250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_R0022 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.210524  normal  0.0833879 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0012  tRNA-Leu  98.85 
 
 		 87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0017  tRNA-Leu  95.4 
 
 		 87 bp  141  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.347732  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0035  tRNA-Leu  95.4 
 
 		 87 bp  141  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.443555  hitchhiker  0.0011372 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0014  tRNA-Leu  95.4 
 
 		 87 bp  141  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.582798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0014  tRNA-Leu  95.4 
 
 		 87 bp  141  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.306064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0055  tRNA-Leu  95.4 
 
 		 87 bp  141  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97975  normal  0.23732 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0049  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000776384 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0036  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423959 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0025  tRNA-Leu  91.57 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.132297  normal  0.209778 
 
 
-
 
NC_003295  RS03938  tRNA-Leu  91.57 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0015  tRNA-Leu  91.57 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20772  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0021  tRNA-Leu  91.57 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.144859  normal  0.471234 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0038  tRNA-Leu  91.57 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0022  tRNA-Leu  91.57 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142983  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0029  tRNA-Leu  91.25 
 
 		 87 bp  103  7e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0025  tRNA-Leu  91.25 
 
 		 87 bp  103  7e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.426902  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0022  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0041  tRNA-Leu  92.65 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0043  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.025828 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0035  tRNA-Leu  91.04 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.331877  hitchhiker  0.00233917 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0051  tRNA-Leu  91.04 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0075209  normal  0.504516 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0059  tRNA-Leu  91.04 
 
 		 84 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0099  tRNA-Leu  91.04 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0051  tRNA-Leu  91.04 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0051  tRNA-Leu  91.04 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.361468  hitchhiker  0.00416301 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0049  tRNA-Leu  91.04 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.138946  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2501  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3345  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0535721 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1974  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232762  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3331  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0502824  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2346  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2388  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.519883  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1247  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.872872  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1969  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2520  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000455871  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0033  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000096858  normal  0.831114 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0018  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.123501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1748  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.487544  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0144  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00805168  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1815  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1022  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0362135  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0023  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00937245  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0077  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0025  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0680936  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1797  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0101943  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0069  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202771  hitchhiker  0.000000827914 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0075  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000964905  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0015  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211944 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0036  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.977915  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0082  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00186312  normal  0.0281447 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0086  tRNA-Leu  87.88 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0057  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0333458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0044  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.143319  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0017  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.192855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1968  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0051  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000888669  normal  0.130057 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0052  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000145228  normal  0.134982 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0053  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000187871  normal  0.436888 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0043  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00336489  normal  0.0463602 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0044  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.257347  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2521  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000206835  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0042  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00515288  normal  0.0896861 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0043  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.100426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0032  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000233164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0045  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0150342  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0044  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00713145  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0028  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0191582  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0029  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00220383  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0030  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00192839  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0058  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.031722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0043  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.002346  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0044  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00489579  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0045  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.481349  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0045  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0249109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0041  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00498551  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0042  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00146649  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0043  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00579317  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0041  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.603186  normal  0.0670034 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1753  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0142  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0162702  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0043  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0955991  normal  0.0560674 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1796  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0107643  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1814  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1024  tRNA-Leu  86.76 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00686094  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna42  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0038  tRNA-Leu  90.2 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.518848  normal  0.0114921 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0894  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 83 bp  58  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0062  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.8923600000000005e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1774  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000900033  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0459  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000131572  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t13  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 80 bp  58  0.0000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0075  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000116589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0691  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0044  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 83 bp  58  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.892657  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0038  tRNA-Leu  85.51 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>