More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1513 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1513  tyrosyl-tRNA synthetase  100 
 
 
420 aa  859    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.958797  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2100  tyrosyl-tRNA synthetase  77.83 
 
 
409 aa  614  1e-175  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0674945  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1649  tyrosyl-tRNA synthetase  69.16 
 
 
422 aa  577  1.0000000000000001e-163  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.873765 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2113  tyrosyl-tRNA synthetase  60.14 
 
 
418 aa  530  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.569911  normal  0.0455725 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2260  tyrosyl-tRNA synthetase  60.39 
 
 
417 aa  521  1e-147  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1785  tyrosyl-tRNA synthetase  62.41 
 
 
417 aa  516  1.0000000000000001e-145  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.591619  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0926  tyrosyl-tRNA synthetase  60.72 
 
 
417 aa  505  9.999999999999999e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1906  tyrosyl-tRNA synthetase  58.8 
 
 
418 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.543726  normal  0.0386015 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0920  tyrosyl-tRNA synthetase  60.72 
 
 
417 aa  505  9.999999999999999e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.923423  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1473  tyrosyl-tRNA synthetase  59.9 
 
 
417 aa  501  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0527607  normal  0.0231492 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2581  tyrosyl-tRNA synthetase  59.27 
 
 
419 aa  501  1e-140  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2032  tyrosyl-tRNA synthetase  61.5 
 
 
418 aa  500  1e-140  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0020  tyrosyl-tRNA synthetase  59.07 
 
 
421 aa  493  9.999999999999999e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.59277  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3267  tyrosyl-tRNA synthetase  61.41 
 
 
416 aa  489  1e-137  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.762137  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4474  tyrosyl-tRNA synthetase  60.58 
 
 
416 aa  489  1e-137  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.828259 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0806  tyrosyl-tRNA synthetase  55.31 
 
 
417 aa  481  1e-134  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.66983  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1668  tyrosyl-tRNA synthetase  56.04 
 
 
417 aa  477  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.993205  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4041  tyrosyl-tRNA synthetase  58.09 
 
 
416 aa  477  1e-133  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00764933  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2046  tyrosyl-tRNA synthetase  56.97 
 
 
418 aa  478  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1155  tyrosyl-tRNA synthetase  58.09 
 
 
416 aa  477  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1308  tyrosyl-tRNA synthetase  58.88 
 
 
415 aa  476  1e-133  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.589985  normal  0.597728 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1616  tyrosyl-tRNA synthetase  57.21 
 
 
419 aa  477  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2738  tyrosyl-tRNA synthetase  56.25 
 
 
418 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.186886  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2452  tyrosyl-tRNA synthetase  54.46 
 
 
418 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2845  tyrosyl-tRNA synthetase  55.66 
 
 
418 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.662141  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2151  tyrosyl-tRNA synthetase  57.04 
 
 
417 aa  467  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0927  tyrosyl-tRNA synthetase  57.35 
 
 
416 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.236583  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2998  tyrosyl-tRNA synthetase  54.22 
 
 
418 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.243953  normal  0.0659973 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2760  tyrosyl-tRNA synthetase  57.77 
 
 
423 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0242462 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0726  tyrosyl-tRNA synthetase  58.97 
 
 
417 aa  454  1.0000000000000001e-126  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.343118  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2332  tyrosyl-tRNA synthetase  53.01 
 
 
418 aa  453  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1913  tyrosyl-tRNA synthetase  56.3 
 
 
414 aa  452  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.247685 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2987  tyrosyl-tRNA synthetase  56.42 
 
 
423 aa  448  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.665446  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3213  tyrosyl-tRNA synthetase  56.66 
 
 
423 aa  450  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.140876 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0923  tyrosyl-tRNA synthetase  54.28 
 
 
417 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3960  tyrosyl-tRNA synthetase  53.86 
 
 
417 aa  445  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1115  tyrosyl-tRNA synthetase  53.66 
 
 
416 aa  442  1e-123  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3171  tyrosyl-tRNA synthetase  56.42 
 
 
423 aa  442  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108493  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0619  tyrosyl-tRNA synthetase  55.99 
 
 
413 aa  432  1e-120  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0905684  normal  0.181469 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1870  tyrosyl-tRNA synthetase  57.04 
 
 
424 aa  433  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_27323  predicted protein  51.8 
 
 
488 aa  430  1e-119  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5839  tyrosyl-tRNA synthetase  54.68 
 
 
426 aa  419  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109224  normal  0.471863 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0055  tyrosyl-tRNA synthetase  50.49 
 
 
418 aa  416  9.999999999999999e-116  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10420  tyrosyl-tRNA synthetase  50 
 
 
412 aa  408  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0091  tyrosyl-tRNA synthetase  48.77 
 
 
418 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0698214  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0952  tyrosyl-tRNA synthetase  51.24 
 
 
412 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.479541  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0345  tyrosyl-tRNA synthetase  50.54 
 
 
391 aa  382  1e-105  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.388685  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0619  tyrosyl-tRNA synthetase  45.69 
 
 
406 aa  356  3.9999999999999996e-97  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171861  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0633  tyrosyl-tRNA synthetase  45.69 
 
 
406 aa  356  5e-97  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0281376  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0723  tyrosyl-tRNA synthetase  46.37 
 
 
408 aa  355  6.999999999999999e-97  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.154159  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2338  tyrosyl-tRNA synthetase  45.43 
 
 
406 aa  355  1e-96  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000770628  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0609  tyrosyl-tRNA synthetase  47.17 
 
 
433 aa  354  2e-96  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00990459  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2577  tyrosyl-tRNA synthetase  48.01 
 
 
435 aa  335  5.999999999999999e-91  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000613291  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2081  tyrosyl-tRNA synthetase  45.6 
 
 
408 aa  334  2e-90  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0336004  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3175  tyrosyl-tRNA synthetase  44.34 
 
 
424 aa  333  3e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0885439  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2578  tyrosyl-tRNA synthetase  44.39 
 
 
410 aa  325  1e-87  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00252994  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2219  tyrosyl-tRNA synthetase  45.18 
 
 
424 aa  324  2e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000697542 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1725  tyrosyl-tRNA synthetase  44.08 
 
 
424 aa  321  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00254392  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1546  tyrosyl-tRNA synthetase  44.08 
 
 
424 aa  321  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.146335  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1894  tyrosyl-tRNA synthetase  44.08 
 
 
424 aa  321  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1619  tyrosyl-tRNA synthetase  44.08 
 
 
424 aa  321  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.321984  normal  0.630181 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1559  tyrosyl-tRNA synthetase  44.08 
 
 
424 aa  321  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.363334 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01607  tyrosyl-tRNA synthetase  44.27 
 
 
424 aa  320  3e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2003  tyrosyl-tRNA synthetase  44.27 
 
 
424 aa  320  3e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00229572  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2349  tyrosyl-tRNA synthetase  44.27 
 
 
424 aa  320  3e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0752557  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1829  tyrosyl-tRNA synthetase  44.27 
 
 
424 aa  320  3e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1847  tyrosyl-tRNA synthetase  44.27 
 
 
424 aa  320  3e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000014829  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01597  hypothetical protein  44.27 
 
 
424 aa  320  3e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1562  tyrosyl-tRNA synthetase  44.27 
 
 
424 aa  320  3e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1992  tyrosyl-tRNA synthetase  44.27 
 
 
424 aa  320  3e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.013475 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1713  tyrosyl-tRNA synthetase  44.27 
 
 
424 aa  320  3e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.205571  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1694  tyrosyl-tRNA synthetase  44.72 
 
 
424 aa  317  3e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.239881  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0714  tyrosyl-tRNA synthetase  42.52 
 
 
419 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2069  tyrosyl-tRNA synthetase  45.6 
 
 
424 aa  313  3.9999999999999997e-84  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.309186  normal  0.0187777 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2377  tyrosyl-tRNA synthetase  43.83 
 
 
425 aa  312  5.999999999999999e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.898787  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2661  tyrosyl-tRNA synthetase  43.26 
 
 
425 aa  311  1e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.847771  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3333  tyrosyl-tRNA synthetase  42.32 
 
 
418 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1727  tyrosyl-tRNA synthetase  43.77 
 
 
424 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1811  tyrosyl-tRNA synthetase  43.51 
 
 
424 aa  309  5e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00221389  decreased coverage  0.000321192 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0861  tyrosyl-tRNA synthetase  44.18 
 
 
406 aa  309  5.9999999999999995e-83  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1792  tyrosyl-tRNA synthetase  44.9 
 
 
424 aa  309  5.9999999999999995e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.787858  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1773  tyrosyl-tRNA synthetase  42.08 
 
 
424 aa  309  8e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1881  tyrosyl-tRNA synthetase  42.08 
 
 
424 aa  309  8e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2554  tyrosyl-tRNA synthetase  42.08 
 
 
424 aa  308  1.0000000000000001e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.268251  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0372  tyrosyl-tRNA synthetase  40.15 
 
 
405 aa  307  2.0000000000000002e-82  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4770  tyrosyl-tRNA synthetase  40.95 
 
 
418 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.110576  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0466  tyrosyl-tRNA synthetase  40.95 
 
 
418 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000461262  hitchhiker  0.000000000000286759 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2725  tyrosyl-tRNA synthetase  41.81 
 
 
419 aa  306  6e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000458338  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6068  Tyrosine--tRNA ligase  42.89 
 
 
422 aa  305  7e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.581017  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4488  tyrosyl-tRNA synthetase  40.95 
 
 
418 aa  305  7e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4556  tyrosyl-tRNA synthetase  41.47 
 
 
418 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4391  tyrosyl-tRNA synthetase  41.47 
 
 
418 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.692977  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4407  tyrosyl-tRNA synthetase  41.47 
 
 
418 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4793  tyrosyl-tRNA synthetase  41.47 
 
 
418 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00466157  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4911  tyrosyl-tRNA synthetase  41.47 
 
 
418 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.025731  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4776  tyrosyl-tRNA synthetase  41.47 
 
 
418 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4796  tyrosyl-tRNA synthetase  41.23 
 
 
418 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.152048  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2160  tyrosyl-tRNA synthetase  43.01 
 
 
425 aa  303  5.000000000000001e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000000761331  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1784  tyrosyl-tRNA synthetase  39.95 
 
 
420 aa  301  1e-80  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1819  tyrosyl-tRNA synthetase  39.95 
 
 
420 aa  301  1e-80  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>