65 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
MADE_00039  CDS  NC_011138  46122  47576  1455  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  YP_002124353  decreased coverage  0.000511104  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00050  CDS  NC_011138  57077  57436  360  hypothetycal protein  YP_002124364  decreased coverage  1.29088e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00129  CDS  NC_011138  135024  136076  1053  probable membrane fusion protein (HlyD family of secretion proteins) linked to ABC efflux pumps  YP_002124443  decreased coverage  0.000116655  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00197  CDS  NC_011138  212583  213920  1338  putative Magnesium transporter  YP_002124509  decreased coverage  0.00518446  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00300  CDS  NC_011138  326867  327100  234  hypothetical protein  YP_002124612  decreased coverage  0.00721615  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00445  CDS  NC_011138  471036  471674  639  50S ribosomal protein L3  YP_002124757  decreased coverage  0.000559916  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00446  CDS  NC_011138  471693  472298  606  50S ribosomal protein L4  YP_002124758  decreased coverage  0.000113118  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00447  CDS  NC_011138  472355  472594  240  50S ribosomal protein L23  YP_002124759  decreased coverage  0.000740057  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00677  CDS  NC_011138  706420  707637  1218  transporter, putative  YP_002124989  decreased coverage  0.00179637  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00690  CDS  NC_011138  719872  720423  552  transcription termination/antitermination factor NusG  YP_002125002  decreased coverage  1.64845e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00691  CDS  NC_011138  720844  720957  114  hypothetical protein  YP_002125003  decreased coverage  2.4515e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00692  CDS  NC_011138  720942  721388  447  50S ribosomal protein L11  YP_002125004  decreased coverage  1.24233e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00693  CDS  NC_011138  721376  722224  849  ribosomal protein L1  YP_002125005  decreased coverage  5.27661e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00700  CDS  NC_011138  732523  734088  1566  elongation factor EF-2  YP_002125010  decreased coverage  0.000581662  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00937  CDS  NC_011138  987210  988586  1377  sensor histidine kinase  YP_002125245  decreased coverage  0.000560614  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00959  CDS  NC_011138  1002439  1002555  117  50S ribosomal protein L36  YP_002125267  decreased coverage  2.39291e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_00960  CDS  NC_011138  1002731  1003087  357  30S ribosomal protein S13  YP_002125268  decreased coverage  5.08304e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01009  CDS  NC_011138  1060158  1062323  2166  hypothetical protein  YP_002125317  decreased coverage  0.00499323  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01137  CDS  NC_011138  1213731  1215383  1653  acyl-CoA synthetase (long-chain-fatty-acid-CoA ligase), acyl-adenylate activating enzyme  YP_002125445  decreased coverage  0.00114592  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01353  CDS  NC_011138  1451503  1452327  825  serine acetyltransferase  YP_002125661  decreased coverage  0.000779312  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01603  CDS  NC_011138  1719690  1721063  1374  Fumarase  YP_002125901  decreased coverage  0.00674477  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01733  CDS  NC_011138  1860124  1860531  408  ABC-type phosphate transport system, periplasmic component  YP_002126031  decreased coverage  0.00119694  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01734  CDS  NC_011138  1860528  1860695  168  hypothetical protein  YP_002126032  decreased coverage  0.00528256  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01765  CDS  NC_011138  1898365  1899111  747  RNA pseudouridine synthase family protein  YP_002126063  decreased coverage  0.00504065  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01781  CDS  NC_011138  1916658  1918325  1668  peptidase S41  YP_002126079  decreased coverage  0.00400716  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01797  CDS  NC_011138  1934405  1934773  369  hypothetical protein  YP_002126095  decreased coverage  0.00457305  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_01948  CDS  NC_011138  2097338  2098768  1431  P-aminobenzoate synthetase, component I  YP_002126246  decreased coverage  0.0024318  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02051  CDS  NC_011138  2222978  2224615  1638  putative glutathione-regulated potassium-efflux system protein  YP_002126347  decreased coverage  0.00514196  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02064  CDS  NC_011138  2234128  2235051  924  universal stress protein UspE  YP_002126360  decreased coverage  0.00593148  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02065  CDS  NC_011138  2235166  2236119  954  C32 tRNA thiolase  YP_002126361  decreased coverage  0.00588797  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02136  CDS  NC_011138  2304748  2305326  579  dihydrodipicolinate synthase  YP_002126430  decreased coverage  0.00730006  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02137  CDS  NC_011138  2305329  2305631  303  dihydrodipicolinate synthase  YP_002126431  decreased coverage  0.00401129  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02176  CDS  NC_011138  2341608  2342645  1038  ISCps1, transposase  YP_002126468  decreased coverage  0.00204773  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02322  CDS  NC_011138  2508151  2508426  276  hypothetical protein  YP_002126612  decreased coverage  0.000341411  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02323  CDS  NC_011138  2508521  2508886  366  hypothetical protein  YP_002126613  decreased coverage  0.000435159  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02354  CDS  NC_011138  2540967  2542307  1341  succinylarginine dihydrolase  YP_002126644  decreased coverage  0.0061994  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02368  CDS  NC_011138  2556281  2557390  1110  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  YP_002126658  decreased coverage  0.00392033  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02442  CDS  NC_011138  2649320  2649790  471  ybaK/ebsC protein  YP_002126732  decreased coverage  0.00512118  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02443  CDS  NC_011138  2649954  2650499  546  hypothetical protein  YP_002126733  decreased coverage  0.0057726  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02463  CDS  NC_011138  2674409  2675668  1260  putative glycosyl transferase in colanic acid gene cluster  YP_002126753  decreased coverage  0.00021101  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02696  CDS  NC_011138  2928602  2928736  135  hypothetical protein  YP_002126986  decreased coverage  0.000592818  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02758  CDS  NC_011138  3006408  3006521  114  hypothetical protein  YP_002127048  decreased coverage  0.00786197  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02761  CDS  NC_011138  3007636  3007755  120  hypothetical protein  YP_002127051  decreased coverage  0.00828152  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02870  CDS  NC_011138  3121446  3122177  732  flagellar biosynthesis sigma factor  YP_002127160  decreased coverage  0.000184148  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_02909  CDS  NC_011138  3159020  3159688  669  probable methionyl-tRNA formyltransferase  YP_002127199  decreased coverage  0.00640069  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_03012    NC_011138  3263274  3264631  1358      decreased coverage  0.00255632  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_03048  CDS  NC_011138  3298513  3298887  375  SmpA/OmlA family lipoprotein  YP_002127336  decreased coverage  0.00049947  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_03049  CDS  NC_011138  3298932  3300509  1578  putative signal transduction protein  YP_002127337  decreased coverage  0.00480786  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_03062  CDS  NC_011138  3312261  3313712  1452  putative proton-dependent peptide transporter  YP_002127350  decreased coverage  0.000506345  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_03103  CDS  NC_011138  3358001  3358762  762  Response regulator of the LytR/AlgR family protein  YP_002127391  decreased coverage  0.00580184  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_03104  CDS  NC_011138  3358909  3359235  327  hypothetical protein  YP_002127392  decreased coverage  0.00569355  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_03234  CDS  NC_011138  3492635  3493030  396  dephospho-CoA kinase  YP_002127522  decreased coverage  0.000275894  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_03306  CDS  NC_011138  3567939  3568571  633  putative glutathione S-transferase protein  YP_002127592  decreased coverage  0.00013946  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_03324  CDS  NC_011138  3580054  3580230  177  hypothetical protein  YP_002127610  decreased coverage  0.0076557  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_03351  CDS  NC_011138  3607104  3608306  1203  Carboxynorspermidine dehydrogenase  YP_002127637  decreased coverage  0.00142848  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_03418  CDS  NC_011138  3679240  3680589  1350  aspartate kinase III  YP_002127704  decreased coverage  0.000466048  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_03527  CDS  NC_011138  3806914  3807552  639  glutamine synthetase  YP_002127813  decreased coverage  2.63621e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_03557  CDS  NC_011138  3834720  3835409  690  two component transcriptional regulator, winged helix family  YP_002127843  decreased coverage  0.000983286  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_03714  CDS  NC_011138  4012432  4013208  777  SH3, type 3  YP_002128000  decreased coverage  2.84257e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_03720  CDS  NC_011138  4021909  4022199  291  septum formation initiator family protein  YP_002128006  decreased coverage  0.00519538  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_03730  CDS  NC_011138  4030032  4030289  258  50S ribosomal protein L27  YP_002128016  decreased coverage  3.22672e-06  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_03894  CDS  NC_011138  4194252  4196171  1920  arginine decarboxylase  YP_002128178  decreased coverage  0.0027527  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_04084  CDS  NC_011138  4395906  4396766  861  F0F1 ATP synthase subunit gamma  YP_002128368  decreased coverage  0.00162731  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_04090  CDS  NC_011138  4400391  4400798  408  membrane-bound ATP synthase subunit, F1-F0-type proton-ATPase  YP_002128374  decreased coverage  8.18292e-05  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
MADE_R0018  rRNA  NC_011138  1159395  1159516  122  5S ribosomal RNA    decreased coverage  0.00138845  n/a    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>