193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0267 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0267  putative thiol:disulfide interchange protein  100 
 
 
235 aa  479  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0231487 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0592  putative thiol:disulfide interchange protein  63.51 
 
 
246 aa  304  8.000000000000001e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0154668  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1531  thiol:disulfide interchange protein DsbC  56.39 
 
 
272 aa  278  4e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.805672  normal  0.200888 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2931  Thioredoxin, conserved site  55.36 
 
 
236 aa  273  1.0000000000000001e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.353115  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3367  putative thiol:disulphide interchange protein (periplasmic)  56.83 
 
 
245 aa  272  4.0000000000000004e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3621  thiol:disulfide interchange protein DsbC  55.36 
 
 
236 aa  271  5.000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0463  putative thiol:disulphide interchange protein (periplasmic)  56.22 
 
 
246 aa  267  8.999999999999999e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0884  putative thiol:disulphide interchange protein (periplasmic)  57.01 
 
 
246 aa  266  2e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.776267  normal  0.695906 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1575  thiol:disulfide interchange protein DsbC  52.56 
 
 
247 aa  255  4e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1124  putative thiol:disulphide interchange protein (periplasmic)  55.16 
 
 
237 aa  253  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.574462 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4644  thiol:disulfide interchange protein DsbC  50 
 
 
240 aa  244  6e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3663  putative protein disulfide-isomerase  47.86 
 
 
242 aa  217  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.463587  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0431  protein-disulfide isomerase-like protein  45.65 
 
 
242 aa  214  8e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2917  thiol:disulfide interchange protein DsbC, putative  47.03 
 
 
242 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2868  protein-disulfide isomerase-like protein  44.78 
 
 
242 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0799094  normal  0.459288 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0455  protein-disulfide isomerase-like protein  45.22 
 
 
242 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0600413 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0525  putative thiol:disulfide interchange protein DsbC  46.79 
 
 
245 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3584  thiol:disulfide interchange protein DsbC  46.79 
 
 
245 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.826532  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0652  putative thiol:disulfide interchange protein DsbC  46.79 
 
 
242 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0948  putative thiol:disulfide interchange protein DsbC  46.79 
 
 
242 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3564  putative thiol:disulfide interchange protein DsbC  46.79 
 
 
242 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3591  putative thiol:disulfide interchange protein DsbC  46.79 
 
 
242 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.404848  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1918  putative thiol:disulfide interchange protein DsbC  46.79 
 
 
242 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3613  protein-disulfide isomerase-like  44.35 
 
 
242 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.806355 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0498  protein-disulfide isomerase-like protein  43.91 
 
 
242 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2579  protein-disulfide isomerase-like  43.91 
 
 
242 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0526  protein-disulfide isomerase-like protein  43.91 
 
 
242 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3504  putative thiol-disulfide interchange protein, DsbC  46.05 
 
 
241 aa  208  5e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.478883  normal  0.0108218 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2892  thiol:disulfide interchange protein  46.19 
 
 
248 aa  207  8e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0453  putative thiol-disulfide interchange protein, DsbC  45.22 
 
 
241 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3509  putative thiol:disulphide interchange protein (periplasmic)  44.09 
 
 
233 aa  207  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.074793 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3134  putative thiol:disulfide interchange protein  47.3 
 
 
248 aa  206  3e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.649028 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2768  thiol:disulfide interchange protein  47.3 
 
 
248 aa  206  3e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.342173 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2706  putative thiol-disulfide interchange protein, DsbC  45 
 
 
241 aa  203  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0153  putative thiol:disulfide interchange protein  40.52 
 
 
238 aa  200  9.999999999999999e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.313521 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2143  putative thiol:disulphide interchange protein  44.78 
 
 
241 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0944083  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3035  thiol:disulfide interchange protein  41.43 
 
 
249 aa  199  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0140  putative thiol:disulfide interchange protein  38.79 
 
 
237 aa  198  5e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.303259  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3190  putative thiol:disulfide interchange protein  41.43 
 
 
252 aa  196  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00541638  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2445  putative thiol:disulphide interchange protein  39.29 
 
 
239 aa  180  2e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.547611  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2331  thiol:disulfide interchange protein DsbC  40.64 
 
 
236 aa  179  4e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.442113 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3505  thiol:disulfide interchange protein DsbC  42.33 
 
 
237 aa  170  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.616038  normal  0.344747 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0346  disulfide isomerase  39.13 
 
 
281 aa  142  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.142829  normal  0.435746 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2318  periplasmic thiol:disulfide interchange protein  33.33 
 
 
272 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.132945  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6169  thiol-disulfide isomerase  39.38 
 
 
238 aa  138  7.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00370649  normal 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6799  protein-disulfide isomerase  36.13 
 
 
276 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.475783  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2651  periplasmic thiol:disulfide interchange protein  35.46 
 
 
272 aa  137  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381719  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2730  disulfide bond isomerase  34.36 
 
 
254 aa  132  6e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1537  periplasmic thiol:disulfide interchange protein  33.19 
 
 
282 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.584285 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6235  putative thiol:disulfide interchange protein  34.9 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4180  protein-disulfide isomerase  33.17 
 
 
249 aa  126  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0898923  hitchhiker  0.00161761 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0652  thiol:disulfide interchange protein DsbC  31.53 
 
 
242 aa  121  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.317088  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2103  Disulphide bond isomerase, DsbC/G-like protein  37.06 
 
 
237 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.84966 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2126  thiol:disulfide interchange protein DsbC  33.33 
 
 
241 aa  118  7e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.38357  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1479  thiol:disulfide interchange protein DsbC  34.31 
 
 
246 aa  115  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24181  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3395  protein-disulfide isomerase-like protein  33.61 
 
 
241 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.739792  normal 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2771  Disulphide bond isomerase, DsbC/G-like protein  31.46 
 
 
254 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.756706  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1289  glutaredoxin  33.74 
 
 
246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000448477  normal  0.544286 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2037  Disulphide bond isomerase, DsbC/G-like protein  32.08 
 
 
255 aa  110  3e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.672217  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1382  thiol:disulfide interchange protein DsbC  31.78 
 
 
242 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000549688  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1026  glutaredoxin  33.18 
 
 
243 aa  104  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3311  thiol:disulfide interchange protein DsbC  31.38 
 
 
237 aa  103  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.679493  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16050  thiol:disulfide interchange protein DsbC  31.36 
 
 
242 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2253  thiol-disulfide interchange protein DsbC  28.77 
 
 
245 aa  102  5e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000301453  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0799  Thioredoxin, conserved site  30.38 
 
 
236 aa  101  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.152013  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0816  thiol:disulfide interchange protein DsbC  30.38 
 
 
236 aa  101  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.774755  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4184  thiol:disulfide interchange protein DsbC  30.38 
 
 
236 aa  101  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39500  Disulfide bond isomerase  30.9 
 
 
244 aa  101  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3026  thiol:disulfide interchange protein DsbC  29.96 
 
 
236 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3313  thiol:disulfide interchange protein DsbC  31.22 
 
 
236 aa  99.8  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3219  thiol:disulfide interchange protein DsbC  30.38 
 
 
236 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02725  protein disulfide isomerase II  29.96 
 
 
236 aa  99.8  4e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3052  thiol:disulfide interchange protein DsbC  29.96 
 
 
236 aa  99.8  4e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02688  hypothetical protein  29.96 
 
 
236 aa  99.8  4e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.116965  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4150  thiol:disulfide interchange protein DsbC  31.8 
 
 
253 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.887252  normal  0.466954 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0575  thiol:disulfide interchange protein DsbC  32.16 
 
 
210 aa  97.4  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.452646  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3379  thiol:disulfide interchange protein DsbC  31.86 
 
 
237 aa  97.1  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3277  thiol:disulfide interchange protein DsbC  31.86 
 
 
237 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3274  thiol:disulfide interchange protein DsbC  31.86 
 
 
237 aa  97.1  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3211  thiol:disulfide interchange protein DsbC  31.86 
 
 
237 aa  97.1  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.473418 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3199  thiol:disulfide interchange protein DsbC  31.86 
 
 
237 aa  97.1  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.414652  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1074  thiol:disulfide interchange protein DsbC  30.38 
 
 
247 aa  94  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.211373  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3891  thiol:disulfide interchange protein DsbC  30.97 
 
 
238 aa  93.2  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.305682  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0921  thiol:disulfide interchange protein DsbC  29.18 
 
 
238 aa  92.8  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3848  thiol:disulfide interchange protein DsbC  29.18 
 
 
238 aa  92.8  4e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.31275 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0880  thiol:disulfide interchange protein DsbC  29.18 
 
 
238 aa  92.8  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.331864  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1469  thiol:disulfide interchange protein DsbC  29.96 
 
 
260 aa  92  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.838992  normal  0.213386 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3642  thiol:disulfide interchange protein DsbC  30.36 
 
 
241 aa  92  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3448  thiol:disulfide interchange protein DsbC  30.36 
 
 
241 aa  92  6e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3523  thiol:disulfide interchange protein DsbC  30.36 
 
 
241 aa  92  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4252  thiol:disulfide interchange protein DsbC  29.96 
 
 
247 aa  92  7e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0844  thiol:disulfide interchange protein DsbC  31.3 
 
 
241 aa  92  7e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2069  protein disulfide isomerase  28.99 
 
 
269 aa  91.3  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  8.191559999999999e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0541  protein disulfide isomerase precursor  30.73 
 
 
263 aa  90.9  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0474105  normal  0.954395 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1487  thiol-disulfide interchange protein DsbC  27.19 
 
 
245 aa  90.5  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.250656  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2738  thiol:disulfide interchange protein DsbC  29.66 
 
 
242 aa  90.9  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1803  hypothetical protein  24.81 
 
 
260 aa  89.7  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000076837  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3011  thiol:disulfide interchange protein DsbC  32.54 
 
 
245 aa  89.4  5e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243743  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0894  thiol:disulfide interchange protein DsbC  27.92 
 
 
245 aa  89  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0100675 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3299  thiol:disulfide interchange protein DsbC  31.56 
 
 
239 aa  88.6  7e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>