
355 aa  303  2e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0702445 
 
 
-
 
NC_002978  WD0176  transposase, putative  66.01 
 
 
320 aa  294  6e-79  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7134  Integrase catalytic core  72.77 
 
 
303 aa  293  1e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1814  integrase catalytic subunit  67 
 
 
319 aa  282  4e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0485004  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3839  hypothetical protein  67 
 
 
319 aa  282  4e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.247548  normal  0.0595051 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3743  hypothetical protein  67 
 
 
319 aa  282  4e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0053  integrase catalytic subunit  67 
 
 
319 aa  282  4e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.142705  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3474  hypothetical protein  66.5 
 
 
206 aa  271  4e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.180544 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1515  integrase catalytic region  73.81 
 
 
178 aa  263  2e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.60322  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5447  Integrase catalytic region  72.39 
 
 
277 aa  254  5e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.681137  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0554  hypothetical protein  55.5 
 
 
314 aa  244  8e-64  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    unclonable  2.79647e-10 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1273  hypothetical protein  53.11 
 
 
314 aa  241  6e-63  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0999856 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1054  integrase catalytic subunit  59.41 
 
 
316 aa  239  3e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.161609  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2400  integrase catalytic subunit  59.41 
 
 
316 aa  239  3e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.61618  normal  0.0278741 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1780  integrase catalytic subunit  59.41 
 
 
316 aa  239  3e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0228632  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1767  integrase catalytic subunit  59.41 
 
 
316 aa  239  3e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.417793 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1353  integrase catalytic subunit  59.41 
 
 
316 aa  239  3e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.4232  normal  0.0729626 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0224  integrase catalytic subunit  59.41 
 
 
316 aa  239  3e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0952  hypothetical protein  54.41 
 
 
320 aa  238  5e-62  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1176  hypothetical protein  53.59 
 
 
284 aa  238  5e-62  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.118975 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2557  integrase, catalytic region  70.97 
 
 
188 aa  238  8e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.805017  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0838  integrase, catalytic region  71.43 
 
 
286 aa  238  8e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204021  hitchhiker  0.00436144 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2850  integrase, catalytic region  71.43 
 
 
329 aa  237  9e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3372  integrase catalytic region  56.16 
 
 
321 aa  228  7e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25530  Integrase, catalytic domain-containing protein  54.5 
 
 
265 aa  228  7e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0142  integrase, catalytic region  88.29 
 
 
111 aa  206  3e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0529  integrase, catalytic core  59.73 
 
 
259 aa  176  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1301  integrase catalytic subunit  35.47 
 
 
321 aa  121  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.117909 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4152  transposase ISRme5 (copy d)  35.47 
 
 
321 aa  121  8e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.29962  normal  0.334182 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1251  integrase catalytic subunit  35.47 
 
 
333 aa  121  9e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.093017 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1280  integrase catalytic subunit  35.47 
 
 
463 aa  120  1e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.722165  normal  0.296416 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1631  Integrase catalytic region  35.14 
 
 
329 aa  119  3e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1401  integrase catalytic subunit  39.27 
 
 
323 aa  119  4e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1424  integrase catalytic subunit  39.27 
 
 
323 aa  118  8e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2660  integrase catalytic subunit  39.72 
 
 
323 aa  117  9e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.271661 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0021  putative integrase  38.65 
 
 
332 aa  117  2e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468061 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0344  Integrase catalytic region  38.65 
 
 
325 aa  117  2e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  8.45152e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3709  Integrase catalytic region  38.65 
 
 
325 aa  117  2e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal  0.108327 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0793  putative integrase  38.65 
 
 
343 aa  117  2e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.638394 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2535  integrase catalytic subunit  38.46 
 
 
323 aa  115  6e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.557756 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2728  putative transposase  33.17 
 
 
441 aa  105  5e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2194  putative transposase  33.17 
 
 
329 aa  105  5e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2179  transposase  33.17 
 
 
325 aa  105  6e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0120  hypothetical protein  33.17 
 
 
497 aa  105  6e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0917  transposase  33.17 
 
 
327 aa  105  6e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1378  putative integrase  33.17 
 
 
325 aa  105  6e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00372186  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2250  putative transposase  33.17 
 
 
333 aa  105  6e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2493  transposase, putative  33.17 
 
 
325 aa  105  6e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1782  putative integrase  33.17 
 
 
325 aa  105  6e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7791  Integrase catalytic region  33.98 
 
 
323 aa  101  7e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562755  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01280  transposase  35.47 
 
 
216 aa  92.4  4e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0995831  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00518  transposase  35.47 
 
 
216 aa  92.4  4e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5037  Integrase catalytic region  33.81 
 
 
274 aa  85.9  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4022  Integrase catalytic region  29.95 
 
 
330 aa  84.3  1e-15  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.500717  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1371  Fis family transcriptional regulator  37.65 
 
 
179 aa  84  2e-15  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0199142  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1128  integrase catalytic subunit  54.05 
 
 
280 aa  84  2e-15  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1603  transcriptional regulator, putative  37.4 
 
 
302 aa  79.3  4e-14  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2839  transcriptional regulator, putative  37.21 
 
 
289 aa  79  5e-14  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2732  transcriptional regulator, putative  37.21 
 
 
289 aa  79  6e-14  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2665  transcriptional regulator, putative  37.21 
 
 
289 aa  78.6  6e-14  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0143  hypothetical protein  88.1 
 
 
42 aa  78.2  8e-14  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1327  transcriptional regulator, putative  33.94 
 
 
289 aa  76.3  3e-13  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1276  hypothetical protein  62.9 
 
 
114 aa  75.5  6e-13  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1424  transcriptional regulator, putative  33.59 
 
 
288 aa  71.6  9e-12  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8690  putative integrase  32.65 
 
 
157 aa  71.6  9e-12  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2447  integrase catalytic subunit  43.68 
 
 
238 aa  69.7  3e-11  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2906  transcriptional regulator, putative  32.81 
 
 
288 aa  69.7  3e-11  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1426  transcriptional regulator, putative  34.38 
 
 
289 aa  68.6  8e-11  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1420  transcriptional regulator, putative  34.38 
 
 
289 aa  68.6  8e-11  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2928  transcriptional regulator, putative  34.38 
 
 
289 aa  68.6  8e-11  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1454  transcriptional regulator, putative  34.38 
 
 
289 aa  68.6  8e-11  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0697104  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3201  transcriptional regulator, putative  32.81 
 
 
288 aa  67.8  1e-10  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1116  transcriptional regulator, putative  36.28 
 
 
272 aa  67  2e-10  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2626  transcriptional regulator, putative  33.33 
 
 
336 aa  67.4  2e-10  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1222  transcriptional regulator, putative  33.85 
 
 
293 aa  67.4  2e-10  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3549  integrase catalytic region  53.33 
 
 
216 aa  65.9  4e-10  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.032093 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2980  hypothetical protein  26.42 
 
 
274 aa  66.2  4e-10  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.653613  normal  0.40333 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2664  transcriptional regulator, putative  31.78 
 
 
284 aa  65.9  5e-10  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33450  integrase, catalytic core  44.58 
 
 
185 aa  64.3  1e-09  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4700  integrase, catalytic region  54.24 
 
 
65 aa  63.2  3e-09  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.454962 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>