66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2646 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2646  alkane 1-monooxygenase  100 
 
 		 380 aa  777    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.593817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0027  alkane 1-monooxygenase  69.39 
 
 		 384 aa  541  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.114145  normal  0.114958 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0394  alkane 1-monooxygenase  65.69 
 
 		 377 aa  514  1.0000000000000001e-145  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.342952 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2098  alkane 1-monooxygenase  65.21 
 
 		 380 aa  462  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.512673 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0065  alkane 1-monooxygenase  55.71 
 
 		 425 aa  394  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0446257  normal  0.590347 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1467  alkane 1-monooxygenase  53.35 
 
 		 423 aa  383  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.181491  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0118  alkane 1-monooxygenase  53.07 
 
 		 423 aa  381  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0516319  normal  0.119168 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3068  hypothetical protein  39.94 
 
 		 355 aa  242  7.999999999999999e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2925  hypothetical protein  39.76 
 
 		 355 aa  237  3e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1814  alkane-1 monooxygenase  40.62 
 
 		 388 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0635  alkane-1 monooxygenase  40.62 
 
 		 388 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1692  alkane-1 monooxygenase  40.62 
 
 		 388 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.441803  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2910  alkane-1 monooxygenase  40.62 
 
 		 388 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0419518  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2377  alkane-1 monooxygenase  40.62 
 
 		 388 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2801  alkane-1 monooxygenase  40.62 
 
 		 388 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2678  alkane-1 monooxygenase  40.62 
 
 		 388 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2735  alkane-1 monooxygenase  40.62 
 
 		 388 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2053  alkane 1-monooxygenase  36.07 
 
 		 410 aa  212  1e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2192  alkane 1-monooxygenase  42.9 
 
 		 420 aa  209  6e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.258333 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5401  Alkane 1-monooxygenase  39.25 
 
 		 384 aa  205  9e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0125234  normal  0.126955 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4212  Alkane 1-monooxygenase  38.46 
 
 		 470 aa  205  1e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0980  alkane 1-monooxygenase  38.56 
 
 		 384 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4221  Alkane 1-monooxygenase  38.76 
 
 		 387 aa  205  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4109  Alkane 1-monooxygenase  38.76 
 
 		 387 aa  205  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.491081  normal  0.125319 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1742  alkane 1-monooxygenase  37.54 
 
 		 423 aa  205  1e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.967304  normal  0.913807 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0501  alkane-1 monooxygenase  38.56 
 
 		 384 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.070399  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3808  alkane hydroxylase  35.93 
 
 		 377 aa  205  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2418  alkane 1-monooxygenase  45.34 
 
 		 286 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0357839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4085  alkane 1-monooxygenase  38.56 
 
 		 386 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64023  normal  0.410728 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4721  alkane 1-monooxygenase  37.89 
 
 		 410 aa  204  2e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2642  hypothetical protein  37.23 
 
 		 382 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.329209  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0941  alkane 1-monooxygenase  38.87 
 
 		 386 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0853  alkane 1-monooxygenase  38.01 
 
 		 386 aa  204  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.743087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44700  alkane-1-monooxygenase 2  36.92 
 
 		 377 aa  204  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0109557 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0841  alkane 1-monooxygenase  38.32 
 
 		 386 aa  203  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.767136  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1208  alkane 1-monooxygenase  39.38 
 
 		 384 aa  203  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000710132  normal  0.456218 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2750  alkane 1-monooxygenase  37.69 
 
 		 377 aa  202  7e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.149414  normal  0.78893 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3100  alkane 1-monooxygenase  39.18 
 
 		 396 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.445628  normal  0.18825 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5739  Alkane 1-monooxygenase  37.1 
 
 		 390 aa  201  1.9999999999999998e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.753211 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1373  Alkane 1-monooxygenase  39.75 
 
 		 403 aa  196  4.0000000000000005e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.935228 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1369  alkane 1-monooxygenase  36.29 
 
 		 407 aa  196  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2843  alkane 1-monooxygenase  36.69 
 
 		 433 aa  196  8.000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2750  Alkane 1-monooxygenase  34.38 
 
 		 420 aa  195  1e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0443  alkane 1-monooxygenase  36.91 
 
 		 401 aa  194  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30810  alkane-1-monooxygenase  36 
 
 		 382 aa  194  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00688507  hitchhiker  0.000000000018165 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5439  alkane 1-monooxygenase  35.63 
 
 		 403 aa  190  2.9999999999999997e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.186555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13281  transmembrane alkane 1-monooxygenase alkB  39.25 
 
 		 416 aa  190  4e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.863568 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0122  alkane 1-monooxygenase  38.2 
 
 		 481 aa  190  4e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.174684  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0560  Alkane 1-monooxygenase  38.58 
 
 		 398 aa  189  5e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1333  alkane 1-monooxygenase  39.59 
 
 		 411 aa  189  5.999999999999999e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3369  alkane 1-monooxygenase  38.35 
 
 		 398 aa  189  5.999999999999999e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1350  alkane 1-monooxygenase  39.59 
 
 		 411 aa  189  5.999999999999999e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.174532  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0610  alkane 1-monooxygenase  36.68 
 
 		 406 aa  189  1e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.280709  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0440  alkane 1-monooxygenase  36.36 
 
 		 407 aa  187  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.560557  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0606  alkane 1-monooxygenase  36.83 
 
 		 400 aa  182  6e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00127289 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1251  alkane 1-monooxygenase  38.46 
 
 		 409 aa  172  9e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.10941 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1213  alkane 1-monooxygenase  33.78 
 
 		 415 aa  159  7e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1262  alkane 1-monooxygenase  30.33 
 
 		 400 aa  143  5e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2541  fatty acid desaturase  35.34 
 
 		 387 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00838464  hitchhiker  0.00025026 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1639  fatty acid desaturase domain-containing protein  36.55 
 
 		 358 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.157574  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1222  alkane 1-monooxygenase  34 
 
 		 400 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.446451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4185  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  34.66 
 
 		 752 aa  120  6e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.452741 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3561  p-cymene monooxygenase, hydroxylase subunit(CymAa)  27.05 
 
 		 375 aa  93.6  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3845  fatty acid desaturase  25.98 
 
 		 367 aa  89.4  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2903  fatty acid desaturase  27.41 
 
 		 376 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.410754 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5477  alkane 1-monooxygenase  26.14 
 
 		 329 aa  81.6  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.354466 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>