240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0097 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0097  50S ribosomal protein L30  100 
 
 
56 aa  112  1e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.108985 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2239  50S ribosomal protein L30  78.57 
 
 
56 aa  92.4  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.108053  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1747  50S ribosomal protein L30  69.64 
 
 
56 aa  80.1  9e-15  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.652105  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2047  ribosomal protein L30  60 
 
 
60 aa  71.2  4e-12  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000587812  hitchhiker  0.00892932 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0678  ribosomal protein L30  60 
 
 
58 aa  67.4  5e-11  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0076  50S ribosomal protein L30  54.55 
 
 
59 aa  60.1  1e-08  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.663543  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1889  50S ribosomal protein L30  54.55 
 
 
60 aa  58.9  2e-08  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10736  50S ribosomal protein L30  58.49 
 
 
65 aa  58.5  3e-08  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.07725e-06  normal  0.417501 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0865  50S ribosomal protein L30P  55.36 
 
 
59 aa  57.4  6e-08  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.012953  hitchhiker  0.0056399 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3425  50S ribosomal protein L30  52.83 
 
 
60 aa  57.4  6e-08  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5029  50S ribosomal protein L30  56.36 
 
 
61 aa  57.4  7e-08  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  1.28267e-05  normal  0.550586 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4489  ribosomal protein L30  49.09 
 
 
60 aa  56.6  1e-07  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3649  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 
60 aa  56.6  1e-07  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  8.66459e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0737  50S ribosomal protein L30  52.73 
 
 
62 aa  55.8  2e-07  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  4.91198e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2300  50S ribosomal protein L30  50.91 
 
 
59 aa  55.8  2e-07  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.818228  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09820  LSU ribosomal protein L30P  50 
 
 
63 aa  55.8  2e-07  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0340252  hitchhiker  1.67701e-05 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2259  50S ribosomal protein L30  50.91 
 
 
59 aa  55.8  2e-07  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00380843  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1340  50S ribosomal protein L30  54.55 
 
 
59 aa  55.5  3e-07  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168719  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2756  ribosomal protein L30  48.15 
 
 
56 aa  55.5  3e-07  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.133324  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2137  50S ribosomal protein L30P  49.09 
 
 
61 aa  54.3  5e-07  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0274633  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1813  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 
60 aa  54.3  6e-07  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00956  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 
59 aa  53.5  9e-07  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0648954  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4225  ribosomal protein L30  45.28 
 
 
60 aa  53.5  1e-06  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00829354  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0416  ribosomal protein L30  49.09 
 
 
63 aa  52.8  1e-06  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3931  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 
60 aa  53.1  1e-06  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1007  50S ribosomal protein L30  48.21 
 
 
62 aa  52.8  2e-06  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00128687  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1506  ribosomal protein L30  46.3 
 
 
60 aa  52.4  2e-06  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.41299  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3161  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 
60 aa  52  3e-06  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00158521  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1040  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 
60 aa  52  3e-06  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127741  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1203  50S ribosomal protein L30  50.91 
 
 
60 aa  51.6  3e-06  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0386344 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3001  50S ribosomal protein L30  42.59 
 
 
60 aa  51.2  5e-06  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0537795  normal  0.0504923 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2889  ribosomal protein L30  45.45 
 
 
60 aa  50.8  5e-06  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2693  ribosomal protein L30  45.45 
 
 
62 aa  50.8  6e-06  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0379  50S ribosomal protein L30  54.72 
 
 
60 aa  50.8  6e-06  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3299  50S ribosomal protein L30  43.4 
 
 
60 aa  50.8  6e-06  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4258  ribosomal protein L30  43.4 
 
 
61 aa  50.8  6e-06  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  3.21281e-06  unclonable  2.08218e-12 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3279  50S ribosomal protein L30  43.4 
 
 
60 aa  50.8  7e-06  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0271147  hitchhiker  0.00015076 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2932  50S ribosomal protein L30  43.4 
 
 
60 aa  50.8  7e-06  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  4.05636e-06 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0337  50S ribosomal protein L30  47.17 
 
 
60 aa  50.4  8e-06  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  6.64675e-07  unclonable  3.8279e-08 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5052  50S ribosomal protein L30  43.4 
 
 
61 aa  50.4  8e-06  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0761193  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0562  50S ribosomal protein L30  52.83 
 
 
65 aa  50.4  9e-06  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3506  ribosomal protein L30  45.28 
 
 
58 aa  49.7  1e-05  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000460865  hitchhiker  7.5211e-08 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3151  50S ribosomal protein L30  41.51 
 
 
60 aa  49.7  1e-05  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0153482  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0345  50S ribosomal protein L30  41.51 
 
 
60 aa  49.7  1e-05  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123094  normal  0.0645299 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1120  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 
61 aa  50.1  1e-05  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.481118  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0267  50S ribosomal protein L30  41.51 
 
 
63 aa  49.7  1e-05  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.16996  hitchhiker  0.00743529 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3496  50S ribosomal protein L30  41.51 
 
 
60 aa  49.7  1e-05  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.943573  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1465  50S ribosomal protein L30  45.45 
 
 
60 aa  49.7  1e-05  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  2.01439e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1942  50S ribosomal protein L30  41.51 
 
 
60 aa  49.7  1e-05  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428807  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3786  50S ribosomal protein L30  41.51 
 
 
60 aa  49.7  1e-05  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2754  ribosomal protein L30  45.28 
 
 
68 aa  49.7  1e-05  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.21278  normal  0.252738 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3728  50S ribosomal protein L30  41.51 
 
 
60 aa  49.7  1e-05  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00881974  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0366  50S ribosomal protein L30  41.51 
 
 
60 aa  49.7  1e-05  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.139804  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3465  50S ribosomal protein L30  41.51 
 
 
60 aa  49.7  1e-05  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0155512  normal  0.071059 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0068  50S ribosomal protein L30  43.4 
 
 
62 aa  49.7  1e-05  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.02253  hitchhiker  6.13726e-13 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0294  50S ribosomal protein L30  41.51 
 
 
60 aa  49.7  1e-05  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  4.87608e-06  normal  0.0630356 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1849  50S ribosomal protein L30  50.94 
 
 
62 aa  50.1  1e-05  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.935152 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3050  50S ribosomal protein L30  41.51 
 
 
60 aa  49.7  1e-05  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0897802  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20690  LSU ribosomal protein L30P  45.45 
 
 
60 aa  49.7  1e-05  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0600  50S ribosomal protein L30  45.45 
 
 
61 aa  49.7  1e-05  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3758  50S ribosomal protein L30  41.51 
 
 
60 aa  49.7  1e-05  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0279178  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2614  50S ribosomal protein L30  41.51 
 
 
60 aa  49.7  1e-05  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.177274  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0285  50S ribosomal protein L30  41.51 
 
 
60 aa  49.7  1e-05  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.104363  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0493  50S ribosomal protein L30  43.4 
 
 
60 aa  50.1  1e-05  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.185784  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0332  50S ribosomal protein L30  41.51 
 
 
60 aa  49.7  1e-05  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00936849  decreased coverage  0.00323406 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2741  50S ribosomal protein L30  41.51 
 
 
60 aa  49.7  1e-05  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0301719  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0308  50S ribosomal protein L30  43.64 
 
 
60 aa  49.7  1e-05  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  unclonable  1.19887e-28 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3626  50S ribosomal protein L30  41.51 
 
 
60 aa  49.7  1e-05  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  5.85179e-05  hitchhiker  1.33791e-11 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2821  50S ribosomal protein L30  41.51 
 
 
60 aa  49.7  1e-05  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.238696  normal  0.243188 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2601  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 
58 aa  48.9  2e-05  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00274852  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0580  50S ribosomal protein L30  45.45 
 
 
65 aa  49.3  2e-05  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.868195  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0071  50S ribosomal protein L30  43.4 
 
 
62 aa  49.7  2e-05  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.230621  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0338  50S ribosomal protein L30  41.51 
 
 
60 aa  48.9  2e-05  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0500477  hitchhiker  0.00104601 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0399  50S ribosomal protein L30  43.4 
 
 
60 aa  48.9  2e-05  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.894889  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0605  ribosomal protein L30  49.09 
 
 
60 aa  49.7  2e-05  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.243208  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2839  50S ribosomal protein L30  43.64 
 
 
59 aa  49.3  2e-05  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.108367  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0176  ribosomal protein L30  43.64 
 
 
60 aa  49.3  2e-05  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  1.91615e-05  hitchhiker  0.000355415 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0860  ribosomal protein L30  47.27 
 
 
66 aa  49.3  2e-05  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0233  50S ribosomal protein L30  50.91 
 
 
59 aa  49.3  2e-05  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000351817  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6596  ribosomal protein L30  47.27 
 
 
61 aa  49.3  2e-05  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2984  ribosomal protein L30  47.17 
 
 
61 aa  48.9  2e-05  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.368791  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2383  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 
59 aa  48.9  2e-05  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000813224  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0391  50S ribosomal protein L30  43.4 
 
 
60 aa  48.9  2e-05  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000847959  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1372  50S ribosomal protein L30  47.17 
 
 
64 aa  48.9  2e-05  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.63602  normal  0.121983 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04160  LSU ribosomal protein L30P  45.45 
 
 
60 aa  49.3  2e-05  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0166  50S ribosomal protein L30  43.64 
 
 
62 aa  48.9  2e-05  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  1.87774e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0129  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 
62 aa  49.3  2e-05  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.64876  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3905  50S ribosomal protein L30  50.91 
 
 
60 aa  48.5  3e-05  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0899974  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0212  50S ribosomal protein L30  43.64 
 
 
60 aa  48.5  3e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  hitchhiker  0.00666763 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0324  50S ribosomal protein L30P  49.09 
 
 
60 aa  48.5  3e-05  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00151243 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2160  ribosomal protein L30  49.09 
 
 
63 aa  48.5  3e-05  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0544492  normal  0.73473 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0619  50S ribosomal protein L30  41.51 
 
 
60 aa  48.5  3e-05  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.268532  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2307  50S ribosomal protein L30  39.62 
 
 
60 aa  48.5  3e-05  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.227659  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0125  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 
62 aa  48.1  3e-05  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1143  ribosomal protein L30  50 
 
 
61 aa  48.5  3e-05  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  2.5708e-07  normal  0.0109898 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0273  50S ribosomal protein L30  45.45 
 
 
59 aa  48.1  4e-05  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0832356  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_434  ribosomal protein L30/L7E  47.27 
 
 
60 aa  48.1  4e-05  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00214762  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6031  50S ribosomal protein L30  43.64 
 
 
61 aa  48.1  4e-05  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.13747 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001724  LSU ribosomal protein L30p (L7e)  47.27 
 
 
58 aa  48.1  4e-05  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  8.60316e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0214  50S ribosomal protein L30  41.82 
 
 
60 aa  48.1  4e-05  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.15518e-05  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>