254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Leu-3 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.0000968833  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0037  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000147646  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0038  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 84 bp  71.9  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.518848  normal  0.0114921 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0021  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.763911  hitchhiker  0.00000000000407532 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0033  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.9373 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0003  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.804113 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt10  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0026  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.344693  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0038  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0991  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3446  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna27  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna19  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.320912  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0035  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0610176  normal  0.497384 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0038  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna136  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000736232  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna144  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000990562  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01242  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0026  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000721197  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0037  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.5451e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna151  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000109594  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna140  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000833162  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0056  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000684765  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0035  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0034  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01233  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna146  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000807662  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01239  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna148  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000790983  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna149  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000841901  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna142  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000867918  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01237  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 82 bp  54  0.000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna138  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000894739  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0035  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.986583  normal  0.610194 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0036  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.230012  normal  0.790911 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0057  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000344559  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna133  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000824514  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_R0077  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.729168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0048  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0044  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.257347  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0126  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000177569  hitchhiker  0.000589421 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0004  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00803834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0146  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000070771  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0036  tRNA-Leu  85.14 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_R0081  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna42  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0118  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.233228  hitchhiker  0.00000366381 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0063  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3146t  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000598983  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.21797  normal  0.0832006 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0006  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.785646  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3153t  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000997462  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0063  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0200123  decreased coverage  0.00662363 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3148t  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000100991  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00836126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0006  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.399437  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0016  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.368891  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0023  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.184177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0065  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3144t  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000564151  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4554  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.232899  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3150t  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000767874  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00398477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0005  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.916543 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0006  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 84 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0138648  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0018  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01236  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0052  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0016  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.23668 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0074  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0018  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0058  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0070  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.187893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna35  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.45897  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16310  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.352958  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0062  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.8923600000000005e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0762  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000162709  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt22  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt22  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0796  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000227497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0459  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000131572  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2213  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0034  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000338486  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0045  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0831  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000791902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0069  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.365522  normal  0.0296897 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000403882  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0070  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.128359 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0023  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0359439  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0063  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000661955  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0052  tRNA-Leu  85.45 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0129877  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0030  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.249207  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0737  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000058826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0034  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.880113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0784  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000606436  normal  0.448527 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0723  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000925  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0034  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000358312  hitchhiker  0.000769415 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>