18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3104 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3104  hypothetical protein  100 
 
 		 228 aa  461  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5190  hypothetical protein  33.46 
 
 		 254 aa  93.6  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.137064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5196  hypothetical protein  30.38 
 
 		 244 aa  86.7  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.7775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2538  hypothetical protein  30.38 
 
 		 253 aa  78.2  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2824  putative transmembrane protein  32.57 
 
 		 221 aa  69.7  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.766928  normal  0.597534 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2662  putative transmembrane protein  30.97 
 
 		 208 aa  67.4  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.116202  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0725  hypothetical protein  32.02 
 
 		 220 aa  65.9  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3187  hypothetical protein  30.94 
 
 		 256 aa  65.5  0.0000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.581492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3826  Tfp pilus assembly protein PilX-like protein  32 
 
 		 263 aa  58.9  0.00000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.240858  normal  0.179379 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0503  Tfp pilus assembly protein PilX-like protein  42.11 
 
 		 257 aa  57.8  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2273  type IV pilus assembly protein PilX  41.67 
 
 		 182 aa  57.4  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2912  Tfp pilus assembly protein PilX-like protein  28.62 
 
 		 265 aa  50.4  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.313444  normal  0.0143399 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3552  putative transmembrane protein  29.53 
 
 		 215 aa  46.6  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60300  type 4 fimbrial biogenesis protein PilX  30 
 
 		 199 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000472809 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0716  Tfp pilus assembly protein PilX  43.53 
 
 		 188 aa  45.4  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.644759 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0673  hypothetical protein  28.41 
 
 		 189 aa  43.1  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.515222 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3226  Tfp pilus assembly protein PilX  42 
 
 		 164 aa  42.7  0.004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34560  acetate kinase  24.84 
 
 		 395 aa  42.4  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.576649  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>