240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2171 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_2718  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  77.49 
 
 		 591 aa  971    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.529352  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1782  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  73.93 
 
 		 687 aa  1033    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.309606  normal  0.622 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1190  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  50.82 
 
 		 690 aa  718    Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.629609 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1331  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  53.78 
 
 		 708 aa  764    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0843156  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2106  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  73.93 
 
 		 687 aa  1032    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.849515  normal  0.994993 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0426  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  53.53 
 
 		 893 aa  729    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0963  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  73.32 
 
 		 683 aa  1031    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.391943 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11050  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  52.47 
 
 		 676 aa  720    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.177908  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0862  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  52.5 
 
 		 698 aa  749    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4657  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  72.69 
 
 		 683 aa  1022    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.68774  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0106  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  79.79 
 
 		 675 aa  1134    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2340  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  77.49 
 
 		 591 aa  971    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.855235  normal  0.0211703 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0629  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  81.46 
 
 		 583 aa  992    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00137002  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1995  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  47.12 
 
 		 709 aa  644    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0898162  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2171  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  100 
 
 		 676 aa  1415    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00664522  hitchhiker  0.00155539 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2642  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.37 
 
 		 673 aa  1119    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2809  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  81.46 
 
 		 583 aa  992    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3365  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  72.32 
 
 		 675 aa  1003    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.172417  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0277  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  50.99 
 
 		 638 aa  639    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3016  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  49.32 
 
 		 685 aa  653    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1473  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  49.02 
 
 		 704 aa  644    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.935092 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1239  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  53.98 
 
 		 698 aa  772    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2570  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  49.41 
 
 		 730 aa  693    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.980594  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1276  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  79.58 
 
 		 673 aa  1129    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1449  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  51.2 
 
 		 705 aa  702    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.437594 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1809  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  81.64 
 
 		 596 aa  995    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0368  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  76.78 
 
 		 675 aa  1067    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3517  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.4 
 
 		 673 aa  1112    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1779  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.81 
 
 		 669 aa  1134    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0307976  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2207  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  73.29 
 
 		 636 aa  900    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0906  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  50.15 
 
 		 715 aa  679    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5139  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  82.34 
 
 		 574 aa  996    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.766107  normal  0.225823 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0978  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  49.67 
 
 		 630 aa  637    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2622  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  50.88 
 
 		 719 aa  702    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0892  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  49.63 
 
 		 695 aa  652    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0982994  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0068  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  49.1 
 
 		 697 aa  657    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2730  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  51.66 
 
 		 813 aa  728    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.453605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2273  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  49.03 
 
 		 718 aa  679    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.414975  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0305  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  75.71 
 
 		 629 aa  935    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.113243 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39690  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  72.98 
 
 		 675 aa  1030    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.192369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0535  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  51.13 
 
 		 800 aa  706    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000021031  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1191  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  51.05 
 
 		 730 aa  687    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.112053 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3580  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  72.69 
 
 		 683 aa  1022    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0021  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  51.65 
 
 		 689 aa  743    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2989  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  80.95 
 
 		 581 aa  979    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.935687  normal  0.463856 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1897  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  53.76 
 
 		 700 aa  769    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000617448  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0454  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  53.52 
 
 		 703 aa  776    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000238531  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0421  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  49.85 
 
 		 689 aa  650    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2681  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  49.17 
 
 		 681 aa  657    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.252342 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0052  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  52.71 
 
 		 701 aa  770    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0087  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  79.79 
 
 		 678 aa  1112    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1124  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  53.42 
 
 		 701 aa  766    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2383  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  81.46 
 
 		 583 aa  992    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1144  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  50.67 
 
 		 692 aa  710    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0333221  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2904  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  81.46 
 
 		 587 aa  993    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.818953  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0646  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  49.63 
 
 		 696 aa  666    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.132822  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2685  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  81.28 
 
 		 583 aa  990    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2742  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  81.46 
 
 		 583 aa  992    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.450074  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2768  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  75.67 
 
 		 608 aa  927    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.722905  hitchhiker  0.0000187982 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1698  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  81.46 
 
 		 583 aa  992    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1401  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  48.08 
 
 		 710 aa  666    Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00712493  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1057  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  51.85 
 
 		 721 aa  705    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18290  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  51.06 
 
 		 816 aa  702    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3397  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  50.76 
 
 		 686 aa  673    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4058  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  53.78 
 
 		 707 aa  767    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1601  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  48.01 
 
 		 706 aa  644    Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3480  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  74.1 
 
 		 627 aa  907    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.308899  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0548  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  50.82 
 
 		 695 aa  717    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1819  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  50 
 
 		 636 aa  627  1e-178  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0513  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  54.16 
 
 		 623 aa  628  1e-178  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1698  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  50.34 
 
 		 627 aa  610  1e-173  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0922  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  41.99 
 
 		 603 aa  510  1e-143  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0018873  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0335  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.72 
 
 		 639 aa  289  1e-76  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0226  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.1 
 
 		 606 aa  266  1e-69  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  decreased coverage  0.00295512  normal  0.636245 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0378  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  30.56 
 
 		 606 aa  262  2e-68  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.73925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2140  ribonucleoside-triphosphate reductase, anaerobic  28.85 
 
 		 604 aa  253  6e-66  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1315  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  27.36 
 
 		 665 aa  209  2e-52  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.322774  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1471  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  27.79 
 
 		 791 aa  207  4e-52  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0823956  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1227  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  27.42 
 
 		 791 aa  205  2e-51  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.25361  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1548  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  26.64 
 
 		 670 aa  202  9.999999999999999e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00598152  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0728  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  27.24 
 
 		 791 aa  202  9.999999999999999e-51  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0693  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  26.56 
 
 		 676 aa  201  3.9999999999999996e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1241  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  27.87 
 
 		 768 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1037  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  27.16 
 
 		 794 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0633  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  27.34 
 
 		 709 aa  191  2.9999999999999997e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0332169  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1264  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  24.9 
 
 		 757 aa  181  4.999999999999999e-44  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0320  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  28.49 
 
 		 731 aa  174  6.999999999999999e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.706326  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0306  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  28.49 
 
 		 656 aa  173  1e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.674965  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0127  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  24.55 
 
 		 736 aa  171  4e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1709  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  27.69 
 
 		 729 aa  170  1e-40  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.37084  normal  0.962823 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2125  ribonucleoside-triphosphate reductase, anaerobic  26.08 
 
 		 795 aa  169  2e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0009  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  26.21 
 
 		 730 aa  167  5.9999999999999996e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0630863 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2811  ribonucleoside-triphosphate reductase, anaerobic  26.65 
 
 		 732 aa  164  6e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.140611 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2830  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  26.08 
 
 		 705 aa  155  2e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2516  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  26.08 
 
 		 705 aa  154  4e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0702  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  22.79 
 
 		 769 aa  151  4e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000299094  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2693  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  24.79 
 
 		 705 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.837695  hitchhiker  0.000803625 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1650  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  24.79 
 
 		 705 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1687  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  24.79 
 
 		 705 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.673685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1665  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  24.79 
 
 		 705 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>