More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2874 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  99.68 
 
 		 317 aa  654    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 317 aa  655    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  99.37 
 
 		 317 aa  653    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  99.68 
 
 		 317 aa  654    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  99.37 
 
 		 317 aa  652    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  99.68 
 
 		 317 aa  654    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  99.68 
 
 		 317 aa  654    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  51.85 
 
 		 297 aa  333  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 297 aa  332  5e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 		 297 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 297 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 		 297 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 305 aa  287  1e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 298 aa  281  1e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 306 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 312 aa  272  6e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 316 aa  266  5e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 313 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  41.25 
 
 		 322 aa  263  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 307 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 313 aa  259  5.0000000000000005e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  42.16 
 
 		 300 aa  259  5.0000000000000005e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 307 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 307 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 307 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 305 aa  255  9e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 305 aa  255  9e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  42.35 
 
 		 302 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.71 
 
 		 302 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  42.21 
 
 		 305 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  42.56 
 
 		 305 aa  252  7e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 305 aa  250  3e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 302 aa  249  3e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 300 aa  248  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 304 aa  248  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 322 aa  245  6e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 305 aa  239  2.9999999999999997e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 307 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 310 aa  216  4e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5168  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2806  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 296 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3330  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4125  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0971923 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3391  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.279491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4776  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 300 aa  203  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 295 aa  199  6e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.47 
 
 		 304 aa  195  7e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4128  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 315 aa  191  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 301 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  32.07 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.54 
 
 		 296 aa  169  6e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 300 aa  169  6e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  32.4 
 
 		 308 aa  168  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  32.4 
 
 		 308 aa  168  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  32.4 
 
 		 308 aa  168  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  32.4 
 
 		 308 aa  168  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 300 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  32.06 
 
 		 308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2537  transcription regulator transcription regulator protein  32.17 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.566586 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 296 aa  162  9e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3638  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2563  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00385912  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02308  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.1 
 
 		 308 aa  159  5e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000841101  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1253  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 308 aa  159  5e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0013481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1270  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 308 aa  159  5e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000010142  hitchhiker  0.000508597 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 298 aa  159  5e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2543  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 308 aa  159  5e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000981621  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2694  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 308 aa  159  5e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000201069  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02269  hypothetical protein  33.1 
 
 		 308 aa  159  5e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000658143  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2773  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 308 aa  159  5e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000207011  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 299 aa  159  6e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 300 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2936  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00477843  normal  0.111677 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 299 aa  156  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 299 aa  157  3e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 302 aa  156  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>