296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_R0038 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0016  tRNA-Leu  98.81 
 
 		 87 bp  159  1e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0033  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.9373 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0038  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0069  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 85 bp  101  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202771  hitchhiker  0.000000827914 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0991  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0003  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.804113 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt10  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0026  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.344693  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4554  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.232899  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0063  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0073  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0065  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0063  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0200123  decreased coverage  0.00662363 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R11  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna19  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.320912  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0035  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0610176  normal  0.497384 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna27  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0038  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.518848  normal  0.0114921 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0038  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0036  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423959 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0025  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t58  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.544778  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t59  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.523446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA2  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA3  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0072  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0012  tRNA-Leu  93.18 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.898265 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0026  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0021  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.763911  hitchhiker  0.00000000000407532 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0037  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.583149  normal  0.146154 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0038  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360445  normal  0.147869 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0033  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0594182 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0034  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0585247 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0013  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0050  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0572114 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1022  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0362135  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1815  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1797  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0101943  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0018  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.123501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0023  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00937245  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0077  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0045  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0249109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1969  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0041  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2520  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000455871  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0033  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000096858  normal  0.831114 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0025  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0680936  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0028  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0191582  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0029  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00220383  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0030  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00192839  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0044  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00713145  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0043  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00336489  normal  0.0463602 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0045  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0150342  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0043  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.002346  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0018  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0045  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.481349  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0044  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.143319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0043  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.100426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0041  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00498551  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0042  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00146649  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0043  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00579317  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0018  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1748  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.487544  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0144  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00805168  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0036  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.230012  normal  0.790911 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0020  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.424906  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0035  tRNA-Leu  85.51 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.443555  hitchhiker  0.0011372 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0017  tRNA-Leu  85.51 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.347732  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0012  tRNA-Leu  85.51 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0022  tRNA-Leu  85.51 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.210524  normal  0.0833879 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0037  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000147646  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0014  tRNA-Leu  85.51 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.582798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0014  tRNA-Leu  85.51 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.306064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0055  tRNA-Leu  85.51 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97975  normal  0.23732 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1765  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000020879  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0062  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.8923600000000005e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.0000968833  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4653  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  7.43114e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1776  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000114198  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0052  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000145228  normal  0.134982 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0053  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000187871  normal  0.436888 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0459  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000131572  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0044  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.257347  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1614  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1774  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000900033  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0044  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.892657  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0894  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0070  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.187893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna35  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.45897  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0737  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000058826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0796  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000227497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0034  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000358312  hitchhiker  0.000769415 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1770  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000135684  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>