More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_2077 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008262  CPR_2077  vncR, response regulator  100 
 
 		 217 aa  423  1e-117  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00119329  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0616  DNA-binding response regulator VncR  86.18 
 
 		 217 aa  375  1e-103  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2911  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 228 aa  161  6e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3709  DNA-binding response regulator  42.53 
 
 		 225 aa  156  2e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000227696  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3288  two component transcriptional regulator  42.53 
 
 		 225 aa  156  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0366247  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1606  DNA-binding response regulator  42.53 
 
 		 225 aa  156  2e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00543423  hitchhiker  0.0000000112462 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2250  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 225 aa  156  3e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000295266  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3620  DNA-binding response regulator  42.53 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0597824  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3396  DNA-binding response regulator  42.53 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000765328  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3358  transcriptional regulatory protein  42.53 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000200566  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3627  DNA-binding response regulator  42.53 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3308  transcriptional regulatory protein  42.53 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000872353  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3661  DNA-binding response regulator  42.53 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000222084  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3612  DNA-binding response regulator  42.53 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.20142e-22 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2216  two component transcriptional regulator  38.94 
 
 		 224 aa  150  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0316  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 237 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2424  two component transcriptional regulator  37.84 
 
 		 221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0245011  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2563  transcriptional regulatory protein ResD  37.84 
 
 		 221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803163 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2749  transcription response regulator-like protein  36.94 
 
 		 221 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00061025  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1021  two component transcriptional regulator  37.9 
 
 		 223 aa  145  4.0000000000000006e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0802  two component transcriptional regulator  36.99 
 
 		 220 aa  145  5e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0255  DNA-binding response regulator  38.16 
 
 		 237 aa  144  7.0000000000000006e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4952  DNA-binding response regulator  40.81 
 
 		 229 aa  144  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0258  response regulator  38.16 
 
 		 237 aa  144  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4998  DNA-binding response regulator  40.17 
 
 		 237 aa  144  9e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.709524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2855  two component transcriptional regulator  38.22 
 
 		 224 aa  144  9e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000952101  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4969  DNA-binding response regulator  40.81 
 
 		 229 aa  144  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0273  DNA-binding response regulator  37.72 
 
 		 237 aa  144  1e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.484752  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0287  DNA-binding response regulator  37.72 
 
 		 237 aa  144  1e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.42222  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0266  two component transcriptional regulator  36.96 
 
 		 237 aa  144  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.262207  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0317  DNA-binding response regulator  37.72 
 
 		 237 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4646  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 229 aa  143  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4937  DNA-binding response regulator  40.36 
 
 		 229 aa  143  2e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4707  DNA-binding response regulator  41.26 
 
 		 229 aa  143  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5068  DNA-binding response regulator  41.26 
 
 		 229 aa  143  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4932  DNA-binding response regulator  41.26 
 
 		 229 aa  143  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4564  DNA-binding response regulator  39.46 
 
 		 229 aa  142  3e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2180  DNA-binding response regulator  40.89 
 
 		 223 aa  142  5e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0299585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4546  DNA-binding response regulator  40.81 
 
 		 229 aa  141  7e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1891  DNA-binding response regulator  40.89 
 
 		 223 aa  141  7e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  36.16 
 
 		 223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  36.16 
 
 		 223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5471  two component transcriptional regulator  36.41 
 
 		 221 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00800002  hitchhiker  0.0013378 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13280  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.26 
 
 		 227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536961  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3179  DNA-binding response regulator VicR  37.84 
 
 		 226 aa  139  3e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0879082  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0429  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  34.55 
 
 		 223 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.199286  decreased coverage  0.000258733 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  34.38 
 
 		 226 aa  139  4.999999999999999e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.132847 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1752  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.74 
 
 		 228 aa  138  7e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101966  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1215  two component transcriptional regulator  36.77 
 
 		 223 aa  138  7.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 223 aa  137  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  35.45 
 
 		 220 aa  137  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3209  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory proteinphoP  36.65 
 
 		 220 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1461  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.59 
 
 		 225 aa  137  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.616357  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2159  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.08 
 
 		 227 aa  136  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00177162  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1848  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.4 
 
 		 236 aa  136  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0065624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 223 aa  136  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1224  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.73 
 
 		 227 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0117785  hitchhiker  0.00926138 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 223 aa  135  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  35.71 
 
 		 223 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  35.71 
 
 		 223 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 223 aa  135  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  35.71 
 
 		 223 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1073  putative response regulator  33.62 
 
 		 234 aa  135  5e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  34.38 
 
 		 226 aa  135  5e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1421  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.7 
 
 		 230 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0283266  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 229 aa  134  7.000000000000001e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6749  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.78 
 
 		 226 aa  133  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290774  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  33.79 
 
 		 219 aa  133  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1892  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.32 
 
 		 219 aa  133  1.9999999999999998e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00404304  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1756  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.94 
 
 		 230 aa  132  3e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.769657  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2915  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.61 
 
 		 225 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.892207  normal  0.300351 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.95 
 
 		 220 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  34.42 
 
 		 220 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.93 
 
 		 226 aa  131  6e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1878  two component transcriptional regulator  36.24 
 
 		 242 aa  131  9e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.559477 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1728  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.48 
 
 		 233 aa  131  9e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.55 
 
 		 236 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1133  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.44 
 
 		 217 aa  130  1.0000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2151  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.26 
 
 		 217 aa  130  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000920449  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0707  winged helix family two component transcriptional regulator  34.84 
 
 		 222 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3871  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.72 
 
 		 227 aa  130  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000473157  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0954  two component transcriptional regulator  37.12 
 
 		 243 aa  130  1.0000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0817018 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4602  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.44 
 
 		 226 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4628  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.96 
 
 		 224 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000289587 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2302  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.05 
 
 		 243 aa  129  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1620  two component transcriptional regulator  35.84 
 
 		 228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2353  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.05 
 
 		 243 aa  129  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0794558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1115  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.62 
 
 		 243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0950226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21090  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  34.67 
 
 		 231 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.664911  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4122  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.78 
 
 		 223 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2811  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2497  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0264  two component transcriptional regulator  35.96 
 
 		 238 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.392693  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0559  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.53 
 
 		 228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.276329  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0142  two component transcriptional regulator, winged helix family  35 
 
 		 221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  34.22 
 
 		 229 aa  129  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3138  two component transcriptional regulator  35.14 
 
 		 224 aa  129  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4535  two component transcriptional regulator  36.77 
 
 		 227 aa  129  3e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1157  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.56 
 
 		 233 aa  129  3e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0357  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 226 aa  129  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.369065 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>