109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2107 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2107  putative Hydantoin racemase HyuA  100 
 
 
212 aa  427  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1486  Asp/Glu racemase  48.79 
 
 
229 aa  183  2e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.293318  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5804  Asp/Glu/hydantoin racemase  51.78 
 
 
226 aa  174  7e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.372709  normal  0.802095 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2068  Asp/Glu racemase  41.71 
 
 
213 aa  134  7e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.2159 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3463  putative hydantoin racemase  40.4 
 
 
213 aa  134  1e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3108  Asp/Glu racemase  40.4 
 
 
213 aa  134  1e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0539324  normal  0.209365 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0077  Asp/Glu racemase  34.93 
 
 
243 aa  101  8e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.45629  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5279  Asp/Glu racemase  37.04 
 
 
263 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0404858 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3529  Asp/Glu racemase  36.62 
 
 
243 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.323338 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1874  hydantoin racemase  36.15 
 
 
243 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.139433  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1988  Asp/Glu/hydantoin racemase  35.35 
 
 
263 aa  99  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.557931 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1952  Asp/Glu racemase  36.57 
 
 
279 aa  99  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1879  Asp/Glu/hydantoin racemase  36.57 
 
 
278 aa  98.6  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53096  normal  0.236918 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6113  Asp/Glu racemase  36.57 
 
 
263 aa  98.6  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1964  Asp/Glu racemase  36.57 
 
 
263 aa  98.6  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1306  Asp/Glu/hydantoin racemase  34.58 
 
 
278 aa  97.1  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.612078  normal  0.031069 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1301  Asp/Glu/hydantoin racemase  35.81 
 
 
285 aa  94.7  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0915  Asp/Glu racemase  38.28 
 
 
247 aa  94.4  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0470  Asp/Glu racemase  31.4 
 
 
243 aa  92  5e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5785  Asp/Glu racemase  34.09 
 
 
241 aa  92  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.415529  hitchhiker  0.00131329 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2066  racemase  34.26 
 
 
287 aa  91.7  7e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1097  Asp/Glu racemase  33.17 
 
 
261 aa  91.3  9e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0868  Asp/Glu/hydantoin racemase  35.1 
 
 
245 aa  91.3  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.642238  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0210  Asp/Glu/hydantoin racemase  36.02 
 
 
247 aa  90.5  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0948145 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3770  Asp/Glu/hydantoin racemase  30.88 
 
 
253 aa  90.5  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3936  Asp/Glu/hydantoin racemase  33.02 
 
 
245 aa  90.1  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104662  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2433  hydantoin racemase  34.45 
 
 
318 aa  89.4  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1509  hydantoin racemase  33.8 
 
 
280 aa  89.7  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.722971  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2389  hydantoin racemase  33.8 
 
 
280 aa  89.7  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2534  racemase  34.45 
 
 
327 aa  89.4  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0701963  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2008  hydantoin racemase  33.8 
 
 
280 aa  89.7  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3302  hydantoin racemase  33.8 
 
 
280 aa  89.7  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3768  putative hydantoin-racemase  34.93 
 
 
247 aa  89.4  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1925  putative hydantoin racemase  34.26 
 
 
288 aa  88.6  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3376  hydantoin racemase  36.84 
 
 
243 aa  88.2  9e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.732372 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0933  Asp/Glu racemase  30.73 
 
 
234 aa  87  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2330  Asp/Glu/hydantoin racemase  34.72 
 
 
288 aa  86.3  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.496574 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2655  Asp/Glu/hydantoin racemase  37.32 
 
 
247 aa  85.9  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2916  Asp/Glu/hydantoin racemase  36.28 
 
 
247 aa  84.7  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.492378  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0658  Asp/Glu/hydantoin racemase  32.06 
 
 
245 aa  82.4  5e-15  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.184482  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0900  Asp/Glu/hydantoin racemase  34.93 
 
 
244 aa  81.6  7e-15  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.022197  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1297  Asp/Glu/hydantoin racemase  30.43 
 
 
244 aa  81.3  9e-15  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  0.408598 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4419  Asp/Glu racemase  33.82 
 
 
243 aa  81.6  9e-15  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.192959  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0332  Asp/Glu racemase  33.82 
 
 
238 aa  80.5  2e-14  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0404  Asp/Glu racemase  29.86 
 
 
232 aa  80.5  2e-14  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000866633  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0679  Asp/Glu racemase  32.85 
 
 
236 aa  77.8  1e-13  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0768431  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0094  Asp/Glu racemase  29.69 
 
 
239 aa  75.1  8e-13  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6274  hydantoin Racemase  33.85 
 
 
258 aa  74.7  1e-12  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1813  Asp/Glu/hydantoin racemase  31.73 
 
 
245 aa  73.2  3e-12  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.0165675 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1006  Asp/Glu racemase  32.43 
 
 
220 aa  72.4  4e-12  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.832843  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1033  Asp/Glu racemase  32.43 
 
 
220 aa  72.4  4e-12  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.026155  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1023  Asp/Glu racemase  32.43 
 
 
220 aa  72.4  4e-12  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.493832  normal  0.560856 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0552  Asp/Glu racemase  31.07 
 
 
248 aa  72  6e-12  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.886079  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1556  Asp/Glu racemase  35.1 
 
 
267 aa  70.1  2e-11  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3130  Asp/Glu racemase  32.86 
 
 
243 aa  68.2  9e-11  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000715439 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4060  Asp/Glu racemase  35.53 
 
 
218 aa  67.4  1e-10  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08417  conserved hypothetical protein  28.44 
 
 
627 aa  66.6  2e-10  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3334  HyuE hydantoin racemase  35.84 
 
 
205 aa  66.2  3e-10  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3797  Asp/Glu racemase  29.38 
 
 
227 aa  65.9  4e-10  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.175328  normal  0.366976 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0300  Asp/Glu/hydantoin racemase  27.54 
 
 
248 aa  65.5  5e-10  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0738  putative hydantoin racemase  26.67 
 
 
254 aa  64.3  1e-09  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.304234  normal  0.968812 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4276  Asp/Glu/hydantoin racemase  27.27 
 
 
251 aa  63.5  2e-09  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23954  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4065  Asp/Glu racemase  28.57 
 
 
279 aa  63.9  2e-09  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7191  putative Hydantoin racemase  27.01 
 
 
249 aa  62.4  4e-09  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.425956  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4026  hydantoin racemase  31.33 
 
 
266 aa  61.6  7e-09  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.997842 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4993  Asp/Glu/hydantoin racemase  27.1 
 
 
250 aa  60.8  1e-08  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.561877  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2076  Asp/Glu/hydantoin racemase  30 
 
 
245 aa  59.7  3e-08  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.491688 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1759  hydantoin racemase  29.25 
 
 
205 aa  58.9  5e-08  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2028  Asp/Glu/hydantoin racemase  28.91 
 
 
240 aa  58.5  8e-08  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3876  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.83 
 
 
242 aa  58.2  1e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2040  Asp/Glu racemase  28.5 
 
 
242 aa  57.8  1e-07  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00180989  normal  0.15081 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5610  Asp/Glu/hydantoin racemase  24.3 
 
 
247 aa  57.8  1e-07  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4029  Asp/Glu racemase  28.02 
 
 
240 aa  57.8  1e-07  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.016763  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2261  racemase, putative  28.06 
 
 
238 aa  57.4  1e-07  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.113318  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4337  Asp/Glu racemase  28.02 
 
 
240 aa  57.8  1e-07  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.573919  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3495  Asp/Glu/hydantoin racemase  28.02 
 
 
240 aa  57.8  1e-07  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.714298  hitchhiker  0.00106487 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3885  putative Asp/Glu racemase  29.41 
 
 
245 aa  57  2e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4310  hydantoin racemase, putative  27.32 
 
 
242 aa  56.6  2e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1557  Asp/Glu racemase  27.32 
 
 
242 aa  56.6  2e-07  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.365938  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1755  Asp/Glu racemase  25.73 
 
 
242 aa  56.6  3e-07  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3412  Asp/Glu racemase  29.41 
 
 
247 aa  56.2  3e-07  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3637  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.85 
 
 
242 aa  56.2  4e-07  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3171  Asp/Glu racemase  26.98 
 
 
240 aa  55.8  4e-07  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.560944  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0044  Asp/Glu racemase  27.78 
 
 
245 aa  56.2  4e-07  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.399037  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4136  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.93 
 
 
245 aa  53.9  2e-06  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.29444  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4855  Asp/Glu racemase  28.57 
 
 
258 aa  53.9  2e-06  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.456805 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4023  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.93 
 
 
245 aa  53.9  2e-06  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3633  hypothetical protein  30.96 
 
 
220 aa  53.1  3e-06  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.127614  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0467  Asp/Glu/hydantoin racemase  29.67 
 
 
250 aa  53.1  3e-06  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0279175 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7936  Asp/Glu/hydantoin racemase  30.05 
 
 
256 aa  52.8  4e-06  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261217  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2139  Asp/Glu/hydantoin racemase  28.16 
 
 
239 aa  52.8  4e-06  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0396546 
 
 
-
 
NC_006686  CND02830  nitrogen metabolism-related protein, putative  28.57 
 
 
276 aa  52.4  5e-06  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0852649  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1336  hydantoin racemase  28.15 
 
 
250 aa  52.4  5e-06  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000284571 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5846  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.24 
 
 
249 aa  50.8  1e-05  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.963057  hitchhiker  0.000744144 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0971  Asp/Glu racemase  26.67 
 
 
246 aa  49.7  3e-05  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0912948  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3382  hydantoin racemase  28.96 
 
 
229 aa  48.9  6e-05  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3190  hypothetical protein  27.7 
 
 
216 aa  48.5  8e-05  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3409  hypothetical protein  26.98 
 
 
219 aa  48.1  9e-05  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3193  Asp/Glu/hydantoin racemase  31.21 
 
 
252 aa  47.4  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4294  Asp/Glu racemase  30.82 
 
 
252 aa  48.1  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>