40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2766 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2766  response regulator  100 
 
 		 198 aa  396  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0580203 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1874  response regulator  45.39 
 
 		 181 aa  130  9e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.393218  hitchhiker  0.00001604 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1810  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  40.51 
 
 		 196 aa  94.7  8e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1508  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  33.33 
 
 		 225 aa  87  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0769  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  29.7 
 
 		 214 aa  47.4  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0679202  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3159  response regulator receiver and ANTAR domain protein  25.71 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2028  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  25.49 
 
 		 192 aa  45.8  0.0004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000049817  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11642  two component system transcriptional regulator  28.57 
 
 		 205 aa  45.1  0.0007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0378541  normal  0.634495 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2483  response regulator receiver and ANTAR domain protein  29.63 
 
 		 205 aa  44.3  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3208  response regulator receiver and ANTAR domain protein  27.52 
 
 		 200 aa  44.7  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2840  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  28.57 
 
 		 213 aa  44.7  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0401204  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3764  response regulator receiver and ANTAR domain protein  27.55 
 
 		 194 aa  43.5  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0425638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1618  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  26.4 
 
 		 199 aa  43.9  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.144201  normal  0.292856 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2822  response regulator  27.48 
 
 		 191 aa  43.1  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1767  aliphatic amidase regulator  37.63 
 
 		 196 aa  43.1  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20590  aliphatic amidase regulator  35.48 
 
 		 196 aa  42.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00237487  normal  0.77718 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2035  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  27.36 
 
 		 199 aa  43.1  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.480822 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2271  response regulator receiver domain-containing protein  25.69 
 
 		 188 aa  43.1  0.003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.187486  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0588  response regulator NasT  28.04 
 
 		 191 aa  42.7  0.004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.419145  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3575  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  26.67 
 
 		 229 aa  42.4  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.10936  normal  0.0183031 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3317  putative response regulator NasT  25.24 
 
 		 201 aa  42.7  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0234612  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0829  response regulator receiver:ANTAR  25.69 
 
 		 191 aa  42.4  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.018256 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2808  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  30.39 
 
 		 220 aa  42  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00041222  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1181  response regulator receiver  24.76 
 
 		 207 aa  42  0.006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.928438  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3637  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  22.79 
 
 		 229 aa  42  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0573839  normal  0.0644959 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3118  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  31.31 
 
 		 196 aa  42  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2553  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  28.32 
 
 		 215 aa  41.6  0.007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2319  response regulator receiver and ANTAR domain protein  26.67 
 
 		 206 aa  41.6  0.007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.781459  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2830  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  26.67 
 
 		 206 aa  41.6  0.007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3775  response regulator receiver and ANTAR domain-containing protein  27.52 
 
 		 207 aa  41.6  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.665226  normal  0.0118196 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2091  response regulator  31 
 
 		 187 aa  41.2  0.009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2149  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  26.67 
 
 		 208 aa  41.2  0.01  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3266  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  26.67 
 
 		 210 aa  41.2  0.01  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.559806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1759  response regulator/ANTAR domain-containing protein  37.68 
 
 		 198 aa  41.2  0.01  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0246  response regulator NasT  37.68 
 
 		 198 aa  41.2  0.01  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0087  response regulator/ANTAR domain-containing protein  37.68 
 
 		 198 aa  41.2  0.01  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.792302  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0333  response regulator NasT  37.68 
 
 		 198 aa  41.2  0.01  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.169956  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1255  response regulator/ANTAR domain-containing protein  37.68 
 
 		 198 aa  41.2  0.01  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0422038  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1090  response regulator NasT  37.68 
 
 		 198 aa  41.2  0.01  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0864919  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1670  response regulator/ANTAR domain-containing protein  37.68 
 
 		 198 aa  41.2  0.01  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>