55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_R0017 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_6030  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285404  normal  0.189385 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0017  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0013  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.959732  normal  0.117453 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0039  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0028  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.64195  normal  0.970815 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0021  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.162595 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4331  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.521695  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0032  tRNA-Pro  95.12 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00803703  normal  0.488236 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09070  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0246462 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24400  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.608929  normal  0.879879 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0049  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0040  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0023  tRNA-Val  100 
 
 		 108 bp  50.1  0.00008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.423133  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0057  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0006  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000451843  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0005  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.208114  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0083  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0012  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.255284 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0005  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0607  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14020  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0443  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-2  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.593397  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0028  tRNA-Asn  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1749  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0028  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000461136  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0746  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0013  tRNA-Pro  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.793081  normal  0.281432 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0040  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0275291  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.434346  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0030  tRNA-Pro  86 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0052  tRNA-Asn  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.292372  normal  0.128808 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0049  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000433504  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0050  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000354715  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0002  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.409498 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0051  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000442391  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0035  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0053  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.223448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>