More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1877 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_2082  carboxyl transferase  75.49 
 
 		 510 aa  814    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.122916  normal  0.0739179 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5024  putative propionyl-CoA carboxylase beta chain  75.88 
 
 		 510 aa  809    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.541202 
 
 
-
 
NC_002950  PG1612  methylmalonyl-CoA decarboxylase, alpha subunit  62.16 
 
 		 517 aa  664    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1157  propionyl-CoA carboxylase, beta subunit  64.89 
 
 		 508 aa  688    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.167256  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0797  carboxyl transferase  61.87 
 
 		 516 aa  650    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000527493  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1705  carboxyl transferase  74.12 
 
 		 510 aa  805    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.514847  normal  0.247972 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2835  carboxyl transferase  76.08 
 
 		 510 aa  817    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.497575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1851  carboxyl transferase  74.51 
 
 		 510 aa  814    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1632  carboxyl transferase  61.81 
 
 		 522 aa  654    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.605341 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0326  carboxyl transferase  74.9 
 
 		 510 aa  805    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.274906  normal  0.0697048 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4004  carboxyl transferase  72.6 
 
 		 511 aa  791    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2348  carboxyl transferase  60.94 
 
 		 512 aa  644    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.964644 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5680  propionyl-CoA carboxylase  82.55 
 
 		 510 aa  888    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0437  carboxyl transferase  60.12 
 
 		 509 aa  641    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.137321  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1401  carboxyl transferase  73.92 
 
 		 510 aa  784    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0947587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2894  carboxyl transferase  75.88 
 
 		 510 aa  804    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.437903 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2189  propionyl-CoA carboxylase beta chain  87.45 
 
 		 510 aa  935    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124404  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1431  propionyl-CoA carboxylase beta chain  62.55 
 
 		 513 aa  679    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1521  methylmalonyl-CoA decarboxylase, alpha subunit  63.06 
 
 		 513 aa  678    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2536  carboxyl transferase  60.12 
 
 		 531 aa  651    Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.449472 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2999  carboxyl transferase  74.9 
 
 		 510 aa  810    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0947  carboxyl transferase  62.16 
 
 		 513 aa  668    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.592853  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0053  carboxyl transferase  74.9 
 
 		 510 aa  805    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3291  carboxyl transferase  65.57 
 
 		 516 aa  640    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0262589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0250  carboxyl transferase  62.67 
 
 		 519 aa  652    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.135558  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4102  carboxyl transferase  65.51 
 
 		 516 aa  657    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.09097  normal  0.079173 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0271  Propionyl-CoA carboxylase  62.87 
 
 		 519 aa  654    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.846145  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0700  carboxyl transferase  60.47 
 
 		 531 aa  635    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.810443 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3484  carboxyl transferase  73.53 
 
 		 510 aa  801    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2342  carboxyl transferase  73.53 
 
 		 510 aa  782    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.150986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0808  carboxyl transferase  74.12 
 
 		 508 aa  785    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0271  carboxyl transferase  62.08 
 
 		 520 aa  652    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.435103  normal  0.1429 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0796  propionyl-CoA carboxylase, beta subunit  61.44 
 
 		 518 aa  634    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3374  carboxyl transferase  83.73 
 
 		 510 aa  902    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.778087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2803  propionyl-CoA carboxylase  73.14 
 
 		 510 aa  800    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.342128  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3397  carboxyl transferase  73.73 
 
 		 510 aa  789    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.14611 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2164  carboxyl transferase  73.73 
 
 		 510 aa  807    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.158421  normal  0.436276 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0912  carboxyl transferase  70 
 
 		 510 aa  763    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3122  carboxyl transferase  73.33 
 
 		 510 aa  776    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.629263  normal  0.624995 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1579  carboxyl transferase  74.31 
 
 		 523 aa  791    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0377813  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2130  carboxyl transferase  73.15 
 
 		 514 aa  797    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4697  carboxyl transferase  61.76 
 
 		 528 aa  664    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1877  propionyl-CoA carboxylase  100 
 
 		 510 aa  1050    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2305  propionyl-CoA carboxylase  87.65 
 
 		 510 aa  938    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4130  carboxyl transferase  62.55 
 
 		 530 aa  647    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0944  propionyl-CoA carboxylase  61.76 
 
 		 516 aa  642    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0889  carboxyl transferase  63.51 
 
 		 564 aa  681    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1735  carboxyl transferase  75.49 
 
 		 510 aa  809    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1754  carboxyl transferase  75.1 
 
 		 510 aa  805    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.218371  normal  0.119502 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3811  carboxyl transferase  76.86 
 
 		 510 aa  821    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6732  carboxyl transferase  62.52 
 
 		 520 aa  670    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0282  carboxyl transferase  74.9 
 
 		 510 aa  804    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0386  propionyl-CoA carboxylase  69.65 
 
 		 514 aa  749    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0358  carboxyl transferase  74.9 
 
 		 510 aa  805    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1489  carboxyl transferase  59.65 
 
 		 518 aa  641    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.810044  normal  0.0441726 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6139  carboxyl transferase  81.18 
 
 		 510 aa  877    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.222288 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3688  carboxyl transferase  87.84 
 
 		 510 aa  946    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.618461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_45886  predicted protein  66.87 
 
 		 581 aa  706    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2003  carboxyl transferase  81.57 
 
 		 510 aa  889    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0260  carboxyl transferase  63.06 
 
 		 519 aa  655    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4725  carboxyl transferase  75.29 
 
 		 510 aa  815    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.48705  normal  0.0648736 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5659  carboxyl transferase  76.08 
 
 		 510 aa  808    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2974  carboxyl transferase  61.02 
 
 		 519 aa  653    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3755  carboxyl transferase  74.71 
 
 		 510 aa  816    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0296123  normal  0.253409 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2771  carboxyl transferase  79.61 
 
 		 510 aa  858    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110182 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1317  carboxyl transferase  75.1 
 
 		 510 aa  806    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.182185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0718  carboxyl transferase  87.25 
 
 		 510 aa  912    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.267542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5510  carboxyl transferase  77.06 
 
 		 510 aa  820    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0930  carboxyl transferase  69.8 
 
 		 518 aa  759    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2513  carboxyl transferase  73.33 
 
 		 510 aa  801    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152871  normal  0.332227 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2381  carboxyl transferase  73.33 
 
 		 510 aa  804    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2042  carboxyl transferase  74.9 
 
 		 510 aa  817    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0884189  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0700  carboxyl transferase  60.97 
 
 		 529 aa  635    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3401  carboxyl transferase  71.96 
 
 		 510 aa  785    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1016  propionyl-CoA carboxylase beta subunit  73.73 
 
 		 510 aa  804    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3618  carboxyl transferase  73.92 
 
 		 510 aa  784    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.207692  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0861  carboxyl transferase  87.45 
 
 		 510 aa  935    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.833574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2694  carboxyl transferase  73.14 
 
 		 510 aa  798    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.219092 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3787  Propionyl-CoA carboxylase  72.75 
 
 		 510 aa  779    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274179 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0639  carboxyl transferase  61.36 
 
 		 513 aa  655    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.629685 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11343  propionlyl-CoA carboxylase  62.52 
 
 		 513 aa  672    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1880  carboxyl transferase  75.69 
 
 		 510 aa  815    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0295366 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4239  carboxyl transferase  79.8 
 
 		 510 aa  864    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.540833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5528  carboxyl transferase  60 
 
 		 522 aa  631  1e-180  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0599  propionyl-CoA carboxylase, beta subunit  59.96 
 
 		 510 aa  630  1e-179  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0792  carboxyl transferase  60.39 
 
 		 524 aa  629  1e-179  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.224802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2466  carboxyl transferase  60.59 
 
 		 550 aa  628  1e-179  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2555  propionyl-CoA carboxylase complex B subunit  60.55 
 
 		 534 aa  626  1e-178  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.117382  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_389  acyl-CoA biotin-dependant carboxyltransferase  58.37 
 
 		 516 aa  626  1e-178  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.839187  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0424  carboxyl transferase  57.78 
 
 		 516 aa  625  1e-178  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5914  carboxyl transferase  59.88 
 
 		 551 aa  627  1e-178  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.744099  normal  0.878673 
 
 
-
 
NC_002936  DET0447  acyl CoA biotin-dependant carboxyltransferase  57.98 
 
 		 516 aa  623  1e-177  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08340  acetyl-CoA carboxylase, carboxyltransferase component (subunits alpha and beta)  59.11 
 
 		 537 aa  623  1e-177  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0195606  normal  0.225361 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1735  carboxyl transferase  57.78 
 
 		 516 aa  624  1e-177  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1621  Propionyl-CoA carboxylase  59.73 
 
 		 513 aa  623  1e-177  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0802  carboxyl transferase  60.16 
 
 		 527 aa  618  1e-176  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000659561 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2573  carboxyl transferase  56.92 
 
 		 516 aa  615  1e-175  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.455501 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1320  carboxyl transferase  58.48 
 
 		 530 aa  616  1e-175  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00164381  normal  0.627316 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0856  carboxyl transferase  60.04 
 
 		 527 aa  616  1e-175  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0690985  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1759  carboxyl transferase  56.23 
 
 		 514 aa  616  1e-175  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>