More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_0048 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008530  LGAS_0048  transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  621  1e-177  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1524  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 294 aa  99.8  5e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.027174  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  24.66 
 
 		 295 aa  99.4  6e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 307 aa  99  9e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2922  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 319 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3760  transcriptional regulator, LysR family  23.79 
 
 		 320 aa  96.7  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1787  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 301 aa  96.3  5e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000671509  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  25 
 
 		 294 aa  96.3  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0176  LysR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 334 aa  94  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3502  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 307 aa  92.4  8e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2679  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 307 aa  92.4  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.626987  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2769  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 307 aa  92.4  8e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0236  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 307 aa  92.4  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0024  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 307 aa  92.4  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1873  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 307 aa  92.4  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0024  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 307 aa  92.4  8e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0974  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.561685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0023  LysR family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189031  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  27.94 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  25.3 
 
 		 303 aa  90.5  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  21.96 
 
 		 292 aa  90.5  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  22.07 
 
 		 305 aa  90.1  5e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 337 aa  89.7  6e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 337 aa  89.4  7e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0243  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 302 aa  89  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 309 aa  88.6  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  21.18 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 297 aa  87.4  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  21.53 
 
 		 298 aa  87  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  21.53 
 
 		 298 aa  87  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  21.92 
 
 		 298 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  25.5 
 
 		 297 aa  86.7  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 305 aa  86.3  7e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 298 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  25.95 
 
 		 325 aa  85.5  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 298 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 297 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  25.94 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  22.15 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 326 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1381  transcriptional regulator, LysR family  23.58 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0155943  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 326 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  25.91 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  23.77 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 326 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  23.99 
 
 		 336 aa  84  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0027  transcriptional regulatory protein  26.27 
 
 		 312 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000739069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3859  LysR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 312 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000387155  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3798  LysR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 312 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255369  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  23.77 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  24.8 
 
 		 322 aa  83.6  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3119  transcriptional regulatory protein  25.88 
 
 		 312 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234841  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  22.6 
 
 		 316 aa  83.6  0.000000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0263  putative transcriptional regulator  26.95 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 316 aa  83.6  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0400  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  22.3 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  23.77 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  19.92 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  19.92 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  19.92 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  19.92 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  19.92 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2910  transcriptional regulator CysB-like protein  24.51 
 
 		 313 aa  82.4  0.000000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.170902  normal  0.254391 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  24.35 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  22.9 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  24.35 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  24.58 
 
 		 329 aa  81.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 300 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 329 aa  82  0.00000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1769  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 291 aa  82  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0244764  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  24.35 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  24.13 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  22.97 
 
 		 334 aa  81.6  0.00000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  24.46 
 
 		 303 aa  80.9  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.88 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  22.56 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0548  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 264 aa  81.6  0.00000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  24.7 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4084  LysR family transcriptional regulator  22.53 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2214  transcriptional regulator, LysR family  23.2 
 
 		 331 aa  81.3  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00637243  hitchhiker  0.0000100352 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  20.96 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 364 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  23.64 
 
 		 343 aa  81.3  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>