67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0536 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0536  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  100 
 
 
342 aa  699  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00532956  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5060  ABC transporter substrate-binding protein  63.26 
 
 
327 aa  425  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6244  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  63.22 
 
 
334 aa  420  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673193  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1606  NLPA lipoprotein  46.58 
 
 
346 aa  286  3e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  2.97803e-05 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4505  NLPA lipoprotein  39.16 
 
 
342 aa  241  1e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.826664  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4888  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  41.74 
 
 
332 aa  238  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.962716  normal  0.144986 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0154  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.76 
 
 
350 aa  238  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1728  putative ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  38.44 
 
 
333 aa  235  7e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34770  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  40.41 
 
 
340 aa  233  5e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.429191  normal  0.0167014 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3889  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41 
 
 
335 aa  229  5e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.475299  normal  0.125658 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5990  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.53 
 
 
341 aa  228  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.626097 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2486  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  40.06 
 
 
345 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00383664  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0512  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.5 
 
 
366 aa  227  2e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2170  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  37.65 
 
 
350 aa  227  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541715  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2677  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.33 
 
 
343 aa  226  3e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3455  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  40 
 
 
347 aa  224  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.500568  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6535  ABC transporter substrate binding protein  39.74 
 
 
351 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3603  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.44 
 
 
350 aa  223  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4137  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic protein  38.02 
 
 
341 aa  223  5e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19179  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30920  ABC transporter, periplasmic binding protein  39.81 
 
 
343 aa  222  6e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3152  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40 
 
 
335 aa  222  7e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03032  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  37.07 
 
 
346 aa  222  9e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.08661 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6250  ABC transporter substrate binding protein  38.99 
 
 
351 aa  221  1e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.126747  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0138  NLPA lipoprotein  39.04 
 
 
341 aa  221  2e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6192  ABC transporter substrate binding protein  39.03 
 
 
343 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6588  ABC transporter substrate binding protein  39.03 
 
 
343 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.174394  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1244  ABC transporter substrate binding protein  39.03 
 
 
343 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.803249  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0340  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.95 
 
 
339 aa  219  7e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6690  putative periplasmic substrate-binding subunit (ABC transporter)  37.93 
 
 
338 aa  218  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0054  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  37.06 
 
 
338 aa  218  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.940543  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0170  ABC transporter, periplasmic binding protein  38.66 
 
 
339 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0191  ABC transporter periplasmic-binding protein  38.66 
 
 
339 aa  217  3e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30880  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.8 
 
 
339 aa  216  4e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3888  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.69 
 
 
330 aa  215  9e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3151  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.69 
 
 
330 aa  215  1e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4009  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  36.56 
 
 
342 aa  214  2e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.368962  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2205  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.1 
 
 
337 aa  214  2e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5195  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.47 
 
 
339 aa  214  2e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4122  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  36.56 
 
 
342 aa  214  2e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5057  ABC transporter, periplasmic binding protein  37.79 
 
 
339 aa  213  3e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0054  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  35.14 
 
 
338 aa  212  6e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0641109 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0189  ABC transporter, periplasmic binding protein  38.95 
 
 
339 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.366153 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6049  ABC transporter substrate binding protein  38.44 
 
 
351 aa  210  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1399  ABC transporter periplasmic binding protein  35.78 
 
 
341 aa  209  7e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.117419  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1797  ABC transporter periplasmic binding protein  35.48 
 
 
340 aa  207  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3450  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.88 
 
 
343 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.302208  hitchhiker  0.000774086 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1120  ABC transporter, periplasmic binding protein  36.13 
 
 
334 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2032  ABC transporter substrate binding protein  37.54 
 
 
348 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.596707  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0818  ABC transporter substrate binding protein  37.54 
 
 
348 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0106898  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1687  ABC transporter substrate binding protein  37.54 
 
 
348 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.4152  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1866  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.54 
 
 
348 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.346438  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1878  ABC transporter substrate binding protein  37.54 
 
 
348 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.314195  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0343  ABC transporter substrate-binding protein  37.54 
 
 
348 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.658815  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5982  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.08 
 
 
334 aa  203  4e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.475529  normal  0.473207 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1388  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.89 
 
 
317 aa  201  1e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2525  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  34.51 
 
 
338 aa  190  3e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.74884  normal  0.499924 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3496  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.5 
 
 
338 aa  190  3e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0231638 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5326  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.28 
 
 
338 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3590  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  33.98 
 
 
341 aa  186  7e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.102161  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3930  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  33.98 
 
 
341 aa  185  1e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1299  ABC transporter periplasmic binding protein  36.45 
 
 
362 aa  184  1e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3259  putative periplasmic substrate-binding transmembrane protein  34.5 
 
 
336 aa  167  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5095  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  31.09 
 
 
119 aa  57  5e-07  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.296668  normal  0.288347 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1035  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplasmic ligand-binding protein  24.55 
 
 
349 aa  50.8  3e-05  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1182  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  32.28 
 
 
342 aa  49.3  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.794723  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5419  NMT1/THI5 like domain protein  26.77 
 
 
345 aa  45.4  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0774  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  25 
 
 
316 aa  43.9  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0489455 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>