More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2842 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2842  hypothetical protein  100 
 
 		 158 aa  318  1.9999999999999998e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.523389 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2955  hypothetical protein  62.1 
 
 		 161 aa  154  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.263755  normal  0.0249448 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1522  hypothetical protein  56.39 
 
 		 161 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0174  hypothetical protein  55.64 
 
 		 169 aa  141  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00309519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2797  hypothetical protein  50 
 
 		 472 aa  126  9.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4062  hypothetical protein  49.34 
 
 		 176 aa  125  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.154683 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4849  hypothetical protein  47.76 
 
 		 150 aa  120  7e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.366742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3434  protein of unknown function UPF0079  45.39 
 
 		 165 aa  120  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0082  hypothetical protein  46.84 
 
 		 158 aa  117  4.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.659659 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1298  protein of unknown function UPF0079  47.48 
 
 		 161 aa  111  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4941  protein of unknown function UPF0079  47.59 
 
 		 540 aa  107  9.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.267606 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1355  P-loop hydrolase/phosphotransferase  51.79 
 
 		 497 aa  106  1e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4895  protein of unknown function UPF0079  48.2 
 
 		 542 aa  105  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582734  normal  0.663902 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4431  hypothetical protein  48.2 
 
 		 549 aa  105  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.319947 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3438  hypothetical protein  47.2 
 
 		 165 aa  104  5e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0159853  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0134  hypothetical protein  41.18 
 
 		 164 aa  103  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2781  hypothetical protein  42.4 
 
 		 154 aa  102  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0383  hypothetical protein  46.22 
 
 		 506 aa  100  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1263  protein of unknown function UPF0079  42.28 
 
 		 153 aa  100  9e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00204178  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0820  hypothetical protein  42.97 
 
 		 509 aa  99.4  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2754  hypothetical protein  41.67 
 
 		 188 aa  99.4  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000152007  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0666  protein of unknown function UPF0079  43.65 
 
 		 523 aa  98.6  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.469867 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3245  hypothetical protein  39.58 
 
 		 504 aa  97.8  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.479121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0206  hypothetical protein  46.09 
 
 		 505 aa  97.4  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0259343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19780  conserved hypothetical nucleotide-binding protein  41.67 
 
 		 152 aa  97.1  8e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0805781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1606  protein of unknown function UPF0079  48.91 
 
 		 529 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0383764  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0493  aminoglycoside phosphotransferase  48.18 
 
 		 514 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248724 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3020  protein of unknown function UPF0079  40.94 
 
 		 153 aa  96.3  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0046  hypothetical protein  46.55 
 
 		 507 aa  94.7  5e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.810658  normal  0.280558 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3297  hypothetical protein  44.35 
 
 		 523 aa  94.4  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.480432 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3974  hypothetical protein  41.41 
 
 		 153 aa  94.7  5e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0625  hypothetical protein  45.67 
 
 		 505 aa  93.6  9e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00759808  normal  0.677515 
 
 
-
 
NC_004310  BR2100  hypothetical protein  42.15 
 
 		 513 aa  93.6  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0086  hypothetical protein  46.22 
 
 		 509 aa  93.6  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.522913  normal  0.567075 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2531  hypothetical protein  40 
 
 		 162 aa  93.2  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2017  hypothetical protein  42.15 
 
 		 513 aa  93.6  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0351  putative ATPase  35.9 
 
 		 153 aa  92.4  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000572111  hitchhiker  0.00108821 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0081  protein of unknown function UPF0079  44.09 
 
 		 506 aa  90.9  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.428182  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0399  hypothetical protein  38.69 
 
 		 152 aa  90.1  9e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0100312  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4635  putative ATPase  35.17 
 
 		 153 aa  90.1  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00161848  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2261  hypothetical protein  37.76 
 
 		 164 aa  89.7  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000158801  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4625  putative ATPase  35.17 
 
 		 152 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4754  putative ATPase  35.17 
 
 		 152 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.382277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4775  putative ATPase  35.17 
 
 		 152 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0594287 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4718  putative ATPase  35.17 
 
 		 153 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.983496  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3923  putative ATPase  36.99 
 
 		 160 aa  89.4  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00130971  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1390  protein of unknown function UPF0079  38.67 
 
 		 167 aa  88.6  3e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.004631  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3284  hypothetical protein  39.52 
 
 		 152 aa  88.2  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000351541  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00098  hypothetical protein  35.25 
 
 		 154 aa  88.2  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0587  hypothetical protein  44.86 
 
 		 562 aa  88.2  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.977621 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4289  protein of unknown function UPF0079  39.53 
 
 		 505 aa  88.6  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0623599  normal  0.680884 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1190  ATP/GTP hydrolase  35.33 
 
 		 148 aa  88.2  4e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.328809  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2671  RNA binding S1  34.75 
 
 		 157 aa  88.2  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.543969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1228  hypothetical protein  37.01 
 
 		 148 aa  87.8  5e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0054  hypothetical protein  41.32 
 
 		 507 aa  87.8  5e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.885213  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4542  hypothetical protein  44.93 
 
 		 529 aa  87.8  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04035  ATPase with strong ADP affinity  34.69 
 
 		 153 aa  87.8  6e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000985798  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3825  protein of unknown function UPF0079  34.69 
 
 		 153 aa  87.8  6e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000776436  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3771  hypothetical protein  37.96 
 
 		 152 aa  87.8  6e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000107911  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3714  protein of unknown function UPF0079  37.96 
 
 		 152 aa  87.8  6e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.160948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4639  putative ATPase  34.69 
 
 		 152 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.162208  normal  0.0835245 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5684  putative ATPase  34.69 
 
 		 152 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000102371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3845  putative ATPase  34.69 
 
 		 153 aa  87.8  6e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000032368  hitchhiker  0.00000180276 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03997  hypothetical protein  34.69 
 
 		 153 aa  87.8  6e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000527155  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0554  hypothetical protein  37.96 
 
 		 152 aa  87.8  6e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000971051  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4699  putative ATPase  34.69 
 
 		 153 aa  87.8  6e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000112747  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4410  putative ATPase  34.69 
 
 		 153 aa  87.8  6e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000607313  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4725  putative ATPase  34.69 
 
 		 153 aa  87.8  6e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000010993  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3897  hypothetical protein  37.96 
 
 		 152 aa  87.8  6e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000307374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3962  protein of unknown function UPF0079  41.13 
 
 		 503 aa  87.4  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0427  putative ATPase  34.69 
 
 		 156 aa  87  9e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000368421  hitchhiker  0.000000532779 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002255  ATPase YjeE  35.97 
 
 		 154 aa  87  9e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000336436  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3725  putative ATPase  36.99 
 
 		 160 aa  86.3  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0265653  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0531  protein of unknown function UPF0079  37.24 
 
 		 157 aa  86.7  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0352512  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3657  putative ATPase  34.46 
 
 		 156 aa  86.7  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000030083  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0599  hypothetical protein  38.71 
 
 		 152 aa  85.9  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0936  hypothetical protein  34.01 
 
 		 155 aa  85.9  2e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.000264552  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0519  hypothetical protein  42.11 
 
 		 143 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0120244  normal  0.451266 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1243  protein of unknown function UPF0079  41.96 
 
 		 184 aa  85.9  2e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3436  hypothetical protein  38.71 
 
 		 152 aa  85.9  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000774396  normal  0.208239 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1869  hypothetical protein  36.73 
 
 		 158 aa  86.3  2e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000565626  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2855  protein of unknown function UPF0079  35.94 
 
 		 164 aa  85.9  2e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.314957 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2676  hypothetical protein  45.45 
 
 		 157 aa  85.5  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1081  ATPase  42.11 
 
 		 156 aa  85.5  3e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0488  hypothetical protein  37.04 
 
 		 153 aa  85.5  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.381265  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0134  protein of unknown function UPF0079  37.98 
 
 		 146 aa  84.7  4e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0700  hypothetical protein  32.58 
 
 		 139 aa  85.1  4e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.725805  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65380  hypothetical protein  34.97 
 
 		 155 aa  85.1  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0610791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3803  putative ATPase  33.78 
 
 		 156 aa  84.7  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000296648  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0703  putative ATPase  33.78 
 
 		 156 aa  84.7  5e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000204367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0594  hypothetical protein  37.9 
 
 		 152 aa  84.7  5e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00997285  hitchhiker  0.000000403865 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0593  hypothetical protein  37.9 
 
 		 152 aa  84.7  5e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0559818  hitchhiker  0.0000222246 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0008  P-loop hydrolase family protein  39.82 
 
 		 155 aa  84.3  6e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  unclonable  0.00000890288  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2422  hypothetical protein  32.79 
 
 		 154 aa  84  7e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2132  hypothetical protein  32.79 
 
 		 154 aa  84  7e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0562  hypothetical protein  38.81 
 
 		 157 aa  84  7e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000200674  normal  0.209641 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3544  hypothetical protein  37.4 
 
 		 160 aa  84  8e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3315  hypothetical protein  35.81 
 
 		 152 aa  84  8e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00300444  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1300  hypothetical protein  36.64 
 
 		 144 aa  84  9e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0581872  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4174  hypothetical protein  36.51 
 
 		 152 aa  83.6  9e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>