More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2229 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2229  translation initiation factor IF-3  100 
 
 		 173 aa  347  7e-95  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00231449 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  80.12 
 
 		 172 aa  282  1.0000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1991  translation initiation factor IF-3  98.55 
 
 		 138 aa  276  2e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.386988  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1412  translation initiation factor IF-3  80.28 
 
 		 143 aa  241  5e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000852308  normal  0.493061 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2307  translation initiation factor IF-3  69.28 
 
 		 154 aa  234  4e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00282878  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2627  translation initiation factor IF-3  86.23 
 
 		 138 aa  224  5.0000000000000005e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350049  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1870  translation initiation factor IF-3  76.77 
 
 		 157 aa  215  2.9999999999999998e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000408645  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  57.14 
 
 		 238 aa  204  6e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  57.32 
 
 		 171 aa  203  1e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000964088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1434  translation initiation factor IF-3  54.76 
 
 		 225 aa  200  7e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0842222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  55.03 
 
 		 173 aa  199  1.9999999999999998e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15200  translation initiation factor 3  55.28 
 
 		 197 aa  196  2.0000000000000003e-49  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000028162  normal  0.0802518 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  56.71 
 
 		 173 aa  194  5.000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  59.35 
 
 		 177 aa  192  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  58.71 
 
 		 174 aa  191  3e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1975  translation initiation factor IF-3  60.74 
 
 		 233 aa  191  4e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1988  translation initiation factor IF-3  60.74 
 
 		 230 aa  191  6e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.61417  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  54.04 
 
 		 207 aa  191  6e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000188671  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1903  translation initiation factor IF-3  60.74 
 
 		 232 aa  191  6e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.982503  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2996  translation initiation factor IF-3  53.46 
 
 		 173 aa  191  6e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4639  translation initiation factor IF-3  53.37 
 
 		 219 aa  190  7e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000486529  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2400  translation initiation factor IF-3  54.94 
 
 		 164 aa  189  2e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00646191  normal  0.390668 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3163  translation initiation factor IF-3  53.05 
 
 		 252 aa  189  2e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0170352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3182  translation initiation factor IF-3  54.22 
 
 		 205 aa  187  5e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466683  normal  0.175076 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1233  translation initiation factor IF-3  55.28 
 
 		 198 aa  187  5e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000135112  normal  0.0984034 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0489  translation initiation factor IF-3  57.4 
 
 		 176 aa  187  8e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0000720798  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  54.94 
 
 		 178 aa  186  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  52.44 
 
 		 194 aa  185  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1880  translation initiation factor IF-3  60 
 
 		 229 aa  185  3e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.10659 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0983  translation initiation factor IF-3  53.57 
 
 		 176 aa  184  4e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.104 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  54.6 
 
 		 198 aa  184  4e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3090  translation initiation factor IF-3  56.77 
 
 		 179 aa  184  5e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  50.59 
 
 		 183 aa  184  5e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4144  translation initiation factor IF-3  53.42 
 
 		 227 aa  184  5e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0415962  hitchhiker  0.000102893 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  58.06 
 
 		 155 aa  184  6e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  53.7 
 
 		 187 aa  184  7e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111233  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  50.59 
 
 		 177 aa  183  8e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  50.59 
 
 		 183 aa  183  8e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  50.59 
 
 		 183 aa  183  8e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0830  translation initiation factor IF-3  54.82 
 
 		 169 aa  183  8e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.124767  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  51.43 
 
 		 178 aa  183  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2613  translation initiation factor IF-3  53.01 
 
 		 172 aa  183  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0154974  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  51.43 
 
 		 178 aa  182  2.0000000000000003e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  51.83 
 
 		 202 aa  182  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0798  translation initiation factor IF-3  52.47 
 
 		 202 aa  182  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2242  translation initiation factor IF-3  52.41 
 
 		 166 aa  182  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000466118  hitchhiker  0.00531509 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  54.27 
 
 		 173 aa  182  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  52.44 
 
 		 194 aa  182  3e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2660  translation initiation factor IF-3  52.47 
 
 		 190 aa  181  3e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000648528  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  54.32 
 
 		 190 aa  182  3e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  52.94 
 
 		 156 aa  181  3e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1269  translation initiation factor 3  54.27 
 
 		 225 aa  181  3e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.628011  normal  0.508823 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  52.44 
 
 		 194 aa  182  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  54.32 
 
 		 173 aa  181  4.0000000000000006e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1557  translation initiation factor IF-3  56.13 
 
 		 156 aa  181  6e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 174 aa  180  8.000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2804  translation initiation factor IF-3  51.22 
 
 		 180 aa  180  8.000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1090  hypothetical protein  49.09 
 
 		 179 aa  180  8.000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000129093  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1249  translation initiation factor IF-3  50.6 
 
 		 174 aa  180  9.000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.246001 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1419  translation initiation factor IF-3  57.24 
 
 		 146 aa  179  1e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000288109  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1758  translation initiation factor 3  53.59 
 
 		 154 aa  180  1e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000120038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2858  translation initiation factor 3  54.84 
 
 		 173 aa  179  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0554  translation initiation factor IF-3  51.23 
 
 		 166 aa  179  2e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000012216  unclonable  2.53125e-26 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4706  translation initiation factor IF-3  50.62 
 
 		 195 aa  179  2e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000432272  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4683  translation initiation factor IF-3  51.23 
 
 		 166 aa  179  2e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000101645  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4471  translation initiation factor IF-3  50.62 
 
 		 195 aa  179  2e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220658  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4306  translation initiation factor IF-3  50.62 
 
 		 195 aa  179  2e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000145665  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4267  translation initiation factor IF-3  52.17 
 
 		 178 aa  179  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4317  translation initiation factor IF-3  50.62 
 
 		 195 aa  179  2e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000117232  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1875  translation initiation factor IF-3  52.8 
 
 		 239 aa  179  2e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.384688 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4690  translation initiation factor IF-3  50.62 
 
 		 166 aa  179  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.37112e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4819  translation initiation factor IF-3  50.62 
 
 		 186 aa  179  2e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000690292  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0488  translation initiation factor IF-3  54.19 
 
 		 184 aa  179  2e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.270402  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  54.32 
 
 		 175 aa  179  2e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4699  translation initiation factor IF-3  50.62 
 
 		 166 aa  179  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000260309  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2042  translation initiation factor IF-3  51.22 
 
 		 199 aa  179  2e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0708817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  51.23 
 
 		 182 aa  179  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000264089  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4406  translation initiation factor IF-3  50.62 
 
 		 166 aa  178  2.9999999999999997e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000111711  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1882  translation initiation factor IF-3  52.8 
 
 		 204 aa  178  4e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0284235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01384  translation initiation factor IF-3  54.19 
 
 		 159 aa  178  4e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1871  translation initiation factor IF-3  56.49 
 
 		 181 aa  178  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2638  translation initiation factor IF-3  53.37 
 
 		 169 aa  178  4e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.294805  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1372  translation initiation factor 3  55.48 
 
 		 156 aa  178  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0696405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  56.21 
 
 		 154 aa  178  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  50.92 
 
 		 219 aa  178  4e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000273336  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3052  translation initiation factor IF-3  53.42 
 
 		 182 aa  178  4e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2172  translation initiation factor IF-3  57.33 
 
 		 154 aa  178  4e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000864988  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4532  translation initiation factor IF-3  52.17 
 
 		 204 aa  177  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2755  translation initiation factor IF-3  54.84 
 
 		 156 aa  177  8e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3261  translation initiation factor IF-3  50.62 
 
 		 195 aa  177  8e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000125648  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1241  translation initiation factor 3  52.17 
 
 		 170 aa  176  2e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000256408  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11658  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 201 aa  176  2e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6087  Translation initiation factor 3 (IF-3)-like protein  50.93 
 
 		 222 aa  175  3e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.897729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2996  translation initiation factor 3  51.2 
 
 		 238 aa  175  3e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171641  normal  0.0309942 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2981  translation initiation factor 3  51.2 
 
 		 238 aa  175  3e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1225  translation initiation factor 3  50 
 
 		 164 aa  175  3e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000314962  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3025  translation initiation factor 3  51.2 
 
 		 238 aa  175  3e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.335133 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3328  translation initiation factor IF-3  50.6 
 
 		 243 aa  175  3e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.825238  normal  0.390058 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0803  translation initiation factor IF-3  52.17 
 
 		 178 aa  174  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2002  translation initiation factor 3  55.63 
 
 		 153 aa  174  6e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0112753  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>