223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_R0005 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_R0005  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0047  tRNA-Pro  92.42 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0027  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.719402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0052  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0018  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.471036  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0019  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0007  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0014  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.267148 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0017  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309295  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.339192 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0044  tRNA-Pro  89.39 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0033  tRNA-Pro  89.39 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.216286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0029  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0004  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.14749  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0015  tRNA-Pro  87.88 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0316324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0034  tRNA-Pro  87.88 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.199678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0016  tRNA-Pro  87.88 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0033  tRNA-Pro  87.88 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00710383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0046  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243465 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309349  tRNA-Pro  87.69 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.521011 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0020  tRNA-Pro  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309152  tRNA-Pro  87.69 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309076  tRNA-Pro  87.69 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309142  tRNA-Pro  87.69 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.165714  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0029  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0044  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151219  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0027  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0277225 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309195  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0101473 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0053  tRNA-Pro  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000194568  unclonable  8.89969e-24 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0009  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565399  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0058  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.387879  normal  0.0550835 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0056  tRNA-Pro  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0009  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.687606  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0057  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0107433  normal  0.396712 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0015  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.745885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0008  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.382627 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0035  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.928344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0031  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.418817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0036  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.067402 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0008  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0028  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t33  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.152613  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0016  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000335758  normal  0.0133368 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA40  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.82087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60200  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2512  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R40  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.681358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t42  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000750468  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0050  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000408942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28740  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000230263  hitchhiker  0.00000000587474 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0049  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106855  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0039  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000242706 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0019  tRNA-Pro  84.85 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.0000000000000100673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0048  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.917101  hitchhiker  0.00792166 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0052  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0022  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.367488  normal  0.0190369 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0019  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000286409  normal  0.184276 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0044  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0034  tRNA-Pro  84.85 
 
 		 74 bp  52  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.870471  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.043428  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0031  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0022  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000263342  normal  0.454307 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0042  tRNA-Pro  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0615  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.394292  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0012  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0290089 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03760  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0017  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061005  normal  0.238616 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0018  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.452658 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0034  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0293372  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0067  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0028  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0254215  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>